Atsushi Yamagata

ヤマガタアツシ | Atsushi Yamagata

Research field (1)： Structural biochemistry

Research keywords (6)：構造生物化学 , クライオ電子顕微鏡 , 膜タンパク質 , シナプス形成 , 光合成 , X線結晶構造解析

Research theme for competitive and other funds (8)：

2022 - 2025 クライオ電顕を用いた鉄錯体輸送体の基質認識と輸送機構の解明
2021 - 2023 神経変性疾患に関わる凝集体の形成・抑制の in situ 構造生物学
2019 - 2022 Structural basis of the novel mechanism to regulate the synapse formation
2010 - 2015 X-ray crystallography of molecular complexes regulating vesicular trafficking
2008 - 2010 Structural analyses for yeast Asna-1 ATPase (Get3)

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Papers (51)：

Mohammad Jafar Tehrani, Isamu Matsuda, Atsushi Yamagata, Yu Kodama, Tatsuya Matsunaga, Mayuko Sato, Kiminori Toyooka, Dan McElheny, Naohiro Kobayashi, Mikako Shirouzu, et al. E22G Aβ40 fibril structure and kinetics illuminate how Aβ40 rather than Aβ42 triggers familial Alzheimer’s. Nature Communications. 2024. 15. 1
Sana Ando, Keiko Tanaka, Maharu Matsumoto, Yuki Oyama, Yuri Tomabechi, Atsushi Yamagata, Mikako Shirouzu, Reiko Nakagawa, Noriaki Okimoto, Makoto Taiji, et al. The luciferase-based in vivo protein-protein interaction assay revealed that CHK1 promotes PP2A and PME-1 interaction. Journal of Biological Chemistry. 2024. 300. 5. 107277-107277
Atsushi Yamagata, Kaori Ito, Takehiro Suzuki, Naoshi Dohmae, Tohru Terada, Mikako Shirouzu. Structural basis for antiepileptic drugs and botulinum neurotoxin recognition of SV2A. Nature Communications. 2024. 15. 1
Peng Cao, Laura Bracun, Atsushi Yamagata, Bern M. Christianson, Tatsuki Negami, Baohua Zou, Tohru Terada, Daniel P. Canniffe, Mikako Shirouzu, Mei Li, et al. Structural basis for the assembly and quinone transport mechanisms of the dimeric photosynthetic RC-LH1 supercomplex. Nature Communications. 2022. 13. 1
Atsushi Yamagata, Yoshiko Murata, Kosuke Namba, Tohru Terada, Shuya Fukai, Mikako Shirouzu. Uptake mechanism of iron-phytosiderophore from the soil based on the structure of yellow stripe transporter. Nature Communications. 2022. 13. 1

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MISC (4)：

山形敦史. オオムギYellow stripe 1 (YS1) トランスポーターによる鉄錯体の認識と輸送の構造基盤. 生化学. 2024. 96. 1
佐藤裕介, 尾勝圭, 佐伯泰, 山野晃史, 松田憲之, 海保愛, 山形敦史, 伊藤桜子, 石川稔, 橋本祐一, et al. ユビキチン・コード:細胞内の最も難解な暗号を読む USP30によるLys6結合型ユビキチン鎖特異的切断機構の構造的基盤. 生命科学系学会合同年次大会. 2017. 2017年度. [4AW13-6]
吉田知之, 山形敦史, 田端彩子, 和泉宏謙, 城島知子, 金主賢, 深田優子, 深田正紀, 高雄啓三, 森寿, et al. 遺伝子点変異による精神神経疾患の発症機構解明シナプスオーガナイザー遺伝子点変異導入マウスを用いた神経発達障害発症機構の解明. 日本生物学的精神医学会・日本神経精神薬理学会合同年会プログラム・抄録集. 2017. 39回・47回. 82-82
A Yamagata, Y Kakuta, R Masui, K Fukuyama. Crystal structure of exonuclease RecJ bound to manganese ion. BIOPHYSICAL JOURNAL. 2002. 82. 1. 123A-123A

Lectures and oral presentations (4)：

Uptake mechanism of iron-phytosiderophore by Yellow stripe 1 transporter
(International Symposium on Iron Nutrition and Interactions in Plants 2024)
植物の鉄錯体取り込みの構造基盤
(生命金属科学シンポジウム 2024)
クライオ電子顕微鏡と分子動力学計算の組み合わせによるトランスポーターの輸送機構の解明と農芸化学への応用
(日本蛋白質科学学会-農芸化学学会連携ワークショップ 2024)
理研・横浜事業所における in situ 構造生物への取り組み
(日本顕微鏡学会分科会 2022)

※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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