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J-GLOBAL ID：200903048066681538
変異検出方法、変異検出プログラム及び記憶媒体
Inventor：
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Applicant, Patent owner：
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Agent (1)：
杉本 勝徳
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2005237438
Publication number (International publication number)：2007049936
Application date： Aug. 18, 2005
Publication date： Mar. 01, 2007
Summary：
【課題】電気泳動像の解析を手作業ではなく機械的に行うことによって、トランスポゾンによって破壊された遺伝子を迅速かつ客観的に特定する変異検出方法、変異検出プログラム及びこれを記憶した記憶媒体を提供する。【解決手段】トランスポゾンディスプレイ法において、電気泳動を行う際に、サンプルと塩基数が既知のDNA断片を数種類混ぜ合わせたサイズマーカーとを一緒に電気泳動し、このサイズマーカーを基準にしてコンピュータにより電気泳動像を補正することによって、電気泳動像の比較を容易にし、これによってトランスポゾンによって破壊された遺伝子を迅速かつ客観的に検出する。【選択図】図2
Claim (excerpt)：
トランスポゾンによる破壊によって高等植物の遺伝子に生じた変異を検出する変異検出方法であって、
(a)高等植物の細胞からDNAを抽出するDNA抽出工程と、
(b)抽出したゲノムDNAを制限酵素によってDNA断片に消化し、このDNA断片に前記制限酵素の認識部位と結合可能なアダプター配列をライゲーションしたのち、前記トランスポゾンに特異的なプライマー及び前記アダプター配列に相補的なプライマーからなり、これらプライマーのうちの少なくとも一つのプライマーが第1の標識物質によって標識されたプライマーセットを使用して、前記アダプター配列がライゲーションされたDNA断片を鋳型とするPCR法によりDNA断片を増幅するDNA増幅工程と、
(c)DNA増幅工程によるPCR産物と、第2の標識物質によって標識され、かつ、予めその塩基数が分かっている複数のDNAを含有するサイズマーカーとを混合する混合工程と、
(d)混合物を電気泳動することにより、PCR産物及びサイズマーカーにより生じる波形データの電気泳動時間とその検出量との関係を示す波形データを得る電気泳動工程と、
(e)サイズマーカーにより生じたピークの電気泳動時間とその塩基数との関係を基準にしてPCR産物の波形データの電気泳動時間をその塩基数に補正するデータ補正工程と、
(f)補正済み波形データのピークを検出するピーク検出工程と、
(g)(a)から(f)の各工程によって得られた複数の波形データのなかから、一つ波形データを基準データとして選択し、他の波形データを比較データとして選択したのち、基準データと比較データとを比較して、その相違点を変異として検出する変異検出工程と、を含む変異検出方法。
IPC (3)：
C12Q 1/68
, C12N 15/09
, G01N 27/447
C12Q1/68 Z
, C12N15/00 A
, G01N27/26 315K
, G01N27/26 331E
4B024AA08
, 4B024AA11
, 4B024CA02
, 4B024HA09
, 4B024HA11
, 4B063QA01
, 4B063QA17
, 4B063QQ43
, 4B063QR08
, 4B063QR32
, 4B063QR62
, 4B063QS16
, 4B063QS25
, 4B063QX02
