機能性RNAが制御するターゲットmRNAの予測・同定方法及びその利用方法

Inventor： , , , ,
Applicant, Patent owner： , ,
Agent (3)：平木祐輔 , 石井貞次 , 藤田節
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2005272918
Publication number (International publication number)：2007082436
Application date： Sep. 20, 2005
Publication date： Apr. 05, 2007
Summary：

【課題】 miRNAとそれらのターゲットとなる1つまたは複数のターゲット遺伝子(ターゲットmRNA)を同定または予測すること。【解決手段】 miRNAとそれらのターゲットとなる1つまたは複数のターゲットmRNAを予測又は同定する方法として、対象となる全mRNAにおける全ての部分配列がmiRNAと取り得る二本鎖RNAの最も安定な二次構造とその二次構造エネルギーを計算することにより、miRNAがmRNAとの結合において安定構造を取り得る全ての部分配列を探索し、次いで、対象部分配列または対象部分配列の周辺領域が、該当mRNAの部分配列と形成可能な最も安定な二次構造とその二次構造エネルギーを計算することにより、該当mRNAの対象部分配列がmiRNAと相互作用可能な構造であるかどうかを判定する。【選択図】図3

Claim (excerpt)：

遺伝子発現制御機能を持つ16〜25塩基長のmiRNA分子により発現が制御されるターゲットmRNAを予測又は同定する方法であって、 (1)ターゲットmRNA候補中の部分配列とmiRNA配列との二次構造エネルギーを順次計算し、miRNAと安定な結合が可能な部分配列を探索し、安定な結合が可能な部分配列が存在するターゲットmRNA候補とmiRNAの組を選択する第1ステップ、及び (2)第1ステップにおいて選択されたターゲットmRNA候補とmiRNAの組において、ターゲットmRNA候補中でmiRNAが安定に結合可能な前記部分配列又はその近傍の部分配列がmRNA内部において取り得る最も安定な二次構造エネルギーを計算し、これを、ターゲットmRNA候補中の前記安定な結合が可能な部分配列とmiRNA配列との二次構造エネルギーと比較し、前記mRNA内部において前記部分配列又はその近傍の部分配列が取り得る最も安定な二次構造エネルギーが相対的に高い前記部分配列又は近傍の部分配列が存在するmRNAとmiRNAの組を選択する第2ステップを含み、以上のステップにより選択された組のmRNAが当該組のmiRNA分子により発現が制御されるターゲットmRNAであると予測又は同定する方法。

IPC (4)：

C12Q 1/68 , C12N 15/09 , A61K 48/00 , A61K 31/708

FI (4)：

C12Q1/68 Z , C12N15/00 A , A61K48/00 , A61K31/7088

F-Term (24)：

4B024AA01 , 4B024AA10 , 4B024CA11 , 4B024HA17 , 4B024HA20 , 4B063QA05 , 4B063QA11 , 4B063QQ52 , 4B063QR36 , 4B063QR90 , 4B063QS34 , 4B063QS39 , 4B063QX04 , 4B063QX10 , 4C084AA02 , 4C084AA13 , 4C084BA35 , 4C084CA53 , 4C084NA14 , 4C086AA01 , 4C086EA16 , 4C086MA01 , 4C086MA04 , 4C086NA14

Patent cited by the Patent：

Cited by examiner (2)

マイクロRNA分子
Gazette classification：公表公報 Application number：特願2003-532675 Applicant：マックス-プランク-ゲゼルシャフト・ツア・フェルデルング・デア・ヴィッセンシャフテン・エー・ファオ
マイクロアレー上でのsiRNAの検出および定量
Gazette classification：公開公報 Application number：特願2004-234466 Applicant：エッペンドルフアレイテクノロジーズソシエテアノニム

Article cited by the Patent：

Cited by examiner (6)

Cell, 2003, vol.115, p.787-98
Genes Dev., 2004, Vol.18, No.10, p.1165-78
RNA, 2004, Vol.10, No.10, p.1507-17

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