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J-GLOBAL ID：200901003525240956   Update date: Apr. 19, 2024

Okamura Kohji

オカムラ コウジ | Okamura Kohji
Affiliation and department：
国立研究開発法人国立成育医療研究センター システム発生・再生医学研究部 組織工学研究室

About 国立研究開発法人国立成育医療研究センター システム発生・再生医学研究部 組織工学研究室


Job title： 室長
Homepage URL  (1)： https://aihospital.ncchd.go.jp/okamura/
Research field  (8)： Genetics ,  Molecular biology ,  Genomics ,  Systems genomics ,  Software ,  Biological, health, and medical informatics ,  Information security ,  Basic physical chemistry
Research keywords  (8)： gene regulation ,  genomic imprinting ,  retrotransposition ,  DNA methylation ,  deep learning ,  information security ,  molecular evolution ,  bacteria
Research theme for competitive and other funds  (6)：
  • 2023 - 2026 クラウド上の医療AI利用促進のためのネットワークセキュリティ構成類型化と実証及び施策の提言
  • 2021 - 2024 細胞のリプログラミングによるDNAメチル化変化を利用した遺伝子発現制御の理解
  • 2016 - 2019 iPS細胞誘導によるクローン性を利用したドライバーおよびパッセンジャー変異の検出
  • 2011 - 2015 プロモータ領域のメチル化を利用した遺伝子発現制御の進化的な獲得
  • 2008 - 2010 多種間の比較ゲノム解析による新規メチル化制御配列の同定
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Papers (72)：
  • Hattori A, Seki A, Inaba N, Nakabayashi K, Takeda K, Tatsusmi K, Naiki Y, Nakamura A, Ishiwata K, Matsumoto K, et al. Expression levels and DNA methylation profiles of the growth gene SHOX in cartilage tissues and chondrocytes. Sci. Rep. 2024. 14. 1. 8069
  • Amano N, Narumi S, Aizu K, Miyazawa M, Okamura K, Ohashi H, Katsumata N, Ishii T, Hasegawa T. Single-exon deletions of ZNRF3 exon 2 cause congenital adrenal hypoplasia. J. Clin. Endocrinol. Metab. 2024. 109. 3. 641-648
  • Kawano T, Okamura K, Shinchi H, Ueda K, Nomura T, Shiba K. Differentiation of large extracellular vesicles in oral fluid: combined protocol of small force centrifugation and sedimentation pattern analysis. J. Extracell. Biol. 2024. 3. 2. e143
  • Uchiyama T, Kawai T, Nakabayashi K, Nakazawa Y, Goto F, Okamura K, Nishimura T, Kato K, Watanabe N, Miura A, et al. Myelodysplasia after clonal hematopoiesis with APOBEC3-mediated CYBB inactivation in retroviral gene therapy for X-CGD. Mol. Ther. 2023. 31. 12. 3424-3440
  • Yoshida M, Nakabayashi K, Yang W, Sato-Otsubo A, Tsujimoto SI, Ogata-Kawata H, Kawai T, Ishiwata K, Sakamoto M, Okamura K, et al. Prevalence of pathogenic variants in cancer-predisposing genes in second cancer after childhood solid cancers. Cancer Med. 2023. 12. 10. 11264-11273
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Patents (4)：
  • Materials and methods for glycan profiling
  • 非破壊的な細胞解析方法
  • 細胞判定装置、細胞判定方法及びプログラム
  • Memory management
Books (6)：
  • スプレッドシートに代わる関係データベースの活用
    メディカル ドゥ 遺伝子医学 通巻43号 2023 ISBN:9784909508218
  • Understanding the contribution of deep learning to the future of genetic counseling
    Japanese Journal of Genetic Counseling 2022
  • 間葉系幹細胞研究を変えつつある人工知能
    医歯薬出版 医学のあゆみ 第272巻10号, 1064-1068 (ASIN: B0851M9H94) 2020
  • Understanding deep learning by a glimpse of a future genome database
    Medical Do 2019 ISBN:9784909508027
  • Handbook of Human Molecular Evolution
    Wiley 2008
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Lectures and oral presentations  (33)：
  • Changes in gene expression and DNA methylation during longitudinal aging in a human individual
    (第41回日本ヒト細胞学会学術集会 2023)
  • Understanding deep learning to contribute to the future of genetic counseling
    (第46回日本遺伝カウンセリング学会学術集会 2022)
  • Genome-wide identification of polymorphisms between C57BL/6 and JF1 and allele-specific expression analyses
    (第35回日本分子生物学会年会 2012)
  • Profiling ascidian promoters as the primordial type of vertebrate promoter
    (The 10th International Conference on Bioinformatics 2011)
  • Gradual transition from mosaic to global DNA methylation patterns during deuterostome evolution
    (The 9th International Conference on Bioinformatics 2010)
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Education (3)：
  • 1999 - 2003 University of Tokyo Graduate School of Medicine Department of Molecular Cell Biology
  • 1994 - 1996 Tohoku University Graduate School of Science Department of Chemistry
  • 1990 - 1994 Tohoku University Faculty of Science Department of Chemistry
Professional career (2)：
  • Master of Science (Tohoku University)
  • Ph.D. (The University of Tokyo)
Work history (12)：
  • 2021 - 現在 Mie University Graduate School of Medicine Associate professor
  • 2012 - 現在 National Center for Child Health and Development Department of Systems BioMedicine Division chief
  • 2015 - 2018 Kyoto University Graduate School of Medicine Visiting researcher
  • 2012 - 2013 Waseda University School of Social Sciences Part-time lecturer
  • 2011 - 2013 Tsukuba University Graduate School of Comprehensive Human Sciences Part-time lectuler
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Committee career (1)：
  • 学際生命科学東京コンソーシアム 教育高度化部会委員
Awards (1)：
  • 2011/12 - Asia Pacific Bioinformatics Network Best Paper Award (InCob 2011) Profiling ascidian promoters as the primordial type of vertebrate promoter
Association Membership(s) (3)：
日本エピジェネティクス研究会 ,  日本バイオインフォマティクス学会 ,  日本分子生物学会
※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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