ANDOH Yoshimichi

Affiliation and department：

Research field (4)： Bio-, chemical, and soft-matter physics , Basic physical chemistry , Virology , High-performance computing

Research keywords (8)： Molecular dynamics calculations , Self assemblies of molecules in solution , Interfacial properties , Biomembranes , Lipid bilayers , Virus capsids , Parallelization of computer programs , High Performance Computing

Research theme for competitive and other funds (6)：

2022 - 2027 Basic research for an extension of space-scale in classical molecular dynamics calculations by introducing machine-learning potential
2016 - 2020 Molecular dynamics study of membrane properties of lipid bilayers with asymmetric lipid composition
2018 - 2019 分子動力学計算ソフトウェアMODYLASのストロングスケーラビリティ向上のための演算および通信性能最適化
2017 - 2018 分子動力学計算ソフトウェアMODYLASの大規模メニーコア・ワイドSIMDクラスター対応並列化に関する研究
2016 - 2017 分子動力学計算ソフトウェアMODYLASのメニーコアおよびワイドSIMDアーキテクチャ対応並列化に関する研究

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Papers (30)：

Yoshimichi Andoh, Shin-ichi Ichikawa, Tatsuya Sakashita, Kazushi Fujimoto, Noriyuki Yoshii, Tetsuro Nagai, Zhiye Tang, Susumu Okazaki. An exa-scale high-performance molecular dynamics simulation program: MODYLAS. The Journal of Chemical Physics. 2023. 158. 19
Yoshimichi Andoh. Algorithm to minimize MPI communications in the parallelized fast multipole method combined with molecular dynamics calculations. Journal of computational chemistry. 2021. 42. 15. 1073-1087
Yoshii, N., Andoh, Y., Okazaki, S. Fast multipole method for three-dimensional systems with periodic boundary condition in two directions. Journal of Computational Chemistry. 2020. 41. 9
Andoh, Y., Yoshii, N., Okazaki, S. Extension of the fast multipole method for the rectangular cells with an anisotropic partition tree structure. Journal of Computational Chemistry. 2020. 41. 14
Andoh, Y., Hayakawa, S., Okazaki, S. Molecular dynamics study of lipid bilayers modeling outer and inner leaflets of plasma membranes of mouse hepatocytes. I. Differences in physicochemical properties between the two leaflets. Journal of Chemical Physics. 2020. 153. 3

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MISC (117)：

安藤嘉倫. OpenMP SIMDディレクテブ挿入による第一原理計算プログラムCONQUESTの高速化 II:gemmコードとの性能比較. 分子シミュレーション討論会講演要旨集. 2021. 35th (CD-ROM)
安藤嘉倫. ソフトウェア紹介:MODYLAS. アンサンブル. 2020. 22. 2
安藤嘉倫. OpenMP SIMDディレクテブ挿入による第一原理計算プログラムCONQUESTの高速化. 分子シミュレーション討論会講演要旨集. 2020. 34th (CD-ROM)
伊藤有毅, 安藤嘉倫, 岡崎進, 岡崎進. 分子動力学法を用いたナノチャンネル内における負圧下での水の安定性メカニズムの解明. 分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web). 2019. 13th
安藤嘉倫, 早川志保, 岡崎進. 非対称な脂質組成を持った脂質二重層膜内での脂質分子側方凝集に関する理論的研究. 分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web). 2019. 13th

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Books (4)：

化学便覧基礎編改訂6版
丸善出版 2021 ISBN:9784621305218
計算科学のためのHPC技術
大阪大学出版会 2017 ISBN:9784872595864
ケイサンブッシツカガク
学研プラス 2016
The Art of High Performance Computing for Computational Science: Advanced Techniques and Examples for Materials Science: Vol 2
Springer Singapore 2009

Lectures and oral presentations (101)：

OpenMP SIMDディレクテブ挿入による第一原理計算プログラムCONQUESTの高速化 II:gemmコードとの性能比較
(分子シミュレーション討論会講演要旨集 2021)
Large-scale molecular dynamics simulations of biomolecular assemblies
(Frontiers of Computational Physics from meV to MeV 2020)
OpenMP SIMDディレクテブ挿入による第一原理計算プログラムCONQUESTの高速化
(分子シミュレーション討論会講演要旨集 2020)
親水性壁に挟まれた負圧下にある水液膜内の分子構造およびダイナミクスに関する研究
(分子シミュレーション討論会講演要旨集 2019)
次期スパコン「富岳」での大規模・長時間分子動力学計算実現のためのソフトウェアMODYLASの性能向上
(分子シミュレーション討論会講演要旨集 2019)

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Works (1)：

General-purpose molecular dynamics calculation software, MODYLAS
Yoshimichi Andoh, Noriyuki Yoshii, Kazushi Fujimoto, Hidekazu Kojima, Atsushi Yamada, Susumu Okazaki, Kensuke Iwahashi, Fumiyasu Mizutani 2013 - 現在

Work history (1)：

2020/04 - 現在 National Institute for Materials Science

Committee career (8)：

2021/01 - 現在 The Molecular Simulation Society of Japan Executive secretary
2021 - 2021 HPC Asia 2021 Program Committee, Application and Algorithms session
2020 - 2020 第33回分子シミュレーション討論会実行委員
2019 - 2019 第13回分子科学討論会実行委員
2017 - 2018 Joint Conference of European Molecular Liquids Group(EMLG)/Japanese Molecular Liquids Group (JMLG) meeting 2018 and 41st Symposium on Solution Chemistry of Japan Organizing Committee

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Awards (1)：

2017/11 - The Molecular Simulation Society of Japan Academic Award of the Molecular Simulation Society of Japan

Association Membership(s) (2)：

Japan Society for Molecular Science , The Molecular Simulation Society of Japan

※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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