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J-GLOBAL ID：200901040510243820   Update date: Nov. 14, 2024

Nagata Koji

ナガタ コウジ | Nagata Koji
Affiliation and department：
The University of Tokyo Graduate School of Agricultural and Life Sciences

About The University of Tokyo Graduate School of Agricultural and Life Sciences


Job title： Professor
Homepage URL  (1)： https://park-ssl.itc.u-tokyo.ac.jp/fbsb/
Research field  (3)： Food sciences ,  Structural biochemistry ,  Molecular biochemistry
Research keywords  (4)： Visualization of the mechanism of action of food functional components ,  膜タンパク質の立体構造・機能解析 ,  タンパク質の試験管内巻き戻し(特に複数のジスルフィド結合の形成) ,  タンパク質の立体構造・機能解析
Research theme for competitive and other funds  (26)：
  • 2019 - 2024 生命金属動態を利用したバイオレメディエーション技術の開発
  • 2019 - 2023 真珠の質を決定する真珠層の炭酸カルシウム結晶の厚みの調整機構の解明
  • 2018 - 2023 Development of basic technology of chemistry and biology for reducing damage by root parasitic weeds
  • 2018 - 2022 Structural basis for antiviral and antibacterial activities of milk protein lactoferrin and its activity enhancement
  • 2013 - 2016 Crystal structure analysis of quorumon-receptor membrane protein complex that controls the expression of virulence factor in the pathogen
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Papers (190)：
  • Shugo Watabe, Nanami Mizusawa, Kenta Hosaka, Shoichiro Ishizaki, Lu Peng, Koji Nagata, Nobuhiko Ueki. Molecular Localization of Health-Promoting Peptides Derived from Fish Protein Hydrolyzates on Fish Muscle Proteins. Marine biotechnology (New York, N.Y.). 2024. 26. 5. 843-852
  • Jinyan Jiang, Suguru Okuda, Hideaki Itoh, Ken Okamoto, Hiromi Nakanishi, Michio Suzuki, Peng Lu, Koji Nagata. Structure-Guided Discovery of a Potent Inhibitor of the Ferric Citrate Binding Protein FecB in Vibrio Bacteria. Angewandte Chemie (International ed. in English). 2024. e202411688
  • Mai Sekine, Megumi Fujiwara, Ken Okamoto, Kimiyoshi Ichida, Koji Nagata, Russ Hille, Takeshi Nishino. Significance and Amplification Methods of the Purine Salvage Pathway in Human Brain Cells. Journal of Biological Chemistry. 2024
  • Kei Futagawa, Haruka Ikeda, Lumi Negishi, Hitoshi Kurumizaka, Ayame Yamamoto, Kazuo Furihata, Yutaka Ito, Teppei Ikeya, Koji Nagata, Daisuke Funabara, et al. Structural and Functional Analysis of the Amorphous Calcium Carbonate-Binding Protein Paramyosin in the Shell of the Pearl Oyster, Pinctada fucata. Langmuir : the ACS journal of surfaces and colloids. 2024. 40. 16. 8373-8392
  • Yukihiko Narita, Arisa Tamura, Shiori Hatakeyama, Seiya Uemura, Atsuko Miura, Asami Haga, Noriko Tsuji, Nozomi Fujie, Yukina Izumi, Taku Sugawara, et al. The components of the AhR-molecular chaperone complex differ depending on whether the ligands are toxic or non-toxic. FEBS Letters. 2024. 598. 12. 1478-1490
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MISC (145)：
  • 永田宏次. カプサイシン生合成の鍵酵素の構造・機能解析. ビタミン. 2024. 98. 3
  • 市野沙英, 佐藤奈々, 永田宏次, 岡本研. 尿酸値低下作用が期待されるハーブ飲料の作用機序の解析. 日本痛風・尿酸核酸学会総会プログラム・抄録集. 2024. 57th
  • 北山沙笑, 宮本大資, 佐藤奈々, 永田宏次, 安西尚彦, 市田公美, 岡本研. 尿酸トランスポーターURAT1高発現HEK293細胞の代謝物解析. 日本痛風・尿酸核酸学会総会プログラム・抄録集. 2024. 57th
  • 渡部終五, 陸鵬, 永田宏次, 保坂健太, 石崎松一郎, 植木暢彦. 魚類ミオシン分子上における健康機能性ペプチドの局在について. 日本水産学会大会講演要旨集(CD-ROM). 2024. 2024
  • 鄭澤華, 淡路雅彦, 根岸瑠美, 胡桃坂仁志, 中木戸誠, 津本浩平, 永田宏次, 鈴木道生. ホタテ貝Mizuhopecten yessoensis中腸腺におけるカドミウム結合タンパク質の同定と機能解析. 日本水産学会大会講演要旨集(CD-ROM). 2023. 2023
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Patents (3)：
  • タンパク質結晶化方法.
  • タンパク質結晶化方法及び装置並びにタンパク質結晶化処理装置
  • 平滑筋弛緩剤とその有効成分の抽出方法
Books (9)：
  • ミクロの世界を可視化する in 科学の技法 東京大学「初年次ゼミナール理科」テキスト (東京大学教養教育高度化機構初年次教育部門, 増田建, 坂口菊恵編)
    東京大学出版会 (東京) 2017
  • 溶液構造解析法 in 21世紀のバイオサイエンス 実験農芸化学 (東京大学大学院農学生命科学研究科応用生命化学専攻・応用生命工学専攻編)
    朝倉書店 (東京). 2013
  • ゲル濾過クロマトグラフィー in 21世紀のバイオサイエンス 実験農芸化学 (東京大学大学院農学生命科学研究科応用生命化学専攻・応用生命工学専攻編),
    朝倉書店 (東京). 2013
  • タンパク質試料の定量, 純度検定, 一次構造確認 in タンパク質の結晶化-回折構造生物学のために (坂部知平監修,相原茂夫編著)
    京都大学学術出版会 (京都) 2005
  • クロマトグラフィーによる試料の分離精製 in タンパク質の結晶化-回折構造生物学のために (坂部知平監修,相原茂夫編著)
    京都大学学術出版会 (京都). 2005
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Professional career (1)：
  • Ph.D. (Agriculture) (The University of Tokyo)
Work history (11)：
  • 2020/04 - 現在 The University of Tokyo Graduate School of Agricultural and Life Sciences Applied Biological Chemistry
  • 2007/04 - 2020/03 The University of Tokyo Graduate School of Agricultural and Life Sciences Applied Biological Chemistry
  • 2005/12 - 2007/03 The University of Tokyo Graduate School of Agricultural and Life Sciences Applied Biological Chemistry
  • 2002/10 - 2005/12 The University of Tokyo Graduate School of Agricultural and Life Sciences Applied Biological Chemistry
  • 1997/04 - 2002/09 The University of Tokyo Biotechnology Research Center
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Committee career (14)：
  • 2024/04 - 現在 Vitamin B Research Committee Vitamin B Research Committee Member
  • 2023/11 - 現在 Elsevier Associate Editor with Computational and Structural Biotechnology Journal
  • 2024/03 - 2024/03 Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry 2024 Tokyo Conference Managing Committee Members
  • 2022/04 - 2024/03 Vitamin B Research Committee Vitamin B Research Committee Submember
  • 2012/08 - 2020/03 National Institute of Science and Technology Policy Expert (Technical) Investigator
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Awards (4)：
  • 2021/07 - 日本生化学会 2021年(第29回)JB論文賞 Crystal structure of the complex of the interaction domains of Escherichia coli DnaB helicase and DnaC helicase loader: structural basis implying a distortion-accumulation mechanism for the DnaB ring opening caused by DnaC binding
  • 2007/03 - 2007年農芸化学奨励賞 発生・分化に関わるペプチド・タンパク質の立体構造解析と構造・機能相関
  • 1999 - 日本ペプチド学会 平成11年度奨励賞 カイコのインスリン族ペプチド、ボンビキシン-IIの立体構造と受容体認識部位
  • 1998 - 井上科学振興財団 第14回(平成 9年度)井上研究奨励賞 カイコのインスリン族ペプチド、ボンビキシン-IIの立体構造と受容体認識部位
Association Membership(s) (9)：
The Vitamin Society Japan ,  Japan Polyphenol Society ,  The Chem-Bio Informatics Society ,  The Japan Society for Food Science and Technology ,  Japan Society for Food Engineering ,  The Crysatallographic Society Japan ,  日本分子生物学会 ,  日本ペプチド学会 ,  日本農芸化学会
※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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