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J-GLOBAL ID：201701002803361286
Update date: Apr. 14, 2024
Shiwa Yuh
Shiwa Yuh
Research field (1)：
Genomics
Research keywords (3)：
ゲノム解析
, バイオインフォマティクス
, 微生物
Research theme for competitive and other funds (3)：
- 2020 - 2023 真核生物のリボソーム合成制御の新規機構:ラパマイシン結合タンパク質の真の役割
- 2017 - 2019 Development a cloud-based analysis environment that enables bioinformatics analysis for nanopore sequencer in the field
- 2013 - 2016 The great earthquake stress is associated to dysregulation of atherosclerosis-related genes in general population.
Papers (97)：
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Yuuki Kobayashi, Ayane Kayamori, Keita Aoki, Yuh Shiwa, Minenosuke Matsutani, Nobuyuki Fujita, Takashi Sugita, Wataru Iwasaki, Naoto Tanaka, Masako Takashima. Chromosome-level genome assemblies of Cutaneotrichosporon spp. (Trichosporonales, Basidiomycota) reveal imbalanced evolution between nucleotide sequences and chromosome synteny. BMC Genomics. 2023. 24. 1
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Akiko Soma, Atsushi Kubota, Daisuke Tomoe, Yoshiho Ikeuchi, Fujio Kawamura, Hijiri Arimoto, Yuh Shiwa, Yu Kanesaki, Hideaki Nanamiya, Hirofumi Yoshikawa, et al. yaaJ, the tRNA-Specific Adenosine Deaminase, Is Dispensable in Bacillus subtilis. Genes. 2023. 14. 8. 1515-1515
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Ryo Iwami, Naoki Takai, Minenosuke Matsutani, Yuh Shiwa, Haruki Kokubo, Koji Kasahara, Tetsuro Kokubo. TFIID dependency of steady-state mRNA transcription altered epigenetically by simultaneous functional loss of Taf1 and Spt3 is Hsp104-dependent. PloS one. 2023. 18. 2. e0281233
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Sumetee Liswadiratanakul, Kosuke Yamamoto, Minenosuke Matsutani, Vatanee Wattanadatsaree, Shunta Kihara, Yuh Shiwa, Hironobu Shiwachi. Replacement of water yam (Dioscorea alata L.) indigenous root endophytes and rhizosphere bacterial communities via inoculation with a synthetic bacterial community of dominant nitrogen-fixing bacteria. Frontiers in microbiology. 2023. 14. 1060239-1060239
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Shinichiro Hirai, Eiji Yokoyama, Yuh Shiwa, Taichiro Ishige, Naoshi Ando, Takeshi Shimizu, Satoshi Murakami. Clarification of relationship between single-nucleotide polymorphism panels of Shiga toxin-producing Escherichia coli O157:H7/H- strains. The Journal of veterinary medical science. 2022. 84. 10. 1399-1405
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MISC (56)：
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小林裕樹, 栢森綺音, 青木敬太, 志波優, 松谷峰之介, 藤田信之, 杉田隆, 岩崎渉, 大熊盛也, 田中尚人, et al. Analyses on genomic evolution and speciation of Basidiomycota yeasts based on whole-genome information. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2023. 46th
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木原駿太, 山本紘輔, 志波優, 菊野日出彦, 松谷峰之介, 志和地弘信. Bacterial Community Analysis of Water Yam (Dioscorea alata L.) Under Different Water Condition. 日本微生物生態学会大会(Web). 2023. 36th
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中村美春, 島村直希, 竹内建樹, 中林幸佳, 志波優, 松谷峰之介, 古久保哲朗, 知花博治, 笠原浩司. Regulatory mechanism for transcription of ribosomal protein genes in Candida glabrata. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2023. 46th
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溝口明日香, 安藤悠里, 田口啓護, 志波優, 松谷峰之介, 片岡浩介, 笠原浩司. Elucidation of function of FKBP12, target of immunosuppressive compounds rapamycin and FK506 in human cells. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2023. 46th
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宇城正和, 宇城正和, 渡邉秀富, 荒井賢一郎, 松谷峰之介, 志波優. Next generation sequencer analysis of bacterial and fungal flora of golf course green soil. 芝草研究. 2023. 52. 1
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Books (4)：
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実験医学別 メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ
羊土社 2021
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実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ ロングリードWET&DRY解析ガイド シークエンスをもっと自由に!
羊土社 2021
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次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版
学研メディカル秀潤社 2019
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遺伝子治療・診断の最先端技術と新しい医薬品・診断薬の開発
技術情報協会 2014
Lectures and oral presentations (31)：
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ジネンジョ (Dioscorea japonica) の植物生育促進細菌の探索
(日本土壌微生物学会2022年度大会(オンライン開催) 2022)
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メタ 16S 解析を用いたジネンジョの植物生育促進細菌の探索
(日本微生物生態学会第 34 回大会(オンライン開催) 2021)
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サイクロン法で捕集された微小粒子状物質 (PM2.5) のメタゲノム解析の試み
(日本微生物生態学会第 34 回大会(オンライン開催) 2021)
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サイクロン法で採集された微小粒子状物質(PM2.5)からの細菌群集解析の試み
(第15回日本ゲノム微生物学会年会 2021)
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Transcriptional analysis of carbon catabolite repression (CCR) in an efficient L-(+)-lactic acid-producing bacterium <i>Enterococcus mundtii</i> QU 25 grown in media with combinations of cellobiose, xylose, and glucose
(BACELL2020 2020)
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