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J-GLOBAL ID：200903059454002326

タンパク質同定処理方法

Inventor： 坂本 健 ,  金子 明人
Applicant, Patent owner： 株式会社日立製作所
Agent (1)： 平木 祐輔
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2003181654
Publication number (International publication number)：2005017090
Application date： Jun. 25, 2003
Publication date： Jan. 20, 2005
Summary：

【課題】ペプチド断片のアミノ酸配列及びその由来となるタンパク質を一意的に同定する自動化システムを構築する。【解決手段】質量スペクトルのピークと各ピークに対応する候補アミノ酸配列に関するデータをもとに、タンパク質データベースを相同性検索して所定の閾値以上の相同性を有するタンパク質をリストアップし、リストアップされた各タンパク質のアミノ酸配列のうちで候補アミノ酸配列と相同性のあるアミノ酸範囲に関する情報を取得する。リストアップされたタンパク質のアミノ酸配列が候補アミノ酸配列によってカバーされる割合、あるいは、質量スペクトルの1つのピークに対して複数の候補アミノ酸があるとき、対応するタンパク質との相同性の高さ等を指標として、候補アミノ酸及びタンパク質の絞込みを行う。【選択図】 図1

Claim (excerpt)：

タンパク質含有サンプルを質量分析して得られた質量スペクトルの複数のピークと、各ピークに対応する候補アミノ酸配列に関する情報とを含む情報を取得するステップと、 前記候補アミノ酸配列を、既知のアミノ酸配列データベースに蓄積された各タンパク質のアミノ酸配列に対して相同性検索して所定の閾値以上の相同性を有するタンパク質をリストアップし、リストアップされた各タンパク質のアミノ酸配列のうちで前記候補アミノ酸配列と相同性のあるアミノ酸範囲に関する情報を取得するステップと、 前記候補アミノ酸配列と相同性のあるアミノ酸範囲に関する情報を用いて、前記リストアップされた各タンパク質を構成するアミノ酸配列のうち1又は複数の候補アミノ酸配列によってカバーされる割合を算出するステップと、 前記算出されたカバー割合が相対的に小さいタンパク質を前記リストから削除するステップと、 前記質量スペクトルの1つのピークに対して複数の候補アミノ酸があるとき、前記複数の候補アミノ酸のうち、対応するタンパク質との相同性が相対的に低い方の候補アミノ酸を削除するステップとを含むことを特徴とするタンパク質同定処理方法。

IPC (3)：

G01N33/68 ,  G01N27/62 ,  G01N33/483

FI (3)：

G01N33/68 ,  G01N27/62 V ,  G01N33/483 Z

F-Term (10)：

2G045AA34 ,  2G045DA36 ,  2G045FA40 ,  2G045GC30 ,  2G045JA01 ,  4H045AA30 ,  4H045BA10 ,  4H045BA14 ,  4H045CA40 ,  4H045EA50