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J-GLOBAL ID：201301079643692216   Update date: Oct. 24, 2024

NIKAIDO Itoshi

ニカイドウ イトシ | NIKAIDO Itoshi
Affiliation and department：
Medical Research Laboratory (MRL), Institute of Integrated Research (IIR), Institute of Science Tokyo Department of Functional Genome Informatics, Division of Biological Data Science

About Medical Research Laboratory (MRL), Institute of Integrated Research (IIR), Institute of Science Tokyo Department of Functional Genome Informatics, Division of Biological Data Science


Job title： Professor
Other affiliations (2)：
  • RIKEN  Center for Biosystems Dynamics Research   Team Leader
  • TRIP Headquarters, RIKEN  Advanced General Intelligence in Science Program (TRIP-AGIS)   Theme Leader
Homepage URL  (1)： https://www.hackingisbelieving.org/
Research field  (3)： Genomics ,  Biological, health, and medical informatics ,  Systems genomics
Research keywords  (14)： Single-cell ,  Data Science ,  Genome Informatics ,  transcriptome ,  Omics ,  Genomics ,  RNA ,  Bioinformatics ,  ChIP-Seq ,  Single-Cell ,  RNA-Seq ,  massively parallel DNA sequencing ,  Genome ,  遺伝子
Research theme for competitive and other funds  (15)：
  • 2023 - 2027 Exploring evolution of multicellularity and ancient molecular mechanisms underlying morphogenetic movement in amoebozoa
  • 2021 - 2026 Development of comprehensive cell type census technology for adaptive neuronal circuits
  • 2021 - 2026 ゲノムレジリエンス破綻の理解と未来予測
  • 2019 - 2025 体表多様性を創発する上皮-間充織相互作用の動的制御機構の解明
  • 2021 - 2024 高出力マルチオミクスによる細胞特性計測の深化
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Papers (58)：
  • Hinako M. Takase, Tappei Mishina, Tetsutaro Hayashi, Mika Yoshimura, Mariko Kuse, Itoshi Nikaido, Tomoya S. Kitajima. Transcriptomic signatures of WNT-driven pathways and granulosa cell-oocyte interactions during primordial follicle activation. PLOS ONE. 2024
  • Koki Tsuyuzaki, Manabu Ishii, Itoshi Nikaido. Sctensor detects many-to-many cell-cell interactions from single cell RNA-sequencing data. BMC bioinformatics. 2023. 24. 1. 420-420
  • Yasuyuki Shima, Henrik Skibbe, Yohei Sasagawa, Noriko Fujimori, Yoshimi Iwayama, Ayako Isomura-Matoba, Minoru Yano, Takumi Ichikawa, Itoshi Nikaido, Nobutaka Hattori, et al. Distinctiveness and continuity in transcriptome and connectivity in the anterior-posterior axis of the paraventricular nucleus of the thalamus. Cell reports. 2023. 42. 10. 113309-113309
  • Hitomi Takada, Yohei Sasagawa, Mika Yoshimura, Kaori Tanaka, Yoshimi Iwayama, Tetsutaro Hayashi, Ayako Isomura-Matoba, Itoshi Nikaido, Akira Kurisaki. Author Correction: Single-cell transcriptomics uncovers EGFR signaling-mediated gastric progenitor cell differentiation in stomach homeostasis. Nature Communications. 2023
  • Nao Ogura, Yohei Sasagawa, Tasuku Ito, Toshiaki Tameshige, Satomi Kawai, Masaki Sano, Yuki Doll, Akira Iwase, Ayako Kawamura, Takamasa Suzuki, et al. WUSCHEL-RELATED HOMEOBOX 13 suppresses de novo shoot regeneration via cell fate control of pluripotent callus. Science Advances. 2023. 9. 27
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MISC (83)：
  • 二階堂愛, 二階堂愛. 超多検体オミクスによる細胞特性の計測. 日本再生医療学会総会(Web). 2021. 20th
  • Data analysis of single-cell transcriptome. 2021. 276. 10
  • 二階堂 愛. ヒト細胞アトラス構築のための1細胞トランスクリプトーム技術. 日本臨床免疫学会総会プログラム・抄録集. 2020. 48回. 82-82
  • 笹川 洋平, 田中 かおり, 林 哲太郎, 二階堂 愛. 1細胞RNA解析で世界最高成績 -国際的な性能比較研究で証明-. 2020
  • 森田梨津子, 三千典子, 佐々木弘子, 林哲太郎, 梅田茉奈, 芳村美佳, 山本尚貴, 柴田達夫, 阿部高也, 清成寛, et al. 毛包幹細胞の発生起源と誘導過程. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2020. 43rd
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Patents (4)：
Books (12)：
  • 空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド〜最新機器の特徴と目的に合った選び方、データ解析と応用例を学び、シングルセル解析の一歩その先へ! (実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ)
    羊土社 2022 ISBN:475812261X
  • 実験医学別冊 新世代フローサイトメトリー活用スタンダード
    羊土社 2021
  • シングルセル解析でなにがわかるか
    化学同人 2020 ISBN:9784759817348
  • 定量生物学 : 生命現象を定量的に理解するために
    化学同人 2018 ISBN:9784759817300
  • 新版 フローサイトメトリー もっと幅広く使いこなせる! 〜マルチカラー解析も、ソーティングも、もう悩まない! (実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ)
    羊土社 2016 ISBN:4758101965
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Lectures and oral presentations  (119)：
  • Leveraging Large-Scale Generative AI for Omics with High-Throughput Transcriptome Analysis
    (The 69th Annual Meeting of the Japan Society of Human Genetics. 2024)
  • AIの手引きで実践するシングルセルRNAシーケンスデータ解析
    (2024年度日本実験動物学会総会 2024)
  • 大規模生成AIとゲノム科学による創薬を目指して
    (日本薬学会第144年会 2024)
  • Prediction of gene expression changes using large-scale transcriptome data and generative AI
    (2024)
  • バイオインフォマティクスとゲノム科学で挑む生命の理解
    (理化学研究所生命機能科学研究センター発生・再生科学集中レクチャープログラム 2023)
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Education (1)：
  • 2001 - 2004 Yokohama City University Graduate School of Integrated Science Science of Biological Supramolecular Systems
Professional career (1)：
  • 博士 (理学) (横浜市立大学)
Work history (14)：
  • 2024/10 - 現在 Medical Research Laboratory (MRL), Institute of Integrated Research (IIR), Institute of Science Tokyo Department of Functional Genome Informatics, Division of Biological Data Science Professor
  • 2024/04 - 現在 TRIP Headquarters, RIKEN Advanced General Intelligence in Science Program (TRIP-AGIS) Theme Leader
  • 2022/04 - 現在 Kumamoto University Institute of Molecular Embryology and Genetics
  • 2020/04 - 現在 Graduate School of Science and Technology, University of Tsukuba Master's/Doctoral Program in Life Science Innovation (Bioinformatics), Degree Programs in Systems and Information Engineering Professor (Collaborative Graduate School Program)
  • 2019/04 - 現在 RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research Laboratory for Bioinformatics Research Team Leader
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Committee career (7)：
  • 2023/11 - 現在 公益財団法人 細胞科学研究財団 研究助成審査委員
  • 2018/10 - 現在 国立研究開発法人 科学技術振興機構(JST) CREST・さきがけ複合研究領域 ”ゲノムスケールのDNA設計・合成による細胞制御技術の創出” 領域アドバイザー
  • 2018 - 現在 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 DNAデータ研究利用委員会
  • 2017 - 現在 国立研究開発法人 科学技術振興機構(JST) バイオサイエンスデータベースセンター基盤技術分科会委員
  • 2023/01 - 2024/12 特定非営利活動法人 日本分子生物学会 研究倫理委員会
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Association Membership(s) (5)：
一般社団法人ゲノムテクノロジー研究会 ,  The Japanese Society for Regenerative Medicine ,  定量生物の会 ,  bioinformatics-jp ,  The Molecular Biology Society of Japan
※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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