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J-GLOBAL ID：200903020551194295

タンパク質の膜貫通領域の数または位置の予測装置、予測方法及びコンピュータプログラム

Inventor： 村松 大吾 ,  橋本 紳一郎 ,  綱島 孝英 ,  鏑木 崇史 ,  佐々木 昌浩 ,  松本 隆
Applicant, Patent owner： 松本 隆
Agent (4)： 奥山 尚一 ,  有原 幸一 ,  松島 鉄男 ,  岡本 正之
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2004151159
Publication number (International publication number)：2005108183
Application date： May. 21, 2004
Publication date： Apr. 21, 2005
Summary：

【課題】 与えられたアミノ酸残基データから、そのアミノ酸が細胞膜を貫通する膜貫通領域の数または位置を予測する。【解決手段】 受け付けたタンパク質の残基配列に対応するハイドロパシーデータ列と電荷データ列とを得るデータ抽出手段104と、求められたハイドロパシーデータ列と電荷データ列を記憶するデータ記憶手段102と、隠れマルコフモデルを定めるための学習されたモデルパラメータを保持するモデル記憶手段106と、膜貫通領域の数またはその位置を変更しながら前記テスト配列に対応するハイドロパシーデータ列および電荷データ列を与える確率を算出し、該確率を最大とする前記膜貫通数を出力する算出手段108とを備える予測装置1。【選択図】 図1

Claim (excerpt)：

受け付けたタンパク質のアミノ酸残基配列に対応するハイドロパシーデータ列と電荷データ列を記憶するデータ記憶手段と、 アミノ酸残基配列の膜貫通領域とループ領域とを表現する隠れマルコフモデルについて、該隠れマルコフモデルを定めるための学習されたモデルパラメータを保持するモデル記憶手段と、 テスト配列であるアミノ酸残基配列に対するハイドロパシーデータ列と電荷データ列とをデータ記憶手段から受け付けて、前記モデル記憶手段から得た前記モデルパラメータに基づいて、膜貫通領域の数および/または位置を変更しながら前記テスト配列に対応するハイドロパシーデータ列および電荷データ列を与える確率を算出し、該確率を最大とする前記膜貫通数を出力することにより、前記タンパク質の膜貫通領域の数または位置を算出する算出手段と を備えてなる、タンパク質の膜貫通領域の数および/または位置の予測装置。

IPC (1)：

G06F19/00

FI (1)：

G06F19/00 600