- 2021/06 - Royal Society of Chemistry 2021 Organic Division Horizon Prize: Bioorganic Chemistry Award Revealing the mechanisms of pericyclase enzymes
- 2020 - 静岡県立大学 学長表彰
- 2020 - 一般社団法人 日本生薬学会 学術貢献賞 生体内Diels-Alder反応の化学的同一性と生化学的多様性の証明
- 2014 - 日本薬学会 学術振興賞 生物のゲノム情報を活用した有用天然物生合成機構の解明および生物合成
- 2014 - 公益財団法人 日本感染症医薬品協会 住木・梅澤記念賞 抗生物質の化学構造多様性を生み出す酵素の発見とそれら酵素による生物的全合成
- 2009 - 日本農芸化学会 BBB論文賞(共著) Migita, A., Watanabe, M., Hirose, Y., Watanabe, K., Tokiwano, T., Kinashi, H., Oikawa, H. Identification of a gene cluster of polyether antibiotic lasalocid from Streptomyces lasaliensis. Biosci. Biotechnol. Biochem., 73, 169-176, 2009.
- 2008 - 日本農芸化学会 農芸化学奨励賞 生合成機能の高度異種発現に基づく次世代物質生産
- 2006 - 第3回 日本農芸化学会 研究企画賞 生合成工学を用いた抗腫瘍性抗生物質テトラヒドロイソキノリン類の創薬
- 2005 - 有機合成化学協会 研究企画賞 天然物生合成を利用したキノキサリン型抗生物質合成システムの構築
- 2005 - 第47回 天然有機化合物討論会 奨励賞 抗腫瘍性抗生物質echinomycinの酵素的全合成
- 2004 - 第4回 天然物化学談話会 奨励賞 大腸菌によるアンサマイシン型ポリケタイド前駆体の生合成