遺伝子発現レベル検出のためのプローブ補正

Inventor： , , , , ,
Applicant, Patent owner：
Agent (5)：田中光雄 , 松谷道子 , 元山忠行 , 冨田憲史 , 志賀美苗
Gazette classification：公表公報
Application number (International application number)：2003562317
Publication number (International publication number)：2005517157
Application date： Jan. 17, 2003
Publication date： Jun. 09, 2005
Summary：

マイクロアレイ上の個々のプローブを再スケールし、ゲノムDNAハイブリダイゼーションシグナルに由来するプローブセットに従属する係数を用いて補正する。gDNA結合のダイナミックレンジは、濃度シグナル曲線を測定することによって求める。直線性レンジ内におけるマルチプルハイブリダイゼーションの際の各プローブのシグナルを測定する。次いで、2セットの実験について、濃度非感受性プローブを見出す。各セットの平均で除したその標準偏差と比較した閾値を基に、プローブを破棄する。補正係数を用いて、各プローブの補正された強度を算出する。不確実性の高いプローブ(一実施形態では0.5)を破棄する。各プローブの重み係数を、不確実性係数に沿って決定する。最後に、不在、微量または存在といった、各遺伝子の呼び出しを行う。

Claim (excerpt)：

直線性レンジ内のマルチプルハイブリダイゼーションの間に各オリゴプローブからのシグナルを測定し、各オリゴプローブの補正係数を、そのシグナル平均が定数と等しくなるよう求めることによって算出し、次いで各オリゴプローブの不確実性係数を決定することを特徴とするオリゴプローブを補正する方法。

IPC (6)：

G01N33/566 , C12N15/09 , C12Q1/68 , G01N33/50 , G01N33/53 , G06F19/00

FI (6)：

G01N33/566 , C12Q1/68 A , G01N33/50 P , G01N33/53 M , G06F19/00 600 , C12N15/00 F

F-Term (17)：

2G045DA12 , 2G045FB02 , 2G045JA01 , 2G045JA02 , 4B024AA20 , 4B024BA79 , 4B024CA01 , 4B024CA09 , 4B024HA14 , 4B024HA19 , 4B063QA13 , 4B063QQ43 , 4B063QQ52 , 4B063QR32 , 4B063QR35 , 4B063QR55 , 4B063QS34

Article cited by the Patent：

Cited by examiner (4)

PHYSIOLOGICAL GENOMICS, 200108, V7, P45-53
PHYSIOLOGICAL GENOMICS, 200108, V7, P45-53
High-density microarray-mediated gene expression profiling of Escherichia coli

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