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J-GLOBAL ID：201601011579738486
Update date: Nov. 25, 2024
Okazaki Kei-ichi
Okazaki Kei-ichi
Affiliation and department：
Job title：
Associate Professor
Other affiliations (1)：
Homepage URL (2)：
https://sites.google.com/view/okazakigroup/home
,
https://sites.google.com/view/okazakigroup-en/home
Research field (2)：
Bio-, chemical, and soft-matter physics
, Biophysics
Research keywords (4)：
分子シミュレーション
, 生体分子マシン
, Computational Molecular Science
, Theoretical Biophysics
Research theme for competitive and other funds (5)：
- 2022 - 2026 Mechanism of membrane-transforming biomolecular machines: Theoretical study of their oligomerization and conformational change
- 2018 - 2021 Theoretical prediction of mutations that speed up substrate transportation in transporter protein
- 2017 - 2019 Analysis of degradation mechanism of crystalline carbohydrates by high speed and precision single molecule observation
- 2009 - 2011 分子モーターの動作機構のマルチスケールな解析 : 全原子・粗視化シミュレーション
- 2007 - 2008 多谷エネルギー地形モデルによるタンパク質の構造変化機構のシミュレーション研究
Papers (37)：
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Ryohei Kobayashi, Kei-ichi Okazaki. Rotation-direction-dependent regulation of ATPase inhibitory factor 1 for mitochondrial ATP synthase from atomistic simulation. 2024
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Jun-ichi Kishikawa, Yui Nishida, Atsuki Nakano, Takayuki Kato, Kaoru Mitsuoka, Kei-ichi Okazaki, Ken Yokoyama. Rotary mechanism of the prokaryotic Vo motor driven by proton motive force. Nature Communications. 2024
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Jun Ohnuki, Kei-ichi Okazaki. Integration of AlphaFold with Molecular Dynamics for Efficient Conformational Sampling of Transporter Protein NarK. The Journal of Physical Chemistry B. 2024
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Kazushi Okada, Takuma Kikutsuji, Kei-ichi Okazaki, Toshifumi Mori, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi. Unveiling interatomic distances influencing the reaction coordinates in alanine dipeptide isomerization: An explainable deep learning approach. The Journal of Chemical Physics. 2024
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Tomoki Matsuda, Shinya Sakai, Kei-ichi Okazaki, Takeharu Nagai. Improvement of the Green-Red Förster Resonance Energy Transfer-Based Ca2+ Indicator by Using the Green Fluorescent Protein, Gamillus, with a Trans Chromophore as the Donor. ACS Sensors. 2024
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MISC (24)：
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岡崎 圭一. 自然科学研究機構 分子科学研究所 岡崎研究室. アンサンブル : 分子シミュレーション研究会会誌. 2024. 26. 2. 233-237
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山下 敦子, 岡崎 圭一. 腸内シュウ酸分解菌で働くシュウ酸輸送体の分子メカニズム-Mechanism of Oxalate Transporter in an Oxalate-Degrading Bacterium in the Gut Microbiota. 生物物理 / 日本生物物理学会 編. 2024. 64. 1. 25-27
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岡崎 圭一. 生体分子マシンにおける構造遷移ダイナミクスの解明と機能制御. アンサンブル. 2021. 23. 2. 127-132
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Kei-ichi Okazaki, Mitsuhiro Sugawa, Gerhard Hummer. Conformational Transition from Catalytic Dwell to ATP-Binding Dwell in F-1-ATPase. BIOPHYSICAL JOURNAL. 2017. 112. 3. 278A-278A
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Kei-ichi Okazaki, Gerhard Hummer. Multiscale Analysis of Functional Motions in F1-ATPase: From Pi Release to Elasticity and Friction of gamma-Subunit Rotation. BIOPHYSICAL JOURNAL. 2015. 108. 2. 209A-209A
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Lectures and oral presentations (13)：
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タンパク質構造予測AI: AlphaFold のリバースエンジニアリングと分子シミュレーション
(2024年度第5回物性アプリオープンフォーラム,東京大学 物性研究所 2024)
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分子シミュレーションと反応速度論・マルコフモデル
(第18回分子シミュレーションスクール-基礎から応用まで- 2024)
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分子シミュレーションとAlphaFoldの統合によるタンパク質構造変化ダイナミクスの解明
(物性研究所スパコン共同利用・CCMS合同研究会「計算物質科学の現在と未来」 2024)
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Conformational dynamics of transporter proteins revealed by molecular simulation and AlphaFold2
(2023)
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Molecular Simulation of functional motions in biomolecular machines
(The 6th International Conference on Molecular Simulation 2023)
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Education (3)：
- 2006 - 2009 Kobe University
- 2004 - 2006 Kobe University
- 2000 - 2004 Kyoto University Faculty of Science
Professional career (1)：
Work history (7)：
Awards (1)：
Association Membership(s) (1)：
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