Kadota Koji

カドタコウジ | Kadota Koji

Affiliation and department：
Job title： Assistant Professor
Other affiliations (2)：

The University of Tokyo
The University of Tokyo

Homepage URL (1)： http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/kadota/

Research field (3)： Systems genomics , Genomics , Biological, health, and medical informatics

Research keywords (11)： expression analysis , statistics , transcriptome , RNA-seq , NGS , マイクロアレイ , 遺伝子発現 , バイオインフォマティクス , microarray , gene expression , Bioinformatics

Research theme for competitive and other funds (13)：

2021 - 2025 RNA-seqデータの発現変動解析を遺伝子クラスタリングで行う
2018 - 2022 Update and expansion of the website "nucleotide sequence analysis (with R)"
2015 - 2019 Development of guidelines for transcriptome data analysis with long-reads
2017 - 2018 次世代シークエンサ解析に特化したバイオインフォマティクスハンズオン講習会の実施およびフォローアップ
2013 - 2017 Mangrove Ecological niche

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Papers (53)：

Manon Makino, Kentaro Shimizu, Koji Kadota. Enhanced clustering-based differential expression analysis method for RNA-seq data. MethodsX. 2023. 102518-102518
Takayuki Osabe, Kentaro Shimizu, Koji Kadota. Differential expression analysis using a model-based gene clustering algorithm for RNA-seq data. BMC Bioinformatics. 2021. 22. 1. 511
Koji Kadota, Kentaro Shimizu. Commentary: A Systematic Evaluation of Single Cell RNA-Seq Analysis Pipelines. Frontiers in Genetics. 2020. 11. 941
Yoshiaki Ueda, Namie Ohtsuki, Koji Kadota, Ayumi Tezuka, Atsushi J Nagano, Taro Kadowaki, Yonghyun Kim, Mitsue Miyao, Shuichi Yanagisawa. Gene regulatory network and its constituent transcription factors that control nitrogen-deficiency responses in rice. The New phytologist. 2020. 227. 5. 1434-1452
Osabe T, Shimizu K, Kadota K. Accurate Classification of Differential Expression Patterns in a Bayesian Framework With Robust Normalization for Multi-Group RNA-Seq Count Data. Bioinform Biol Insights. 2019. 13. 1177932219860817

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MISC (47)：

森宙史, 門田幸二. 次世代シーケンサーデータの解析手法第23回メタゲノム解析(その2). 日本乳酸菌学会誌. 2024. 35. 2. 121-128
森宙史, 門田幸二. 次世代シーケンサーデータの解析手法第22回メタゲノム解析(その1). 日本乳酸菌学会誌. 2024. 35. 1. 51-58
門田幸二. カタカナって便利...だけどムズカシイ. 培風館発行大学用図書目録 B 2024. 2024. 34-34
利根悠介, 孫建強, 門田幸二. 次世代シーケンサーデータの解析手法第21回シミュレーションデータの生成. 日本乳酸菌学会誌. 2023. 34. 2. 83-90
牧野磨音, 坂本光央, 清水謙多郎, 門田幸二. 次世代シーケンサーデータの解析手法第20回 RNA-seqカウントデータの性質と統計モデル. 日本乳酸菌学会誌. 2023. 34. 1. 21-29

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Patents (1)：

遺伝子発現変動解析方法及びシステム、並びにプログラム

Books (13)：

RNA-Seqデータ解析 : WETラボのための超鉄板レシピ : ヒトから非モデル生物まで公共データの活用も充実
羊土社 2023 ISBN:9784758122672
Web連携テキストバイオインフォマティクス
培風館 2022 ISBN:9784563078324
遺伝学の百科事典 : 継承と多様性の源 = Encyclopedia of genetics : origin of inheritance and diversity
丸善出版 2022 ISBN:9784621306604
RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ
羊土社 2019
よくわかるバイオインフォマティクス入門
講談社サイエンティフィク 2018

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Lectures and oral presentations (64)：

バイオインフォマティクス教育、教材、そして研究
(バイオインフォマティクス人材育成講座中級コース 2023)
ゲノム・トランスクリプトーム解析
(計算生命科学の基礎9 2022)
バイオインフォマティクス教育の今後
(日本農芸化学会中部支部第190回例会 2021)
発現変動解析
(データサイエンス講習会~データ解析環境Rの基礎と応用~ 2021)
トランスクリプトーム解析分野のバイオインフォマティクス系研究者の雑感
(数理生物学セミナー2020@TMDU 2020)

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Education (4)：

1999 - 2002 The University of Tokyo Graduate School of Agricultural and Life Sciences Biotechnology
1997 - 1999 Tokyo University of Agriculture and Technology
1995 - 1997 Tokyo University of Agriculture and Technology Faculty of Engineering
1990 - 1995 National Institute of Technology, Kochi College

Professional career (1)：

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Work history (8)：

2022/04 - 現在 The University of Tokyo Graduate School of Agricultural and Life Sciences
2020/04 - 2022/03 The University of Tokyo Interfaculty Initiative in Information Studies Graduate School of Interdisciplinary Information Studies
2018/04 - 2020/03 The University of Tokyo Graduate School of Agricultural and Life Sciences
2012/04 - 2018/03 東京大学・大学院農学生命科学研究科特任准教授
2007/04 - 2012/03 東京大学・大学院農学生命科学研究科特任助教

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Committee career (12)：

2009/04 - 現在 Chem-Bio Informatics Journal 編集委員
2020/11 - 2021/03 第10回サイエンス・インカレ審査員
2019/07 - 2021/03 文部科学省科学技術・学術政策研究所科学技術予測センター(NISTEP) 専門調査員
2019/11 - 2020/03 第9回サイエンス・インカレ審査員
2017/04 - 2019/03 日本バイオインフォマティクス学会理事

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Awards (6)：

2021/03 - 東京大学オンライン授業等におけるグッドプラクティス総長表彰
2018/08 - 日本学術振興会特別研究員等審査会専門委員(書面担当)表彰
2016/03 - Database Center for Life Science Open Science Award 2015 ウェブ部門第1位
2013/10 - Database Center for Life Science Open Science Award 2013 ウェブ部門第2位
2010/04 - 第33回日本血栓止血学会学術集会優秀ポスター賞核内受容体PPARαと体内時計分子の協調作用によるPAI-1遺伝子の発現制御

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※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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