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J-GLOBAL ID：201401002814332480
Update date: Nov. 02, 2024
Yamada Takuji
ヤマダ タクジ | Yamada Takuji
Affiliation and department：
Homepage URL (1)：
http://kaken.nii.ac.jp/d/r/10437262.ja.html
Research field (1)：
Genomics
Research keywords (5)：
バイオインフォマティクス
, 腸内細菌
, 代謝ネットワーク
, 酵素
, 応用微生物
Research theme for competitive and other funds (6)：
Papers (93)：
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Koichi Higashi, Zenichi Nakagawa, Takuji Yamada, Hiroshi Mori. Automated Harmonization and Large-Scale Integration of Heterogeneous Biomedical Sample Metadata Using Large Language Models. 2024
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Sayaka Mizutani, Ayako Tamaki, Satoshi Shiba, Felix Salim, Masayoshi Yamada, Hiroyuki Takamaru, Takeshi Nakajima, Naohisa Yoshida, Shoko Ikuta, Tatsuo Yachida, et al. Dynamics of the gut microbiome in FAP patients undergoing intensive endoscopic reduction of polyp burden. Gut. 2024. gutjnl-2024
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Hirotsugu Shiroma, Youssef Darzi, Etsuko Terajima, Zenichi Nakagawa, Hirotaka Tsuchikura, Naoki Tsukuda, Yuki Moriya, Shujiro Okuda, Susumu Goto, Takuji Yamada. Enteropathway: the metabolic pathway database for the human gut microbiota. Briefings in bioinformatics. 2024. 25. 5
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Felix Salim, Sayaka Mizutani, Satoshi Shiba, Hiroyuki Takamaru, Masayoshi Yamada, Takeshi Nakajima, Tatsuo Yachida, Tomoyoshi Soga, Yutaka Saito, Shinji Fukuda, et al. Fusobacterium species are distinctly associated with patients with Lynch Syndrome colorectal cancer. iScience. 2024. 110181-110181
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Nobuhiro Narii, Ling Zha, Tomotaka Sobue, Tetsuhisa Kitamura, Masayo Komatsu, Yoshimitsu Shimomura, Satoshi Shiba, Sayaka Mizutani, Takuji Yamada, Shinichi Yachida. Intestinal Bacteria Fluctuating in Early-Stage Colorectal Cancer Carcinogenesis are Associated with Diet in Healthy Adults. Nutrition and cancer. 2024. 1-8
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MISC (64)：
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城間博紹, 山田拓司. Functional annotation atlas for human gut microbiome. 生化学. 2023. 95. 4
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森宙史, 藤澤貴智, 東光一, 中村保一, 山田拓司, 松井求, 内山郁夫. Development of an integrated microbiome database: Microbiome Datahub. 日本細菌学雑誌(Web). 2023. 78. 1
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藤澤 貴智, 平川 英樹, 守屋 勇樹, 信定 知江, 金谷 重彦, 有田 正規, 田畑 哲之, 磯部 祥子, 東 光一, 中村 保一, et al. MicrobeDB.jpからMicrobiome Datahubへ: 微生物・植物・メタボロームのデータ統合と統合微生物データベースの再構築. トーゴーの日2022. 2022. 1
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森宙史, 藤澤貴智, 西出浩世, 矢口貴志, 高橋弘喜, 中川善一, 山田拓司, 内山郁夫, 中村保一, 黒川顕. 微生物統合データベースMicrobeDB.jpを用いたマイクロバイオーム研究への応用. 日本ゲノム微生物学会年会要旨集. 2022. 16th (Web)
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森 宙史, 藤澤 貴智, 西出 浩世, 矢口 貴志, 高橋 弘喜, 中川 善一, 山田 拓司, 内山 郁夫, 中村 保一, 黒川 顕. 微生物統合データベースMicrobeDB.jpと微生物群集解析. トーゴーの日2021. 2021. 1
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Work history (5)：
- 2016/04 - 現在 Tokyo Institute of Technology School of Life Science and Technology Associate Professor
- 2013/04 - 2016/03 Tokyo Institute of Technology
- 2010/04 - 2012/03 EMBL Senior Technical Officer
- 2007/04 - 2010/03 EMBL Structural and Computational Biology Unit Postdoctoral Fellow
- 2006/04 - 2007/03 Kyoto University Institute for Chemical Research
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