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J-GLOBAL ID：200903064445675079

タンパク質配列断片エントロピー計算による折り畳み順序予測法

Inventor： 鬼塚 健太郎
Applicant, Patent owner： 松下電器産業株式会社
Agent (3)： 岩橋 文雄 ,  内藤 浩樹 ,  永野 大介
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2006335398
Publication number (International publication number)：2008146529
Application date： Dec. 13, 2006
Publication date： Jun. 26, 2008
Summary：

【課題】タンパク質の立体構造予測において、構造予測対象となるタンパク質の、どの部分から最初に折り畳みを開始し、ついでどの部分が折り畳み、最終的にどの部分が折り畳むのかを、そのタンパク質のアミノ酸残基配列の特徴から特定する方法の開発が課題である。【解決手段】構造予測対象タンパク質のアミノ酸残基配列を、ながさn(n=5〜9)の断片に分け、各断片の配列断片がさまざまな立体構造をとった場合の多次元平均力場ポテンシャルに基づく配列断片のエントロピーを求め、このエントロピーの値が小さい順に立体構造の折り畳みが進行すると予測する。【選択図】図1

Claim (excerpt)：

与えられたタンパク質の折り畳み過程を推定する方法において折り畳みが進行していく過程での折り畳みの順序(配列上のどの部分から折り畳みが始まり、順次折り畳みが進行し、そして、最後に最終構造に到るように折り畳むまでの折り畳み順序)を推定する方法であって、与えられたタンパク質のアミノ酸残基配列Xのi番目のアミノ酸残基から連続する残基n個分の部分配列断片x(n,i)からの、その配列断片が様々な可能な構造とり、その際にとる各構造に対応したエネルギー値を考慮して得られる配列断片の構造エントロピーS(n,i)を計算するステップと、この配列断片エントロピーS(n,i)を配列Xで可能な全ての i について計算するステップとを有し、この配列断片エントロピーS(n,i)が最も小さいi=I である配列断片のある場所から折り畳みが開始され、順じS(n,i)が小さい順にそれに対応する部分配列の領域から折り畳みが進行すると推定することを特徴とする、タンパク質折り畳み順序予測法。

IPC (1)：

G06F 19/00

FI (1)：

G06F19/00 600