Osada Naoki

オサダナオキ | Osada Naoki

Affiliation and department：
Homepage URL (1)： https://sites.google.com/view/nosada17/

Research field (4)： Systems genomics , Genomics , Biodiversity and systematics , Evolutionary biology

Research keywords (3)： Population genetics , Molecular genetics , Anthropology

Research theme for competitive and other funds (15)：

2023 - 2028 先史人類による人為的環境形成(動物相)に関する研究
2023 - 2028 Integrative Bioarcheology: Reconstruction of Human Prehistory around the Japanese Archipelago
2022 - 2026 Comprehensive search and population genetic analysis of virus-like sequences in human genomes
2022 - 2026 Comprehensive search and population genetic analysis of virus-like sequences in human genomes
2023 - 2026 Thousands of adaptive changes emerging from thousands of genomes within a species

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Papers (100)：

Yi Cong, Naoki Osada, Toshinori Endo. Reproducible and Multi-Study Transcriptomic Integration with disint , Disease Integration and Clustering Toolkit, and Application to Drug Repositioning. OMICS: A Journal of Integrative Biology. 2026
Francisco José Martínez-Martínez, Álvaro Chiner-Oms, Victoria Furió, Francisco José Martínez-Martínez, Victoria Furió, Iñaki Comas, Álvaro Chiner-Oms, Yoshio Yamaoka, John P Dekker, Francis Megraud, et al. Genomic determinants of antibiotic resistance for Helicobacter pylori treatment: a retrospective phenotypic and genotypic observational study. The Lancet Microbe. 2025. 101217-101217
Tomoki Yano, Toyoyuki Takada, Kazumichi Fujiwara, Dai Watabe, Shutaro Hirose, Hiroshi Masuya, Toshinori Endo, Naoki Osada. Evolutionary dynamics of polymorphic endogenous retrovirus insertions across wild house mouse populations. 2025
Masaki Fukuyo, Noriko Takahashi, Katsuhiro Hanada, Ken Ishikawa, Česlovas Venclovas, Koji Yahara, Hideo Yonezawa, Takeshi Terabayashi, Yukako Katsura, Naoki Osada, et al. Helicobacter pylori base-excision restriction enzyme in stomach carcinogenesis. PNAS Nexus. 2025. 7. 8. pgaf244
Naoko Kotani, Yu Endo, Naoki Osada, Tsutomu Mano, Alexei V. Abramov, Ryuichi Masuda. Copy Number Variation in the Amylase Gene (AMY) in the Brown Bear (Ursus arctos), Based on Whole Genome Resequencing Data. Zoological Science. 2025. 42. 4. 366-373

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MISC (64)：

Naoki Osada. Simulated short-read sequence dataset of Fictus yaponesiae. 2025
長田直樹. 日本列島域先史時代の人類と動物. 細胞. 2024. 56. 34-35
藤原一道, 長田直樹. 東アジアのハツカネズミにおける亜種間交雑によるゲノム進化. 実験医学. 2024. 42. 2549-2552
細川竜聡, 里村和浩, 長田直樹, 遠藤俊徳. De novo Gene Birth:ゲノムの非コード領域から新たに誕生する遺伝子. 日本遺伝学会大会プログラム・予稿集. 2023. 95th (CD-ROM)
長田直樹. ソフトウェア紹介13:SLiM-前向きシミュレーターについて. Yaponesian. 2022. 4. はる. 12-13

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Books (13)：

ヤポネシアの動植物ゲノム = Deciphering plant and animal genomes in Yaponesia
朝倉書店 2025 ISBN:9784254177930
ヤポネシアの現代人ゲノム = Deciphering modern human genomes in Yaponesia
朝倉書店 2025 ISBN:9784254177916
ゲノム多様性解析 = Genome diversity analysis
森北出版 2025 ISBN:9784627261716
Evaluating the Interesting Journey of Taro Plant Varieties to Japan Using Phylogenetic Analysis
Springer Nature 2024 ISBN:9789819768868
Human Impacts on the Evolution of Rats and Mice in East Asia
Springer Nature 2024 ISBN:9789819768875

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Lectures and oral presentations (127)：

ハツカネズミから知る人類の歴史
(第79回日本人類学会大会 2025)
集団遺伝学基礎講義・「ゲノム多様性解析」ハンズオンセミナー
(2025)
次世代シークエンサーを用いたゲノム多様性解析の概要
(第26回日本進化学会神奈川大会 2024)
Inference of population history and selective force on house mouse genomes during secondary contact in East Asia
(SMBE Regional Meeting in Taiwan 2024)
ゲノムデータのQC,マッピング,バリアントコール,フィルタリング
(第一回統合生物考古学セミナー 2023)

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Education (2)：

1997 - 2002 東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻
1993 - 1997 University of Tokyo

Professional career (1)：

ph, D. (The University of Tokyo)

Work history (13)：

2023/04 - 現在札幌医科大学, 非常勤講師
2019/04 - 現在 Hokkaido University
2024/04 - 名古屋大学, 大学院生命農学研究科, 非常勤講師
2017/09 - 2021/03 Hokkaido University
2012/05 - 2020/03 放射線医科学総合研究所客員研究員

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Committee career (25)：

2026/04 - 現在日本バイオインフォマティクス学会認定試験幹事
2025/04 - 現在日本遺伝学会評議委員
2022/07 - 現在日本進化学会代議員
2026/03 - 日本学術振興会第17回HOPEミーティングモデレーター
2025/03 - 日本学術振興会第16回HOPEミーティングモデレーター

2023/04 - 2024/03 日本遺伝学会評議委員

2023/01 - 2023/12 文部科学省, 科研費専門委員会委員

2020/11 - 2022/10 日本学術振興会科学研究費委員会委員・挑戦的研究部会委員・挑戦的研究部会第45小委員会委員(2021年度幹事,2022年副幹事)

2020/01 - 2020/12 文部科学省科研費専門委員会委員

2019/01 - 2020/12 日本遺伝学会評議委員

2018/08 - 2019/08 第21回日本進化学会大会大会準備委員長

2016/01 - 2019/08 日本進化学会代議員

2017/07 - 2019/06 日本学術振興会特別研究員等審査会専門委員,卓越研究員候補者選考委員会書面審査員及び国際事業委員会書面審査員・書面評価員

2018/06 - 2019/03 原子力規制庁「染色体線量評価手法の標準化に向けた画像解析技術に係る検討会」委員

2018/01 - 2018/12 文部科学省科研費専門委員会委員

2017/01 - 2018/12 日本遺伝学会評議委員

2015/10 - 2018/10 先端科学シンポジウム(FoS)シンポジウム事業委員会プラニンググループメンバー(PGM)

2018/08 - 2018/08 日本進化学会設立時理事

2016/01 - 2018/08 日本進化学会渉外幹事(国内)

2017/01 - 2017/12 日本バイオインフォマティクス学会 2017運営委員

2014/01 - 2015/12 日本進化学会庶務幹事

2015/10 - 2015/10 第12回日独先端科学シンポジウム(JGFoS) 研究参加者

2011/07 - 2015/07 日本霊長類学会自然保護幹事

2011/01 - 2011/12 国際分子進化学会(SMBE2011) Program Committee

2010/01 - 2010/12 国際霊長類学会会議(IPS2010) Scientific Committee

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Awards (3)：

2019/07 - 日本学術振興会特別研究員等審査会専門委員(書面担当)の表彰
2014/09 - Genetic Society of Japan The GSJ Award for Young Scientists
2007/10 - 日本遺伝学会ベストペーパー賞 On the correlation between gene expression pattern and selection intensity in the human genome

Association Membership(s) (7)：

THE SOCIETY OF BIOSOPHIA STUDIES , JAPANESE SOCIETY FOR BIOINFORMATICS , 日本人類学会 , 日本分子生物学会 , 日本霊長類学会 , 日本進化学会 , 日本遺伝学会

※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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