Matsunaga Yasuhiro

マツナガヤスヒロ | Matsunaga Yasuhiro

Affiliation and department：
Homepage URL (1)： https://www.bio.ics.saitama-u.ac.jp

Research field (2)： Computational science , Biophysics

Research keywords (6)： Molecular simulation , Free energy calculation , Data assimilation , Molecular Dynamics , Nonlinear Science , Biophysics

Research theme for competitive and other funds (14)：

2024 - 2026 エンドツーエンド微分可能なアプローチによる実験と生体分子モデリングの融合
2023 - 2026 タイリング理論と分子科学の協働によるウイルス外殻構造の新たな設計原理の探究
2023 - 2026 Integration of experiments and biomolecular modeling through end-to-end differentiable approaches
2020 - 2023 タイリングによるウイルス外殻のボトムアップ設計
2016 - 2020 生体分子動態解析のためのデータ同化基盤の開発と応用

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Papers (38)：

Ryuya Toyooka, Seri Nishimoto, Tomoya Tendo, Takashi Horiyama, Tomohiro Tachi, Yasuhiro Matsunaga. Explicit description of viral capsid subunit shapes by unfolding dihedrons. Communications Biology. 2024
Jaewoon Jung, Kiyoshi Yagi, Cheng Tan, Hiraku Oshima, Takaharu Mori, Isseki Yu, Yasuhiro Matsunaga, Chigusa Kobayashi, Shingo Ito, Diego Ugarte La Torre, et al. GENESIS 2.1: High-Performance Molecular Dynamics Software for Enhanced Sampling and Free-Energy Calculations for Atomistic, Coarse-Grained, and Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Models. The Journal of Physical Chemistry B. 2024
Tsuyoshi Ishizone, Yasuhiro Matsunaga, Sotaro Fuchigami, Kazuyuki Nakamura. Representation of Protein Dynamics Disentangled by Time-Structure-Based Prior. Journal of Chemical Theory and Computation. 2023. 20. 1. 436-450
Yasuhiro Matsunaga, Sotaro Fuchigami, Tomonori Ogane, Shoji Takada. End-to-end differentiable blind tip reconstruction for noisy atomic force microscopy images. Scientific reports. 2023. 13. 1. 129-129
Tomonori Ogane, Daisuke Noshiro, Toshio Ando, Atsuko Yamashita, Yuji Sugita, Yasuhiro Matsunaga. Development of hidden Markov modeling method for molecular orientations and structure estimation from high-speed atomic force microscopy time-series images. PLoS computational biology. 2022. 18. 12. e1010384

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MISC (37)：

Chigusa KOBAYASHI, Yasuhiro MATSUNAGA, Jaewoon JUNG, Yuji SUGITA. Analyses of Structure Changes and Free Energy of Sarco/Endoplasmic Reticulum Ca<sup>2+</sup>-ATPase. Seibutsu Butsuri. 2022. 62. 5. 298-300
松永康佑, 森次圭, 藤崎弘士. How Can We Describe the Conformational Change of Proteins?-Advances in Path Sampling Techniques for Biomolecules. 日本物理学会誌. 2021. 76. 11
藤崎弘士, 森次圭, 松永康佑, 山本典史, 末谷大道. Kinetics of conformational changes of proteins calculated by manifold learning. 日本物理学会講演概要集(CD-ROM). 2021. 76. 2
藤崎弘士, 森次圭, 松永康佑. 重み付きアンサンブル法を用いたタンパク質の構造変化とキネティックスの計算. 日本物理学会講演概要集(CD-ROM). 2019. 74. 2
藤崎弘士, 森次圭, 松永康佑. 重み付きアンサンブル法による生体分子の構造変化ダイナミクスの計算. 分子シミュレーション討論会講演要旨集. 2019. 33rd

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Books (3)：

Protein Functional Motions: Basic Concepts and Computational Methodologies
Advances in Chemical Physics Vol. 145, page 35-82 (2011) 2011
Non-Brownian Phase Space Dynamics of Molecules, the Nature of their Vibrational States, and non-RRKM Kinetics
Advances in Chemical Physics Vol. 145 page 83-122 (2011) 2011
Molecular Dynamics Simulation of Proteins: Two Models of Anharmonic Dynamics
Proteins: Energy, Heat and Signal Flow, Chapter 5, p107-127 (2009), CRC Press. 2009

Lectures and oral presentations (28)：

Energetics and conformational pathways of functional rotation in the multidrug transporter AcrB
(2018)
機械学習を用いた計測とシミュレーションの統合によるタンパク質動態解析
(産業技術総合研究所バイオメディカル研究部門 2018)
ストリング法による多剤排出トランスポーターAcrBの機能ダイナミクス解析
(近畿大学高圧力蛋白質研究センター 2018)
機械学習を用いた計測とシミュレーションの統合によるタンパク質動態解析
(京都大学理学研究科「数理を基盤として新分野の自発的創出を促す理学教育プログラム(MACS教育プログラム)」京都大学 2017)
機械学習を用いた1分子計測とシミュレーションの統合とタンパク質動態解析
(新学術領域「柔らかな分子系」若手シンポジウム東北大学 2017)

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Works (7)：

MDToolbox.jl
Yasuhiro Matsunaga 2018 - 現在
GENESIS: Generalized Ensemble Simulation System
Y. Sugita, J. Jung, T. Mori, C. Kobayashi, Y. Matsunaga, T. Imai, T. Yoda 2015 - 現在
MDToolbox
Yasuhiro Matsunaga 2012 - 現在
プレスリリース機械学習を用いたシミュレーションと実験計測データの融合
2018 -
プレスリリース京コンピュータを用いた多剤排出トランスポータAcrBの薬剤排出メカニズムの解明
2018 -

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Education (3)：

2003 - 2007 Kobe University Graduate School of Science and Technology Department of Information and Media Science
2001 - 2003 Kobe University Graduate School of Science and Technology
1997 - 2001 Kobe University Faculty of Science Department of Earth and Planetary Sciences

Professional career (1)：

Work history (10)：

2019/04 - 現在 Saitama University Graduate School of Science and Engineering
2016/10 - 2020/03 JST PRESTO
2018/04 - 2019/03 理化学研究所計算科学研究センター研究員
2015/11 - 2018/10 Kobe University Graduate School of System Informatics
2014/04 - 2018/03 RIKEN Advanced Institute for Computational Science Research Scientist

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Awards (6)：

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Association Membership(s) (4)：

バイオスーパーコンピューティング研究会 , PROTEIN SCIENCE SOCIETY OF JAPAN , THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN , 日本物理学会

※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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