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J-GLOBAL ID：200903013683482722

ウイルスデータベースに関する方法

Inventor： ダブリュー イアン リプキン ,  グスタヴォ パラシオス ,  トーマス ブリーズ ,  オマー ジャバド
Applicant, Patent owner： ザ トラスティーズ オブ コロンビア ユニヴァーシティ イン ザ シティ オブ ニューヨーク
Agent (6)： 熊倉 禎男 ,  小川 信夫 ,  箱田 篤 ,  浅井 賢治 ,  平山 孝二 ,  滝澤 敏雄
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2008180714
Publication number (International publication number)：2009131242
Application date： Jun. 13, 2008
Publication date： Jun. 18, 2009
Summary：

【課題】個々の分類群の未知又は既知ウイルスを検出/同定することができるオリゴヌクレオチドの集合およびそれらを設計する方法を提供する。【解決手段】ウイルスの科、属又は種で保存されているモチーフを含む、異なるアミノ酸配列から逆翻訳された脊椎動物ウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチドの集合。さらに、ウイルス配列データベースを編集する工程、各ヌクレオチド及びアミノ酸配列をウイルスの目、科等に分類する工程、前記データベースからモチーフ等を含むアミノ酸配列を同定する工程、前記アミノ酸配列の集合からウイルスの科、属等にわたって保存されているモチーフのサブセットを同定する工程、前記サブセットをコードするヌクレオチド配列を決定する工程、前記ヌクレオチド配列からオリゴヌクレオチド群を設計する工程、を含むウイルススクリーニングのためのオリゴヌクレオチドを設計する方法。【選択図】なし

Claim (excerpt)：

脊椎動物ウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチドの集合であって、複数の核酸配列を含み、前記核酸配列が少なくとも約10,000、約20,000、約30,000、約40,000、又は約50,000の異なるアミノ酸配列から逆翻訳され、各アミノ酸配列が異なるウイルスの科、属又は種で保存されているモチーフを含み、前記ウイルスの科はアスファルウイルス科、ポックスウイルス科、イリドウイルス科、ヘルペスウイルス科、ポリドナウイルス科、パポバウイルス科、アデノウイルス科、シルコウイルス科、レオウイルス科、ビルナウイルス科、オルトミクソウイルス科、パラミクソウイルス科、ラブドウイルス科、ボルナウイルス科、フィロウイルス科、アレナウイルス科、レトロウイルス科、ブンヤウイルス科、カリシウイルス科、ピコルナウイルス科、アストロウイルス科、フラビウイルス科、ノダウイルス科、コロナウイルス科、トガウイルス科、及びアルテリウイルス科から成る群から選択され、さらに前記ウイルスの属又は種は前記科の1つに属する、前記オリゴヌクレオチドの集合。

IPC (3)：

C12N 15/09 ,  C12Q 1/68 ,  C12M 1/00

FI (4)：

C12N15/00 A ,  C12N15/00 F ,  C12Q1/68 A ,  C12M1/00 A

F-Term (25)：

4B024AA14 ,  4B024CA01 ,  4B024CA09 ,  4B024CA12 ,  4B024CA20 ,  4B024HA08 ,  4B024HA12 ,  4B029AA07 ,  4B029AA27 ,  4B029BB20 ,  4B029CC03 ,  4B029FA11 ,  4B063QA01 ,  4B063QA18 ,  4B063QA19 ,  4B063QQ10 ,  4B063QQ42 ,  4B063QQ52 ,  4B063QR08 ,  4B063QR42 ,  4B063QR55 ,  4B063QR62 ,  4B063QS25 ,  4B063QS36 ,  4B063QX02