Rchr
J-GLOBAL ID:201401028513268700
Update date: Nov. 14, 2024
YOSHIDA Ryo
ヨシダ リョウ | YOSHIDA Ryo
Affiliation and department:
Job title:
Professor
Homepage URL (2):
http://spacier.ism.ac.jp/
,
http://spacier.ism.ac.jp/en/
Research field (4):
Inorganic compounds/materials chemistry
, Polymer chemistry
, Intelligent informatics
, Statistical science
Research keywords (7):
Material Property Database
, Quasicrystal
, Polymeric Materials
, Bayesian inference
, Bioinformatics
, Materials Informatics
, Machine Learning
Research theme for competitive and other funds (32):
- 2023 - 2029 分子・情報技術の創発による液相分離の限界突破と社会実装
- 2022 - 2028 フェイゾンエンジニアリング:構造タイル組み換えに基づく新物質創製
- 2019 - 2024 Hypermaterials: Inovation of materials science in hyper space
- 2019 - 2024 Hypermaterials informatics and the search for hidden orders
- 2019 - 2024 Discovery of innovative functional materials using state-of-the-art machine learning
- 2019 - 2024 高分子の熱物性マテリアルズインフォマティクス
- 2021 - 2023 -
- 2020 - 2022 深層学習・転移学習等の適用による材料設計技術の高度化
- 2021 - データ駆動型高分子材料研究を変革するデータ基盤創出
- 2015 - 2020 情報統合型物質・材料開発イニシアティブ(MI2I)
- 2015 - 2019 Data-driven predictive approach for designing drug molecules with Bayesian statistics and quantum chemistry
- 2014 - 2019 佐藤ライブ予測制御プロジェクト
- 2015 - 2018 Automatic tracking of multiple cell regions in 4D live-cell imaging data
- 2012 - 2018 神経系まるごとの観測データに基づく神経回路の動作特性の解明
- 2012 - 2018 神経系まるごとの観測データに基づく神経回路の動作特性の解明
- 2012 - 2018 神経系まるごとの観測データに基づく神経回路の動作特性の解明
- 2015 - 2017 Inverse analysis of transcription elongation process using Bayesian Inference
- 2014 - 2016 Development of diagnostic system of mutations in breast cancer by using primary spheroid cells derived from patients
- 2012 - 2016 Developing the methodology of meta-analysis from a unified perspective
- 2013 - 2015 第二世代モチーフ解析法に基づくがん細胞に特異的な転写制御経路の発見
- 2013 - 2015 機械学習に基づく新しい創薬インフォマティクス-医薬品化合物の分子設計
- 2013 - 2015 第二世代モチーフ解析法に基づくがん細胞に特異的な転写制御経路の発見
- 2013 - 2015 A machine learning appraoch to data-driven discovery of drug molecules
- 2013 - 2014 時系列解析手法による歩行者遭遇時の運転行動モデリングの研究
- 2013 - 2014 分子設計のためのケモインフォマティクス技術の開発
- 2011 - 2013 最先端トランスクリプトーム解析のための統計的バイオモデリング
- 2011 - 2013 Statistical biomodeling for advanced transcriptome research
- 2009 - 2011 Multiple testing theory for systematic analysis of meta genes and its applications
- 2009 - 2010 組織的メタ遺伝子解析の多重検定理論とその応用化
- 2006 - 2008 遺伝子ネットワークによる創薬ターゲットパスウェイのイン・シリコ探索技術
- 2006 - 2008 状態空間モデルに基づく高次元時系列データ解析の理論と方法論の研究
- 2005 - 2008 階層的統計モデルに基づく異種ゲノム情報の統合手法に関する総合研究
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Papers (81):
-
Erina Fujita, Chang Liu, Asuka Ishikawa, Tomoya Mato, Koichi Kitahara, Ryuji Tamura, Kaoru Kimura, Ryo Yoshida, Yukari Katsura. Comprehensive experimental datasets of quasicrystals and their approximants. Scientific Data. 2024
-
Hayato Maeda, Stephen Wu, Rika Marui, Erina Yoshida, Kan Hatakeyama-Sato, Yuta Nabae, Shiori Nakagawa, Meguya Ryu, Ryohei Ishige, Yoh Noguchi, et al. Discovery of liquid crystalline polymers with high thermal conductivity using machine learning. ChemRxiv. 2024
-
Kohei Noda, Araki Wakiuchi, Yoshihiro Hayashi, Ryo Yoshida. Advancing extrapolative predictions of material properties through learning to learn. 2024
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Shunya Minami, Yoshihiro Hayashi, Stephen Wu, Kenji Fukumizu, Hiroki Sugisawa, Masashi Ishii, Isao Kuwajima, Kazuya Shiratori, Ryo Yoshida. Scaling Law of Sim2Real Transfer Learning in Expanding Computational Materials Databases for Real-World Predictions. 2024
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Shun Nanjo, Arifin, Hayato Maeda, Yoshihiro Hayashi, Kan Hatakeyama-Sato, Ryoji Himeno, Teruaki Hayakawa, Ryo Yoshida. SPACIER: On-Demand Polymer Design with Fully Automated All-Atom Classical Molecular Dynamics Integrated into Machine Learning Pipelines. arXiv. 2024
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MISC (24):
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Ohno M, Hayashi Y, Zhang Q, Kaneko Y, Yoshida R. SMiPoly: Generation of Synthesizable Polymer Virtual Library using Rule-based Polymerization Reactions. ChemRxiv. 2023
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Yu Toyoshima, Hirofumi Sato, Daiki Nagata, Manami Kanamori, Moon Sun Jang, Koyo Kuze, Suzu Oe, Takayuki Teramoto, Yuishi Iwasaki, Ryo Yoshida, et al. Deducing ensemble dynamics and information flow from the whole-brain imaging data. bioRxiv. 2022
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Shunya Minami, Kenji Fukumizu, Yoshihiro Hayashi, Ryo Yoshida. Transfer learning with affine model transformation. arXiv preprint. 2022. abs/2210.09745
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Megumi Iwayama, Stephen Wu, Chang Liu, Ryo Yoshida. Functional Output Regression for Machine Learning in Materials Science. ChemRxiv. 2022
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Yoshihiro Hayashi, Junichiro Shiomi, Junko Morikawa, Ryo Yoshida. RadonPy: Automated Physical Property Calculation using All-atom Classical Molecular Dynamics Simulations for Polymer Informatics. arXiv preprint. 2022
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Books (2):
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マテリアルズインフォマティクス = Materials informatics
共立出版 2022 ISBN:9784320072022
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データ同化入門-次世代のシミュレーション技術-
2011
Lectures and oral presentations (193):
-
SIM2REAL マテリアルズインフォマティクス:限られたデータの壁を乗り越える
(一般社団法人ゲノムテクノロジー研究会 第8回バイオインフォマティクス分科会「データサイエンス」 2024)
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高分子材料におけるSim2Real転移学習とスケーリング則の観測
(2024年度統計関連学会連合大会 2024)
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Transferability and Scalability of Growing Computational Database in Sim2Real Materials Informatics
(Materials Informatics: Accelerating Materials Research and Design with Artificial Intelligence 2024)
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Co-creation of polymer properties database through industry-academia collaboration and SIM2REAL materials informatics
(Next-Generation Electronic Materials & Advanced Thermal Management Technologies 2024)
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マテリアルズインフォマティクスの現状と展望
(統計数理研究所 産学連携シンポジウム「統計数理を活用して未踏物質空間を切り拓く」 2024)
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Works (10):
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RadonPy: Automated Physical Property Calculation using All-atom Classical Molecular Dynamics Simulations for Polymer Informatics
2022 - 現在
-
XenonPy: Python library for materials informatics
- 現在
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準結晶組成予測 TSAI
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ShotgunCSP
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HYPOD-X
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Professional career (1):
- Ph.D. (The Graduate University for Advanced Studies)
Work history (15):
- 2024/03 - 現在 The Institute of Statistical Mathematics, Research Organzation of Information and Systems Research Center for Materials Informatics Director
- 2023/08 - 現在 Material Infinity Inc. Executive Technical Fellow
- 2023/04 - 現在 The Graduate University for Advanced Studies Graduate Institute for Advanced Studies, Statistical Science Program Professor
- 2018/04 - 現在 Nagoya University Graduate School of Medicine Visiting Professor
- 2018/04 - 現在 The Institute of Statistical Mathematics, Research Organization of Information and Systems Professor
- 2015/10 - 現在 National Institute for Materials Science Visiting Research Fellow
- 2017/07 - 2024/02 The Institute of Statistical Mathematics, Research Organization of Information and Systems Data Science Center for Creative Design and Manufacturing Director
- 2018/04 - 2023/03 The Graduate University for Advanced Studies School of Multidisciplinary Sciences, Department of Statistical Science Professor
- 2011/04 - 2018/03 The Graduate University for Advanced Studies School of Multidisciplinary Sciences, Department of Statistical Science Associate Professor
- 2011/04 - 2018/03 The Institute of Statistical Mathematics, Research Organization of Information and Systems Associate Professor
- 2007/04 - 2011/03 The Graduate University for Advanced Studies School of Multidisciplinary Sciences, Department of Statistical Science Assistant Professor
- 2007/04 - 2011/03 The Institute of Statistical Mathematics, Research Organization of Information and Systems Assistant Professor
- 2005/08 - 2007/03 The University of Tokyo The Institute of Medical Science, Human Genome Center Project Assistant Professor
- 2005/04 - 2005/08 The University of Tokyo The Institute of Medical Science, Human Genome Center Researcher
- 2004/10 - 2005/03 The Institute of Statistical Mathematics, Research Organization of Information and Systems Researcher
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Committee career (9):
- 2023/10 - 現在 RadonPy consortium Director
- 2023/10 - 現在 JST ACT-X「トランススケールな理解で切り拓く革新的マテリアル」 領域アドバイザー
- 2022/04 - 現在 文部科学省 データ創出・活用型マテリアル研究開発プロジェクト プログラム運営委員会 専門委員
- 2021/04 - 現在 JST-CREST「データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新」バイオDX領域 アドバイザー
- 2021/04 - 2022/03 文部科学省「次世代計算基盤に係るシステム検討ワーキンググループ」 委員
- 2020/04 - 2022/03 経済産業省「マテリアルズインフォマティクス特許データベース検討会」 アドバイザー
- 2020/04 - 高度情報科学技術研究機構(RIST) 「アプリケーションソフトウェア利用環境整備」アドバイザー
- 2019/04 - 2020/03 文部科学省 将来のHPCIの在り方に関する検討WG 委員
- 2016/04 - 2020/03 JSTイノベーションハブ構築支援事業 MI2I コンソーシアム 幹事
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Awards (6):
- 2023/05 - Science and Technology of Advanced Materials: Methods Editor’s selection A Bayesian method for concurrently designing molecules and synthetic reaction networks
- 2021/12 - 第44回 ケモインフォマティクス討論会 優秀発表賞 ベイズ推論を用いた高潜熱蓄冷材向け分子探索
- 2017/09 - 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017,主催:日本バイオインフォマティクス学会) 研究奨励賞 Inverse prediction for transcription elongation rates with total RNA sequencing
- 2016/10 - 第5回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2016,主催:日本バイオインフォマティクス学会) 研究奨励賞 Bayesian design of bioactive molecules with a chemical language model
- 2016/10 - 第5回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2016,主催:日本バイオインフォマティクス学会) 研究奨励賞 Whole brain imaging of Caenorhabditis elegans × machine learning
- 2008/12 - The 19th International Conference on Genome Informatics (GIW2008) Finalist Best Paper Award Predicting differences in gene regulatory systems by state space models
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Association Membership(s) (3):
The Society of Polymer Science, Japan
, Japanese Society for Bioinformatics
, The Japan Statistical Society
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