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J-GLOBAL ID：200903046418634524
受容体-リガンド安定複合体構造探索方法
Inventor：
,
Applicant, Patent owner：
Agent (3)：
川口 嘉之
, 松倉 秀実
, 遠山 勉
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2004301616
Publication number (International publication number)：2006113878
Application date： Oct. 15, 2004
Publication date： Apr. 27, 2006
Summary：
【課題】受容体とリガンドとの安定複合体構造を探索する。【解決手段】以下の第一工程から第七工程までを実行する。(a)リガンドの立体配座を発生させる第一工程、(b)受容体の存在し得る座標を、網羅的に探索し、ダミー原子Sを配置する第二工程、(c)ダミー原子Sを座標を基準にクラスタリングすることにより、結合ポケットを設定する第三工程、(d)第三工程で規定された結合ポケットにおいて、受容体の重原子を選択し、仮想的な半径rを持つダミー原子Xを設定する第四工程、(e)第一工程で発生させた重原子が、第二工程でランダムに選択された一つと重なるように、リガンド分子をランダムに回転及び平行移動させる第五工程、(f)リガンド原子とダミー原子S及びXとの重なりの程度をスコアとして算出し、スコアが極大となる配座を選択する第六工程、(g)第五工程から第六工程を繰り返し、受容体とリガンドの相対的な配座を選択する第七工程。【選択図】図1
Claim (excerpt)：
計算機を利用して受容体とリガンドとの安定複合体構造を探索する方法であって、受容体とリガンドとの組み合わせについて以下の第一工程から第七工程を実行することにより、受容体とリガンドが安定して存在し得る構造を特定することを特徴とする方法:
(a)リガンドがとりうる立体配座を網羅的に発生させる第一工程、
(b)受容体の3次元構造モデルにおいて、半径0.5 〜 5 Å の球が受容体分子内の少なくとも4つの重原子と接触して存在し得る座標を、幾何学的な方法により網羅的に探索し、その座標位置に半径1 〜 3 Å のダミー原子Sを配置する第二工程、
(c)ダミー原子Sを座標を基準にクラスタリングすることにより、少なくとも1つのダミー原子を含む結合ポケットを設定する第三工程、
(d)第三工程で規定された結合ポケットにおいて、ダミー原子Sの周囲3 〜 20 Åの範囲に存在する受容体の重原子を選択し、その座標位置に、-3 Å < r < -0.5 Å の範囲の仮想的な半径rを持つダミー原子Xを設定する第四工程、
(e)第一工程で発生させたリガンド立体配座中の一つの重原子が、第二工程で規定されたダミー原子Sからランダムに選択された一つと重なるように、リガンド分子をランダムに回転及び平行移動させる第五工程、
(f)リガンド原子とダミー原子S及びXとの重なりの程度をスコアとして算出し、リガンド分子全体を回転及び平行移動させることにより、スコアが極大となる配座を選択する第六工程、
(g)第五工程から第六工程を繰り返し、安定な複合体を形成する受容体とリガンドの相対的な配座を選択する第七工程。
IPC (3)：
G06F 19/00
, C07B 61/00
, G06F 17/50
G06F19/00 600
, C07B61/00 Z
, G06F17/50 638
Cited by applicant (1)
Cited by examiner (1)
Article cited by the Patent：
Cited by examiner (5)
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