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J-GLOBAL ID：200903012800501931
タンパク質複合体の会合領域の空間を評価する方法およびプログラムならびに解析装置
Inventor：
Applicant, Patent owner：
Agent (3)：
田中 光雄
, 山崎 宏
, 矢野 正樹
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2007279664
Publication number (International publication number)：2008135019
Application date： Oct. 26, 2007
Publication date： Jun. 12, 2008
Summary：
【課題】タンパク質複合体における構造単位間の相補性を高精度で表すための新たな指標およびその測定方法を提供する。【解決手段】タンパク質複合体における構造単位間の会合領域の表面積とともに、会合領域の空間体積を構造単位間の相補性の指標として導入し、タンパク質複合体を構成する構造単位間の会合領域の空間を高精度で記述し、この空間の形状から構造単位間の相補性を評価する。タンパク質複合体の会合領域を定義する工程および定義された会合領域空間を四面体分割により作成した四面体の集合体を精密化して、凹多面体で記述する工程を含む。【選択図】図3
Claim (excerpt)：
少なくとも1のタンパク質を含む複数の構造単位からなるタンパク質複合体の1または複数の会合領域の空間を評価する方法であって、
(a)評価対象とするタンパク質複合体の立体構造座標データに基づき、前記タンパク質複合体の構造単位を構成する原子またはアミノ酸残基のうち、前記タンパク質複合体の1または複数の会合領域に存在する原子またはアミノ酸残基を定義する工程;
(b)前記タンパク質複合体の1または複数の会合領域に存在する原子であると定義された原子の座標データまたは前記タンパク質複合体の1または複数の会合領域に存在するアミノ酸残基であると定義されたアミノ酸残基のα炭素の座標データを母点として、前記会合領域の空間を四面体分割して、前記空間内に四面体の集合体を作成し、ついで、前記タンパク質複合体の立体構造座標データに基づいて、前記四面体の集合体が前記構造単位の内部に対応する部分が存在するか否かを判定し、内部に対応する部分が存在する場合、構造単位間空間を含む四面体のみを抽出することによって前記四面体の集合体を精密化して得られる凹多面体で前記空間を記述する工程を含む、会合領域空間の評価方法。
IPC (1)：
FI (1)：
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