Pat
J-GLOBAL ID：200903039365335272
スプライシングバリアントの特定方法
Inventor：
,
Applicant, Patent owner：
Agent (1)：
谷川 英次郎
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2003368422
Publication number (International publication number)：2005135053
Application date： Oct. 29, 2003
Publication date： May. 26, 2005
Summary：
【課題】 既知遺伝子のスプライシングバリアントを特定する方法を提供すること。【解決手段】 (1)既知遺伝子ごとの転写産物の塩基配列断片のデータをデータベースから集める、(2)ゲノムデータベースより該既知遺伝子の配列を切り出し、参照配列とする、 (3)転写産物の塩基配列断片を参照配列に相同性検索し、ヒットした配列をゲノム配列上にマッピングする、(4)得られた配列断片の集まりの中の、2つの配列を比較し、ゲノム位置が一致し、かつ方向が一致し、かつ一方の配列のエキソンと他方の配列のイントロンがゲノム上の位置で重複する部分がない場合には、2つの配列は同一のスプライシング産物とみなし、マージしてひとつの配列とする、(5)マージした配列と次の別の配列に対して以上の操作を繰り返し、すべての配列断片に対して以上の操作を繰り返す、(6) 最後までマージされない配列はスプライシングバリアントと特定する。【選択図】 図1
Claim (excerpt)：
(1) 既知遺伝子ごとの転写産物の塩基配列断片のデータをデータベースから集めるステップ、
(2) ゲノムデータベースより該既知遺伝子の配列を切り出し、参照配列とするステップ、
(3) 転写産物の塩基配列断片を参照配列に相同性検索し、ヒットした配列をゲノム配列上にマッピングするステップ、
(4) 得られた配列断片の集まりの中の、2つの配列を比較し、ゲノム位置が一致し、かつ方向が一致し、かつ一方の配列のエキソンと他方の配列のイントロンがゲノム上の位置で重複する部分がない場合には、2つの配列は同一のスプライシング産物とみなし、マージしてひとつの配列とするステップ、
(5) マージした配列と次の別の配列に対して以上の操作を繰り返し、すべての配列断片に対して以上の操作を繰り返すステップ、
(6) 最後までマージされない配列はスプライシングバリアントと特定するステップ、を含むスプライシングバリアントの特定方法。
IPC (4)：
G06F19/00
, C12N15/09
, C12Q1/68
, G06F17/30
G06F19/00 600
, C12Q1/68 Z
, G06F17/30 170F
, C12N15/00 A
4B024AA11
, 4B024AA20
, 4B024CA01
, 4B024CA11
, 4B024HA11
, 4B024HA19
, 4B024HA20
, 4B063QA11
, 4B063QA13
, 4B063QQ42
, 4B063QQ52
, 4B063QQ79
, 4B063QR32
, 4B063QR35
, 4B063QR40
, 4B063QS31
, 4B063QS39
, 5B075ND20
, 5B075UU19
Cited by applicant (2)
Cited by examiner (5)
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Gene Structure Prediction and Alternative Splicing Analysis Using Genomically Aligned ESTs
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Gene Structure Prediction and Alternative Splicing Analysis Using Genomically Aligned ESTs
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Gene Structure Prediction and Alternative Splicing Analysis Using Genomically Aligned ESTs
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Gene Structure Prediction and Alternative Splicing Analysis Using Genomically Aligned ESTs
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PALS db: Putative Alternative Splicing database
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