Watanabe Chiduru

ワタナベチヅル | Watanabe Chiduru

Affiliation and department：
Homepage URL (2)： https://www.bdr.riken.jp/ja/research/labs/honma-t/ , https://www.bdr.riken.jp/en/research/labs/honma-t/

Research field (4)： Pharmaceuticals - chemistry and drug development , Bio-, chemical, and soft-matter physics , Basic physical chemistry , Computational science

Research keywords (7)： FMODB , インシリコ創薬 , パイエルス転移 , 量子構造生物学 , BioStation , ABINIT-MP , フラグメント分子軌道法

Research theme for competitive and other funds (3)：

2023 - 2026 Construction of a predictive model for antigen-antibody interaction energies using the FMO database
2018 - 2022 Proton in Quantum Structural Biology: Synergistic Effect and Structure
2018 - 2021 Collection of inter- and intramolecular interactions data and applications of database to drug discovery based on fragment molecular orbital method

Papers (56)：

Yuya Seki, Chiduru Watanabe, Norihiko Tani, Kikuko Kamisaka, Tatsuya Ohyama, Daisuke Takaya, Teruki Honma. Structural Stability and Binding Ability of SARS-CoV-2 Main Protease with GC376: A Stereoisomeric Covalent Ligand Analysis by FMO calculation. Chem-Bio Informatics Journal. 2024. 24. 13-24
Hirotomo Moriwaki, Yusuke Kawashima, Chiduru Watanabe, Kikuko Kamisaka, Yoshio Okiyama, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma. FMOe: Preprocessing and visualizing package of the fragment molecular orbital method for Molecular Operating Environment and its applications in covalent ligand and metalloprotein analyses. 2024
Koichiro Kato*, Ami Yamamoto, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa. Application of Model Core Potentials to Zn- and Mg-containing Metalloproteins in the Fragment Molecular Orbital Method. Chem-Bio Informatics Journal. 2023. 23. 14-25
Chiduru Watanabe, Shigenori Tanaka, Yoshio Okiyama, Hitomi Yuki, Tatsuya Ohyama, Kikuko Kamisaka, Daisuke Takaya, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma. Quantum Chemical Interaction Analysis between SARS-CoV-2 Main Protease and Ensitrelvir Compared with Its Initial Screening Hit. The Journal of Physical Chemistry Letters. 2023. 3609-3620
Kaori FUKUZAWA, Chiduru WATANABE, Koichiro KATO. Structure and Mechanism Analysis of Proteins by Fragment Molecular Orbital Calculations. Nihon Kessho Gakkaishi. 2023. 65. 1. 17-25

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MISC (74)：

渡邉千鶴, 渡邉千鶴, 神坂紀久子, 今井恭平, 滝本大地, 斎藤涼祐, 栗田典之, 岡山友樹, 宮嶋起徳, 吉本耀, et al. FMODBデータ収集:高分解能X線結晶構造データに対する量子化学計算. 日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集. 2022. 22nd (Web)
渡邉千鶴, 田中成典, 沖山佳生, 大山達也, 神坂紀久子, 幸瞳, 高谷大輔, 福澤薫, 本間光貴. FMO法を用いたSARS-CoV-2メインプロテアーゼ-阻害薬S-217622結合メカニズムの解明. 構造活性相関シンポジウム講演要旨集. 2022. 50th (CD-ROM)
海老原佳奈, 稲葉和恵, 千田美紀, 小祝孝太郎, 高谷大輔, 渡邉千鶴, 安孫子ユミ, 今村理世, 岡部隆義, 小島宏建, et al. ネッタイシマカの脱皮ホルモン生合成制御因子Noppera-boに対する阻害剤の作用機序に関する構造生物学的研究. 日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集. 2022. 22nd (Web)
海老原佳奈, 稲葉和恵, 小祝孝太郎, 高谷大輔, 渡邉千鶴, 安孫子ユミ, 今村理世, 岡部隆義, 小島宏建, 佐久間知佐子, et al. Novel Insecticides Targeting the Molting Hormone Biosynthetic Pathway in Aedes aegypti. 日本農芸化学会大会講演要旨集(Web). 2022. 2022
半田佑磨, 川嶋裕介, 古石誉之, 米持悦生, 伊藤拓宏, 斉藤大寛, 斉藤大寛, 岩崎信太朗, 岩崎信太朗, 加藤幸一郎, et al. Dynamical FMO analysis for RNA sequence specificity of eIF4A-inhibitor complex. 日本薬学会年会要旨集(Web). 2022. 142nd

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Works (1)：

FMODB
2019 - 現在

Committee career (1)：

2014/11 - 現在 FMO創薬コンソーシアム世話人

Awards (3)：

2022/10 - 中性子科学会波紋 President Choice (論文賞) タンパク質-リガンド間相互作用解析における水素原子構造の重要性~量子化学計算データに基づく精緻な論理創薬へ向けた取り組み~
2021/03 - 理化学研究所桜舞賞(研究奨励賞)
2011/11 - Chem-bio informatics society CBI2011 Poster Award the Best Poster New fragmentation of Fragment Molecular Orbital Method applicable to Fragment Based Drug Design

※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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