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J-GLOBAL ID：201801020220824968   Update date: May. 24, 2024

Yutaka Kuroda

Yutaka Kuroda
Affiliation and department：
東京農工大学 工学研究院生命機能科学部門

About 東京農工大学 工学研究院生命機能科学部門


Job title： 教授
Other affiliations (3)：
Research field  (5)： Immunology ,  Biophysics ,  Structural biochemistry ,  Bio-, chemical, and soft-matter physics ,  Biological, health, and medical informatics
Research keywords  (1)： protein folding, protein structure , NMR, CD , thermodynamics, bioinformatics, machine learning, antibody engineering, Immunology, antibody engineering, vaccine
Research theme for competitive and other funds  (25)：
  • 2020 - 2023 Mechanical modulation of transcription with intermediate filament
  • 2018 - 2021 溶解性制御タグを用いたタンパク質の凝集性と免疫原性の関係解明及びその制御法の開発
  • 2017 - 2020 ペプチドタグを用いたタンパク質のアモルファス凝集体の制御及びその細胞毒性の解析
  • 2015 - 2017 神経ペプチドの体系的なデータベースの構築と機械学習法を用いたその構造傾向性の予測
  • 2015 - 2017 ペプチド系溶解性制御タグによるタンパク質抗原性の制御及びその分子機構の解明
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Papers (160)：
  • Thao Tu, Tharangani Rathnayaka, Toshiyo Kato, Kenji Mizutani, Tomonori Saotome, Keiichi Noguchi, Shun-ichi Kidokoro, Yutaka Kuroda. Design and Escherichia coli Expression of a Natively Folded Multi-Disulfide Bonded Influenza H1N1-PR8 Receptor-Binding Domain (RBD). International Journal of Molecular Sciences. 2024. 25. 7. 3943-3943
  • Takahiro Yoshizue, Subbaian Brindha, Rawiwan Wongnak, Hitoshi Takemae, Mami Oba, Tetsuya Mizutani, Yutaka Kuroda. Antisera Produced Using an E. coli-Expressed SARS-CoV-2 RBD and Complemented with a Minimal Dose of Mammalian-Cell-Expressed S1 Subunit of the Spike Protein Exhibits Improved Neutralization. International Journal of Molecular Sciences. 2023. 24. 13. 10583-10583
  • Md. Golam Kibria, Yukari Shiwaku, Subbaian Brindha, Yutaka Kuroda. Biophysical and biochemical nature of amorphous protein oligomers determines the strength of immune response and the generation of T-cell memory. The FEBS Journal. 2023
  • Md. Din Islam, Tahmina Sharmin, Imrul Hasan Tipo, Antara Saha, Sanjida Yesmin, Moushumi Ghosh Roy, Subbaian Brindha, Yutaka Kuroda, M. Monirul Islam. The Immunogenicity of DENV1-4 ED3s Strongly Differ despite Their Almost Identical Three-Dimensional Structures and High Sequence Similarities. International Journal of Molecular Sciences. 2023. 24. 3. 2393-2393
  • Rawiwan Wongnak, Subbaian Brindha, Takahiro Yoshizue, Sawaros Onchaiya, Kenji Mizutani, Yutaka Kuroda. E. coli production of a multi-disulfide bonded SARS-CoV-2 Omicron BA.5 RBD exhibiting native-like biochemical and biophysical properties. Biophysics and physicobiology. 2023. 20. 4. e200036-n/a
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MISC (10)：
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Patents (9)：
  • 抗原組成物
  • 組換ポリペプチドの発現量及び収量の向上方法
  • 短いペプチドタグによるタンパク質の免疫抗原性の向上法
  • 発現予測装置および発現予測方法
  • 可溶性予測装置および可溶性予測方法
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Books (24)：
  • Biophysical analysis of protein amorphous aggregation and its relation to in vivo protein immunogenicity upsurge
    2021
  • タンパク質表面電荷が溶解性に及ぼす影響の格子モデル解析(特集「創薬研究と新技術開発」)
    化学工業社 2019
  • 月刊バイオインダストリー・蛍光セルフクエンチを用いたアモルファス凝集形成機構の解析
    シーエムシー出版 2015
  • 化学便覧 応用化学編 第7版、
    丸善出版株式会社(2014) 2014
  • 化学便覧 応用化学編 第7版
    公益社団法人 日本化学会 丸善出版株式会社 2014
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Lectures and oral presentations  (320)：
  • Exploration of SARS-Cov-2 RBD-Human ACE2 inhibitors by docking simulation using a compounds library
    (2024)
  • Analysis of Differences in the Binding of Spike Protain and ACE2 among SARS-Cov-2 Variants
    (2024)
  • Escherichia Coli-expression of a natively folded influenza H1N1-PR8 Receptor Binding Domain(RBD)
    (2024)
  • Aggregates of a mAb caused by agitation induced a high immune response than caused by heating
    (2024)
  • A Simplified technique for His-tagged recombinant protein purification by Ni(II)-induced precipitation
    (2024)
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Works (16)：
  • 黒田裕、支部だより「東日本大震災:東京の会員からのご報告」、日本生物物理学会誌、Vol. 51 (2011) , No. 5 238-239 (2011)
    2011 - 2011
  • 黒田裕、上岡哲也、惣谷志保里, VanXの溶菌活性の解明と菌体内生産物の精製工程の簡略化,未来材料、2011年8月号掲載予定
    2011 - 2011
  • 加藤淳、モハマド・M・イスラム、黒田裕「蛋白質の構造形成に必要な 最小情報とは」-単純化ウシ膵臓トリプシン阻害蛋白質変異体構造と熱力学-、蛋白質 核酸 酵素、Vol.54 No.5(2009)、643-648
    2009 - 2009
  • 上岡哲矢、田輪みな子、惣谷志保里、黒田裕「プロテインスプライシングの工学的応用と技術」、実用産業情報、39、24-27
    2006 - 2006
  • Taro Kinoshita , Yuichi Masubuchi , Yutaka Kuroda, and Shihori Sohya " Rheology of semi-dilute solution of E.coli DNA ", Proc. the 2nd Int. Workshop for Far East Asian Young Rheologists, p40
    2006 - 2006
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Education (3)：
  • - 1990 The University of Tokyo Graduate School of Science Department of Physics
  • - 1987 The University of Tokyo Graduate School of Science Department of Physics
  • - 1985 ETH-Zurich, Switzerland Physics Department Physics Department
Professional career (1)：
  • Doctor of Science (The University of Tokyo)
Work history (4)：
  • 1998/10 - 2003/12 - 理化学研究所・ゲノム科学総合研究センター・タンパク質構造・機能研究グループ研究員及び上級研究員
  • 1995/09 - 1997 - 米国、マサチューセッツ工科大学(MIT)、Whitehead研究所、Peter S Kim研究室留学 (95/96年 Human Frontier Science Program Fellow、97年Whitehead Fellow)
  • 1991/04 - 1995/08 - 蛋白質工学研究所 研究員
  • 1990/04 - 1991/03 - 蛋白質工学研究所 ポスドク研究員
Committee career (8)：
  • 2022 - 2024 IUPAC Chairman
  • 2018/04/01 - 2018/08/31 第18回日本蛋白質科学会 年会監事
  • 2004 - 日本物理学会 会誌編集員
  • 2004 - Japanese Physical Society Editor, Bulletin of the JPS
  • 2003 - 日本生物物理学会 2003年年会実行委員/地域編集員
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Association Membership(s) (6)：
日本蛋白科学会 ,  日本生物物理学会 ,  Japanese Physical Society ,  International Comity for Structural Genomics ,  米国Protein Society ,  日本化学会
※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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