Tsuyuzaki Koki

ツユザキコウキ | Tsuyuzaki Koki

Affiliation and department：
Homepage URL (1)： https://sites.google.com/view/kokitsuyuzaki/top

Research field (1)： Genomics

Research keywords (10)： Multivariate Analysis , Software Development , Data Integration , Open Source Software , Bioinformatics , Transcriptome , non-model organism , Cell-Cell Interaction , Microbiology , Pharmacy

Research theme for competitive and other funds (5)：

2023 - 2028 バルクエピゲノムデータにおけるCell-type Deconvolution法の確立
2024 - 2027 質量分析データリポジトリの大規模再解析による代謝研究基盤の構築
2022 - 2026 貫通した消化管の起源をウニ幼生から探る
2019 - 2023 Identification and Functional Elucidation of Orphan Receptor-Binding Ligands using Non-negative Tensor Decomposition
2016 - 2019 1細胞RNA-Seqデータ内に含まれる細胞型を特定する解析手法の確立

Papers (21)：

露崎弘毅. 行列・テンソル分解によるヘテロバイオデータ統合解析の数理 -第5回ランダムウォーク-. JSBi Bioinformatics Review. 2024. 5. 1. 1-15
Koki Tsuyuzaki, Manabu Ishii, Itoshi Nikaido. Sctensor detects many-to-many cell-cell interactions from single cell RNA-sequencing data. BMC bioinformatics. 2023. 24. 1. 420-420
Koki Tsuyuzaki, Naoki Yoshida, Tetsuo Ishikawa, Yuki Goshima, Eiryo Kawakami. Non-negative tensor factorization workflow for time series biomedical data. STAR Protocols. 2023. 4. 3. 102318-102318
Koki Tsuyuzaki. dcTensor: An R package for discrete matrix/tensor decomposition. Journal of Open Source Software. 2023. 8. 88. 5664-5664
Koki Tsuyuzaki. iTensor: An R package for independent component analysis-based matrix/tensor decomposition. Journal of Open Source Software. 2023. 8. 87. 5496-5496

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MISC (2)：

Books (5)：

実験医学増刊 Vol.41 No.15 マルチオミクスデータ駆動時代の疾患研究〜がん、老化、生活習慣病最新のオミクス統合で挑む標的探索と病態解明
羊土社 2023 ISBN:4758104131
バイオDBとウェブツール : ラボで使える最新70選 : 知る・学ぶ・使う、バイオDX時代の羅針盤
羊土社 2022 ISBN:9784758104067
RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ (実験医学別冊)
羊土社 2019 ISBN:9784758122436
シングルセル解析実験ガイド(実験医学別冊)
羊土社 2017 ISBN:9784758122344
次世代シーケンサー DRY解析教本
秀潤社 2015 ISBN:9784780909203

Lectures and oral presentations (39)：

君たちはどう生きるか?
(IIBMP2023 ナイトセッション 2023)
オープニング
(IIBMP2023 LLMワークショップ 2023)
生命科学にパラダイムシフトを起こすテンソル分解技術
(IPSJ-ONE 2022 2022)
Introduction to tensor packages to handle heterogeneous and multi-dimensional data structures
(The 44th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan, Data science and machine learning: Tackling the Noise and Heterogeneity of the Real World 2021)
Cell-cell Interaction Workshop
(BioC Asia 2021 2021)

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Education (3)：

2012 - 2015 Undergraduate School of Tokyo University of Science Faculty of Pharmaceutical Sciences Doctoral course
2010 - 2012 Undergraduate School of Tokyo University of Science Faculty of Pharmaceutical Sciences Master's course
2006 - 2010 Tokyo University of Science Faculty of Pharmaceutical Sciences Department of Medicinal and Life Sciences

Professional career (1)：

薬科学 (東京理科大学)

Work history (9)：

2023/04 - 現在 RIKEN
2023/04 - 現在 Chiba University Institute for Advanced Academic Research (IAAR) Project Lecturer
2023/04 - 現在 Chiba University Graduate School of Medicine Department of Artificial Intelligence Medicine Project Lecturer
2022/04 - 2023/03 Chuo University Faculty of Science and Engineering
2020/04 - 2023/03 理化学研究所基礎科学特別研究員

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Committee career (1)：

2021/09 - 2021/09 2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021) プログラム委員

Awards (2)：

2013/10 - JSBi 2013 BioHack Competition MeSHR Framework
2012/03 - Tokyo University of Science Best performance award of thesis for master degree

Association Membership(s) (1)：

JAPANESE SOCIETY FOR BIOINFORMATICS

※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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