Pat

J-GLOBAL ID：200903023153417046

質量分析法に基づくプロテオームデータベース調査による微生物同定のための方法およびシステム

Inventor： ピネダ,フェルナンド,ジェイ. ,  リン,ジェフリー,エス.
Applicant, Patent owner： ザ ジョンズ ホプキンズ ユニバーシティ
Agent (1)： 原 謙三 (外3名)
Gazette classification：公表公報
Application number (International application number)：2001577506
Publication number (International publication number)：2003530858
Application date： Apr. 11, 2001
Publication date： Oct. 21, 2003
Summary：

【要約】マトリックス補助されたレーザ脱着/イオン化質量スペクトルにおけるピークと、プロテオームデータベースにおけるタンパク質との誤整合の分布を予想する統計的なモデルが得られ、確認される。煩雑かつ不完全であるというデータの性質上、大量の候補微生物からの真に正確な微生物の同定において、単純なランキングや単純な仮説検証は不十分となりがちである。微生物同定の正確さを増すために、プロテオームデータベースは、全てのタンパク質ではなく、特定のタンパク質の集まりに関連するものを含むことに限定される。プロテオームデータベースからデータを削除することによって、上記モデルはより確かなものとなる。言い換えれば、誤整合の数が減少する。

Claim (excerpt)：

未知のソースのスペクトルピークと既知の微生物のスペクトルピークとの間に見られる誤整合の確率を決定するためのシステムにおいて、 既知の微生物のデータが蓄積されているプロテオームデータベースと、 上記プロテオームデータベースを使用して既知の微生物のスペクトルピークを決定する処理モジュールと、 未知のソースのスペクトルピークを、上記既知の微生物について処理モジュールによって決定されたスペクトルピークと比較し、既知の微生物のスペクトルピークに整合する上記未知のソースのスペクトルの数に基づいて上記未知のソースのスコアを得るスコアリングアルゴリズムと、 上記得られたスコアと上記既知の微生物に相当するプロテオームとを少なくとも使用して、上記未知のソースのスペクトルピークと上記既知の微生物のスペクトルピークとの間において誤整合が見られる確率を決定する確率モジュールとを含んでなることを特徴とするシステム。

IPC (3)：

C12Q 1/04 ,  G01N 27/62 ,  G01N 33/48

FI (4)：

C12Q 1/04 ,  G01N 27/62 D ,  G01N 27/62 V ,  G01N 33/48 Z

F-Term (9)：

2G045AA28 ,  2G045CB21 ,  2G045DA36 ,  2G045FB20 ,  2G045JA01 ,  4B063QA18 ,  4B063QQ79 ,  4B063QS40 ,  4B063QX10