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J-GLOBAL ID：200903016053040135

オリゴプローブ設計ステーション:コンピューターによる最適DNAプローブの設計方法

Inventor： 三橋 将人 ,  クーパー,アラン ,  ウォーターマン,マイケル ,  ピッツナー,ペベル
Applicant, Patent owner： 日立化成工業株式会社
Agent (1)： 遠山 勉 (外3名)
Gazette classification：公表公報
Application number (International application number)：1994512158
Publication number (International publication number)：1996503091
Application date： Nov. 08, 1993
Publication date： Apr. 02, 1996
Summary：

【要約】ここに開示されているのは、遺伝子工学、微生物学およびコンピュータ・サイエンスの分野に関し、特に、分子生物学者や臨床診断専門医などのユーザらに対し、DNAおよびmRNAのハイブリダイゼーション方法に使用する極めて特異的なオリゴヌクレオチド配列を計算し設計できるようにする発明である。本発明によって設計した配列は、医療用の診断キットやDNA同定、場合によってはヒトにおける代謝過程の連続的な監視などに利用できる。本発明の中心的な特徴は、DNA配列やmRNA配列のGenBankデータベースに基づいてオリゴヌクレオチド配列を設計し、ユーザが選択した実験標本に関して特異性や共通性について候補配列を試験することである。ハッシングおよび連続シードフィルトレーションを利用したミスマッチモデルと、候補配列を周知のmRNA配列やDNA配列群に対する結合特異性について解析するHサイトモデルの2つのモデルを利用する。このコンピュータによる設計ツールの好ましい実施態様は、BorlaでMicrosoft WindowsTMのもとで実行される。

Claim (excerpt)：

遺伝子配列データソースを利用した最適なオリゴヌクレオチド配列を設計するためのプログラムコンピュータシステムであって、 ユーザが選択した遺伝子配列をコンピュータシステムに入力するための第1の入力手段と; ユーザが選択した遺伝子配列を格納するためのメモリ手段と; 前記遺伝子配列データソースから得た遺伝子配列データにアクセスするための手段と; 遺伝子配列間で正確および不正確なマッチモデリングを実行するための手段と; 遺伝子配列についてのハイブリダイゼーション強度モデリングを実行するための手段と; 前記モデリング手段の一方を選択するための手段と; 前記モデリング手段の結果を現在の候補オリゴヌクレオチドプローブに提示するための手段と;を備えるプログラムコンピュータシステム。

IPC (3)：

G06F 17/50 ,  C12N 15/00 ,  G06F 17/30

FI (4)：

G06F 15/60 638 ,  C12N 15/00 Z ,  G06F 15/40 370 F ,  G06F 15/403 350 A