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J-GLOBAL ID：200901031632447753   Update date: Nov. 27, 2025

NAKAMURA Shugo

ナカムラ シュウゴ | NAKAMURA Shugo
Affiliation and department：
Toyo University INIAD

About Toyo University INIAD


Job title： Professor
Research field  (3)： Biological, health, and medical informatics ,  Intelligent informatics ,  Statistical science
Research keywords  (4)： 生命情報科学 ,  生物情報工学 ,  計算機科学 ,  information science
Research theme for competitive and other funds  (28)：
  • 2024 - 2027 Prediction of Complex Structures of Intrinsically Disordered Proteins by Deep Learning Techniques Considering Dynamics Information
  • 2009 - 2011 Comprehensive analysis of the structural information of disorder proteins using computers
  • 2008 - 2010 Database Development and Functional Analysis of Protein Disorder Regions
  • 2008 - 2010 タンパク質相互作用のネットワーク予測から原子レベルの結合予測までの統合的研究
  • 2007 - 2008 Development of protein function prediction system based on local sequence-structure relationships
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Papers (117)：
  • Yoshihito Suzuki, Hikaru Ichikawa, Yuri Kunioka, Umi Miyata, Shugo Nakamura, Zui Fujimoto. A unique substrate specificity of PonAAS2, an aromatic aldehyde synthase, involved in phytohormone auxin biosynthesis in a gall-inducing sawfly Euura sp. “Pontania”. Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry. 2025
  • Tuan Nguyen, Hirotada Honda, Takashi Sano, Vinh Nguyen, Shugo Nakamura, Tan Minh Nguyen. From Coupled Oscillators to Graph Neural Networks: Reducing Over-smoothing via a Kuramoto Model-based Approach. Proceedings of The 27th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics (AISTATS2024). 2024. PMLR 238. 2710-2718
  • Phuong Dinh, Deddy Jobson, Takashi Sano, Hirotada Honda, Shugo Nakamura. Understanding Neural ODE prediction decision using SHAP. Proceedings of the 5th Northern Lights Deep Learning Conference (NLDL). 2024. PMLR 233. 53-58
  • Mitsuaki Ueno, Takashi Sano, Hirotada Honda, Shugo Nakamura. Detecting Fraudulent Cryptocurrencies Using Natural Language Processing Techniques. Transactions of the Japanese Society for Artificial Intelligence. 2023. 38. 5. E-N34_1
  • Md Abdulla Al Mamun, Wei Cao, Shugo Nakamura, Jun-Ichi Maruyama. Large-scale identification of genes involved in septal pore plugging in multicellular fungi. Nature communications. 2023. 14. 1. 1418-1418
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MISC (98)：
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Books (8)：
  • 分子シミュレーションによるHCVポリメラーゼの薬剤耐性変異解析, 消化器・肝臓内科 第6巻第6号 特集 II.新規技術の肝臓病研究への応用
    科学評論社 2019
  • バイオインフォマティクスと分子動力学シミュレーション, 先端医療シリーズ49「消化器疾患の最新医療」
    先端医療技術研究所 2018
  • タンパク質立体構造予測 -de novoモデリング-, 遺伝子医学MOOK 14「次世代創薬テクノロジー 実践:インシリコ創薬の最前線」, 竹田-志鷹, 梅山編, 49-54
    メディカルドゥ 2009
  • バイオインフォマティクス・コンピューティング, Bryan Bergeron著, 清水, 中村監訳
    オーム社 2004
  • 分子シミュレーションの並列計算法, 化学フロンティア8「生体系のコンピュータ・シミュレーション」, 岡崎, 岡本編, 50-62
    化学同人 2002
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Lectures and oral presentations  (14)：
  • Overview of machine learning/deep learning methods and their application to the life sciences
  • Machine Learning, Deep Learning and Life Sciences
    (The Basics of Bioinformatics 8 2021)
  • Machine Learning, Deep Learning and Life Sciences
    (The Basics of Bioinformatics VII 2020)
  • 肝炎研究へのバイオインフォマティクスによるアプローチ例
    (日本肝臓学会大会・ランチョンセミナーC 2019)
  • 生命科学データのデータマイニングと分子シミュレーション ~タンパク質凝集性解析とNSAIDs・トレハロース相互作用解析~
    (第161回日本獣医学会学術集会 2018)
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Education (4)：
  • 1991 - 1995 The University of Tokyo
  • - 1995 The University of Tokyo Graduate School, Division of Agricultural Science
  • 1989 - 1991 The University of Tokyo The Faculty of Engineering Department of Mathematical Engineering and Information Physics
  • - 1991 The University of Tokyo Faculty of Engineering
Professional career (2)：
  • Ph.D. (The University of Tokyo)
  • 博士(農学) (東京大学)
Work history (7)：
  • 2017/04 - 現在 Toyo University INIAD Professor
  • 2016/04 - 2017/03 The University of Tokyo Graduate School of Agricultural and Life Sciences
  • 2002/02 - 2017/03 Associate Professor, The Univ. of Tokyo
  • 2012/04 - 2016/03 The University of Tokyo
  • 2002/02 - 2012/03 The University of Tokyo Graduate School of Agricultural and Life Sciences
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Association Membership(s) (6)：
情報処理学会 ,  日本バイオインフォマティクス学会 ,  日本蛋白質科学会 ,  生物物理学会 ,  情報計算化学生物学会 ,  人工知能学会
※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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