タンパク質立体構造と誘導適合を利用したリガンド探索方法

Inventor： , ,
Applicant, Patent owner：
Agent (2)：酒井宏明 , 香島拓也
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2004048767
Publication number (International publication number)：2005242493
Application date： Feb. 24, 2004
Publication date： Sep. 08, 2005
Summary：

【課題】本発明は、誘導適合型受容体も含めた受容体/リガンド結合の解析を研究する方法の提供を目的としてなされたものである。【解決手段】本発明は、受容体の基準振動解析計算をまず行い、定常状態の受容体の主鎖二面角の揺らぎを計算する。そして、その揺らぎを基にした拘束を各原子にかけながら分子動力学計算を行うことでより精度の良い受容体の動的構造を予測する。また、本発明は、分子動力学計算より得た動的構造及び相互作用関数を用いることで、誘導適合型受容体にも応用できる受容体/リガンド結合を精度良く予測する。【選択図】図1

Claim (excerpt)：

任意の単数を含む複数鎖のタンパク質立体構造が与えられた場合において、該当タンパク質の立体構造から誘導適合を反映したパラメータおよび構造変化した立体構造座標を例えば基準振動計算方法や分子動力学計算方法よりあらかじめ算出し、当該パラメータおよび構造変化した立体構造座標を用いて該当タンパク質と別の物質が結合した場合の相互作用関数を定義し、当該相互作用関数によって該当タンパク質と結合する物質をコンピュータプログラムにより評価し、選定する方法及びその装置。

IPC (4)：

G06F19/00 , G01N33/48 , G01N33/566 , G01N33/68

FI (5)：

G06F19/00 600 , G06F19/00 110 , G01N33/48 Z , G01N33/566 , G01N33/68

F-Term (3)：

2G045DA36 , 2G045FB02 , 2G045JA01

Article cited by the Patent：

Cited by examiner (1)

タンパク質の誘導適合を考慮したリガンド探索システムの開発

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