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J-GLOBAL ID：200903038981405130

アミノ酸鎖に対する、化学修飾のセットの適合性の決定

Inventor： ケーティング, シーン ,  ブリュー, ハインツ
Applicant, Patent owner： アプレラ コーポレイション
Agent (3)： 山本 秀策 ,  安村 高明 ,  森下 夏樹
Gazette classification：公表公報
Application number (International application number)：2003573415
Publication number (International publication number)：2005519284
Application date： Mar. 03, 2003
Publication date： Jun. 30, 2005
Summary：

ペプチド質量マッピングは、タンパク質消化の質量分析から決定された質量が、アミノ酸配列として特定された参照タンパク質由来の理論的ペプチドの質量と比較される技術である。いくつかの場合、実験的質量と理論的質量との間の差異は、しばしば、翻訳後修飾(PTM)の結果としての、参照に対して実際のタンパク質の化学修飾によって、説明され得る。代表的に、このような修飾は、特定のセットのアミノ酸残基に適用可能である。従って、これらの質量差異の分析は、PTMの同定を導き得る。種々の場合、このような分析は、一般に、ペプチドがいくつかの異なるPTMを有する可能性を可能にすることが所望され、さらに、種々の場合、ペプチド配列とのPTMの推定の組み合わせの化学的適合性が確認されることが所望される。本明細書中に記載される実施例において、適合性の確認は、グラフ理論における問題として公式化される。

Claim (excerpt)：

翻訳後修飾を同定するためのペプチド質量マッピングにおける使用のための方法であって、以下: ペプチドフラグメントの分子量を測定する工程; 該測定した分子量を、同じ配列を有する未修飾フラグメントについて予測された分子量と比較し、それによって、該未修飾フラグメントからの差異を確認する工程; 該ペプチドフラグメントおよび該修飾フラグメントの測定された分子量における差異を説明し得る、翻訳後修飾の1つ以上のセットを決定する工程;ならびに グラフ理論公式化を適用して、該測定された分子量と可能な翻訳後修飾のセットとの間の化学的適合性を決定する工程、 を包含する、方法。

IPC (2)：

G01N27/62 ,  G06F19/00

FI (3)：

G01N27/62 V ,  G01N27/62 D ,  G06F19/00 110

F-Term (3)：

4B064AG01 ,  4B064CA21 ,  4B064DA13