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J-GLOBAL ID：200903020660326533

遺伝子発現データの処理方法および処理プログラム

Inventor： 小西 智一
Applicant, Patent owner： 株式会社先端科学技術インキュベーションセンター
Agent (1)： 吉田 聡
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2002166946
Publication number (International publication number)：2004013573
Application date： Jun. 07, 2002
Publication date： Jan. 15, 2004
Summary：

【課題】DNAチップなどから得られる遺伝子発現データに、より精度のよい解析を可能とする【解決手段】ソート/抽出処理部46は、取得されたアレイデータのデータ値をソートし、ソートされたデータ値から、所定間隔で所定数のデータ値を抽出する。バックグラウンド候補算出部32は、複数のバックグラウンド候補を選択する。抽出されたデータ値のそれぞれから、各バックグラウンド候補の値が減じられ、取得された各減算値が対数変換される。差異算出/比較処理部38は、対数値のそれぞれに対応する、正規分布の標準値を算出し、各バックグラウンド候補について、各対数値と標準値との間の差異を示す指標を算出する。この指標に基づき、バックグラウンド候補の値の範囲を絞り込まれ、減算値および対数値の取得、差異を示す指標の算出、バックグラウンド候補の値の絞込みを繰り返すことにより、バックグラウンド値が決定される。【選択図】 図2

Claim (excerpt)：

遺伝子の発現量に基づき得られたアレイデータを処理して、解析可能なデータを取得する遺伝子発現データの処理方法であって、 前記アレイデータを取得して、取得されたアレイデータのデータ値をソートし、前記ソートされたデータ値から、所定間隔で所定数のデータ値を抽出し、これを一時的に記憶手段に記憶するステップと、 複数のバックグラウンド候補を選択して、これを一時的に記憶手段に記憶するステップと、 前記抽出されたデータ値のそれぞれから、各バックグラウンド候補の値を減じて、減算値を取得し、かつ、各減算値を対数変換した対数値を得て、当該対数値を一時的に記憶手段に記憶するステップと、 前記対数値のそれぞれに対応する、正規分布の標準値を算出するステップと、 前記各バックグラウンド候補について、各対数値と標準値との間の差異を示す指標を算出するステップと、 前記指標に基づき、前記バックグラウンド候補の値の範囲を絞り込むステップと、 前記減算値および対数値の取得、差異を示す指標の算出、バックグラウンド候補の値の絞込みを繰り返すことにより、バックグラウンド値を決定するステップと、 前記決定されたバックグラウンド値に関連して一時的に記憶された対数値を、それぞれ標準化し、標準化された値を、それぞれ、記憶手段に記憶するステップとを備えたことを特徴とする遺伝子発現データの処理方法。

IPC (3)：

G06F17/30 ,  G01N33/48 ,  G06F17/18

FI (3)：

G06F17/30 170F ,  G01N33/48 Z ,  G06F17/18 D

F-Term (20)：

2G045AA35 ,  2G045BB11 ,  2G045DA13 ,  2G045DA14 ,  2G045FA19 ,  2G045FB02 ,  2G045FB05 ,  2G045FB08 ,  2G045FB12 ,  2G045GC15 ,  2G045JA01 ,  5B056BB11 ,  5B056BB22 ,  5B056BB36 ,  5B056BB42 ,  5B056BB62 ,  5B056BB64 ,  5B056BB66 ,  5B075ND03 ,  5B075UU19