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J-GLOBAL ID:201201016324022314   Update date: Jun. 24, 2024

Abe Takashi

アベ タカシ | Abe Takashi
Affiliation and department:
Job title: Professor
Homepage URL  (2): http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/?Bioinformatics%20Lab.%20English
Research field  (2): Genomics ,  Biological, health, and medical informatics
Research theme for competitive and other funds  (55):
  • 2021 - 2025 Wastewater-based genomic epidemiology on international comparison and transportation of SARS-CoV-2 variants and antimicrobial resistance
  • 2020 - 2023 汎フィロウイルス治療薬開発に向けたドライ-ウェット融合型研究基盤の構築
  • 2019 - 2022 Elucidation of the mechanism for auto-penetrating DNA aptamers and their application as post-antibody drugs
  • 2017 - 2022 エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース
  • 2018 - 2021 The integrated multi-omics analysis of nontuberculous mycobacteria using neural network algorithms to construct a predictive model of the pathological features
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Papers (104):
  • Tohru Abe, Haruna Shiratori, Kosuke Kashiwazaki, Kazuma Hiasa, Daijiro Ueda, Tohru Taniguchi, Hajime Sato, Takashi Abe, Tsutomu Sato. Structural-model-based genome mining can efficiently discover novel non-canonical terpene synthases hidden in genomes of diverse species. Chemical Science. 2024
  • So Nakagawa, Toshiaki Katayama, Lihua Jin, Jiaqi Wu, Kirill Kryukov, Rise Oyachi, Junko S Takeuchi, Takatomo Fujisawa, Satomi Asano, Momoka Komatsu, et al. SARS-CoV-2 HaploGraph: visualization of SARS-CoV-2 haplotype spread in Japan. Genes & Genetic Systems. 2023
  • Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura. Oligonucleotide usage in coronavirus genomes mimics that in exon regions in host genomes. Virology journal. 2023. 20. 1. 39-39
  • Masaki Okunaga, Kenta Kushiro, Ryohei Horie, Akihiro Kondo, Takashi Abe. Identification of microbes coexisting with Legionella spp. in bathwaters. NPJ CLEAN WATER. 2022. 5. 1
  • Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe. Comparative genomic analysis of the human genome and six bat genomes using unsupervised machine learning: Mb-level CpG and TFBS islands. BMC Genomics. 2022. 23. 1
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MISC (48):
Patents (2):
  • レジオネラ属菌による汚染度の評価方法
  • 「塩基配列の分類システムおよびオリゴヌクレオチド出現頻度の解析システム」
Books (15):
  • バイオインフォマティクス入門
    慶応義塾大学出版会 2015 ISBN:9784766422511
  • 生命のビッグデータ利用の最前線. 3.2 一括学習型自己組織化マップ(BLSOM)を用いた大量メタゲノム解析
    シーエムシー出版 2014 ISBN:9784781305370
  • Advances in Viral Genomes Research; Novel bioinformatics method to analyze more than 10,000 influenza virus strains easily at once: Batch-Learning Self Organizing Map (BLSOM).
    Nova Science Publishers, Inc. 2013
  • ベーシックマスター分子生物学; 16章 ゲノミクス
    オーム社 2013
  • Encyclopedia of Metagenomics; tRNADB-CE and use of tRNAs as phylogenetic markers for metagenomic sequences.
    Springer 2013
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Lectures and oral presentations  (16):
  • 微生物ゲノムとメタゲノムからの効率的な知識発見に向けて
    (木村資生記念 第2回進化学セミナー 2018)
  • ウイルスゲノムの連続塩基組成を活用した効率的な知識発見
    (進化学会第20回大会 2018)
  • ゲノムアノテーション
    (統合データベース講習会AJACS越後 2018)
  • ビッグデータ時代のデータ分析の実践 ~統計分析や機械学習を上手く活用しよう~
    (新潟大学産学連携協力会IoT/ビッグデータ研修会 2017)
  • ゲノムデータからの効率的な知識発見に向けた一括学習型自己組織化マップの活用
    (第27回日本数理生物学会年会 2017)
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Works (5):
  • Codon Usage Generator
    阿部 貴志, 柳田 駿介 2018 - 現在
  • BLSOMviewer
    阿部 貴志, 馬場 一郎 2018 - 現在
  • PEMS (Phylogenetic Estimation of Metagenomic sequence using BLSOM)
    阿部貴志, 和田健之介, 金谷重彦, 池村淑道 2011 - 現在
  • 健康への貢献遺伝子データベース
    上原 啓史, 阿部 貴志, 池村 淑道 2009 - 現在
  • tRNADB-CE
    Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Junichi Sugahara, Akio Kanai, Yasuo Ohara, Hiroshi Uehara, Makoto Kinouchi, Shigehiko Kanaya, Yuko Yamada, Akira Muto, Hachiro Inokuchi 2008 - 現在
Professional career (1):
  • 博士(理学) (総合研究大学院大学)
Work history (10):
  • 2020/10 - 現在 Niigata University Graduate School of Science and Technology Specialized Course Electrical and Information Engineering Professor
  • 2020/10 - 現在 Niigata University Faculty of Engineering Department of Engineering Professor
  • 2021/06 - 2024/03 National Institute of Genetics Bioinformation and DDBJ Center Specially Appointed Professor
  • 2017/04 - 2020/09 Niigata University Faculty of Engineering Department of Engineering Associate Professor
  • 2011/10 - 2020/09 Niigata University Graduate School of Science and Technology Electrical and Information Engineering Associate Professor
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Awards (5):
  • 2020/09 - 日本獣医学会 2019年(第81巻)JVMS優秀論文賞 Viral population analysis of the taiga tick, Ixodes persulcatus, by using Batch Learning Self-Organizing Maps and BLAST search. The Journal of Veterinary Medical Science 81(3)401-410, 2019
  • 2011/03 - 日本ゲノム微生物学会 日本ゲノム微生物学会研究奨励賞
  • 2008/06 - 日本生理人類学会 日本生理人類学会優秀論文賞
  • 2003/08 - 日本進化学会 日本進化学会第5回大会最優秀ポスター賞
  • 1999/11 - 社団法人日本化学会情報化学部会 第22回情報科学討論会ポスター賞
Association Membership(s) (7):
電子情報通信学会 ,  日本分子生物学会 ,  日本進化学会 ,  日本RNA学会 ,  日本ゲノム微生物学会 ,  日本遺伝学会 ,  日本バイオインフォマティクス学会
※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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