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J-GLOBAL ID：201401002814332480
Update date: Jun. 07, 2024
Yamada Takuji
ヤマダ タクジ | Yamada Takuji
Affiliation and department：
Homepage URL (1)：
http://kaken.nii.ac.jp/d/r/10437262.ja.html
Research field (1)：
Genomics
Research keywords (5)：
バイオインフォマティクス
, 腸内細菌
, 代謝ネットワーク
, 酵素
, 応用微生物
Research theme for competitive and other funds (6)：
Papers (87)：
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Felix Salim, Sayaka Mizutani, Satoshi Shiba, Hiroyuki Takamaru, Masayoshi Yamada, Takeshi Nakajima, Tatsuo Yachida, Tomoyoshi Soga, Yutaka Saito, Shinji Fukuda, et al. Fusobacterium species are distinctly associated with patients with Lynch Syndrome colorectal cancer. iScience. 2024. 110181-110181
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Nobuhiro Narii, Ling Zha, Tomotaka Sobue, Tetsuhisa Kitamura, Masayo Komatsu, Yoshimitsu Shimomura, Satoshi Shiba, Sayaka Mizutani, Takuji Yamada, Shinichi Yachida. Intestinal Bacteria Fluctuating in Early-Stage Colorectal Cancer Carcinogenesis are Associated with Diet in Healthy Adults. Nutrition and cancer. 2024. 1-8
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Hirotsugu Shiroma, Youssef Darzi, Etsuko Terajima, Zenichi Nakagawa, Hirotaka Tsuchikura, Naoki Tsukuda, Yuki Moriya, Shujiro Okuda, Susumu Goto, Takuji Yamada. Enteropathway: the metabolic pathway database for the human gut microbiota. 2023
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Sayaka Tsuchida, Atsushi Ueda, Steven Kakooza, Torahiko Okubo, Eddie M Wampande, Takuji Yamada, Kazunari Ushida. The fecal microbiomes analysis of Marabou storks (Leptoptilos crumenifer) reveals their acclimatization to the feeding environment in the Kampala urban areas, Uganda. The Journal of veterinary medical science. 2023. 85. 4. 450-458
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Ryza Rynazal, Kota Fujisawa, Hirotsugu Shiroma, Felix Salim, Sayaka Mizutani, Satoshi Shiba, Shinichi Yachida, Takuji Yamada. Leveraging explainable AI for gut microbiome-based colorectal cancer classification. Genome biology. 2023. 24. 1. 21-21
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MISC (63)：
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森宙史, 藤澤貴智, 東光一, 中村保一, 山田拓司, 松井求, 内山郁夫. Development of an integrated microbiome database: Microbiome Datahub. 日本細菌学雑誌(Web). 2023. 78. 1
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藤澤 貴智, 平川 英樹, 守屋 勇樹, 信定 知江, 金谷 重彦, 有田 正規, 田畑 哲之, 磯部 祥子, 東 光一, 中村 保一, et al. MicrobeDB.jpからMicrobiome Datahubへ: 微生物・植物・メタボロームのデータ統合と統合微生物データベースの再構築. トーゴーの日2022. 2022. 1
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森宙史, 藤澤貴智, 西出浩世, 矢口貴志, 高橋弘喜, 中川善一, 山田拓司, 内山郁夫, 中村保一, 黒川顕. 微生物統合データベースMicrobeDB.jpを用いたマイクロバイオーム研究への応用. 日本ゲノム微生物学会年会要旨集. 2022. 16th (Web)
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森 宙史, 藤澤 貴智, 西出 浩世, 矢口 貴志, 高橋 弘喜, 中川 善一, 山田 拓司, 内山 郁夫, 中村 保一, 黒川 顕. 微生物統合データベースMicrobeDB.jpと微生物群集解析. トーゴーの日2021. 2021. 1
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水谷紗弥佳, 水谷紗弥佳, 山田拓司, 山田拓司, 山田拓司, 山田拓司. Oral microbiota in colorectal cancer progression model. 実験医学. 2021. 39. 16. 2527-2531
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Work history (5)：
- 2016/04 - 現在 Tokyo Institute of Technology School of Life Science and Technology Associate Professor
- 2013/04 - 2016/03 Tokyo Institute of Technology
- 2010/04 - 2012/03 EMBL Senior Technical Officer
- 2007/04 - 2010/03 EMBL Structural and Computational Biology Unit Postdoctoral Fellow
- 2006/04 - 2007/03 Kyoto University Institute for Chemical Research
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