核酸の配列決定のための方法および手段

Inventor：
Applicant, Patent owner：
Agent (3)：稲葉良幸 , 大賀眞司 , 大貫敏史
Gazette classification：公表公報
Application number (International application number)：2007504316
Publication number (International publication number)：2007530020
Application date： Mar. 17, 2005
Publication date： Nov. 01, 2007
Summary：

一群の核酸プローブが、所望の配列情報への鋳型を含む核酸にアニールされ、鋳型内での各プローブに相補的な配列の存在または非存在の判定を含むことによって配列情報を提供する、核酸配列決定、特に高密度フィンガープリンティングに関する。鋳型に少なくとも部分的に関連する参照配列が使用される。

Claim (excerpt)：

核酸の配列決定方法であって、各々がプライマーのアニーリング配列および標的配列を含む複数の環状1本鎖DNA鋳型分子を含有するDNA試料を提供する工程と、以下の工程によって、固定化および増幅された鋳型分子のランダムアレイを形成する工程と、前記鋳型分子を増幅プライマーと接触させ前記プライマーのアニーリング配列にアニールさせることによって、アニールしたプライマー/鋳型の複合体を形成すること、ローリングサークル増幅によって前記鋳型分子を増幅すること、前記鋳型のアニーリング前に前記増幅プライマー、増幅前に前記プライマー/鋳型複合体、または増幅後に前記増幅された鋳型、を固定化することによって、固体支持体上に前記増幅された鋳型分子を確実に固定化すること、テスト条件下で一群のプローブによってタンデムリピート増幅産物を探索し、各プローブについてそれが前記テスト条件下で前記標的配列にハイブリダイズするか否かを判定することによって、前記標的のハイブリダイゼーションスペクトルを得る工程と、前記ハイブリダイゼーションスペクトルを、前記DNA鋳型の配列に対する一または複数の参照配列を含むことが期待される、複数の参照配列を含む参照データベース内の参照配列についてのハイブリダイゼーションスペクトルと比較することにより、一または複数の参照配列における前記標的配列の位置と予想される一または複数の位置を判定する工程と、場合によって、実際のハイブリダイゼーションスペクトルと前記一または複数の位置で期待されるハイブリダイゼーションスペクトルとの比較することにより、前記標的配列の予想される配列および/または一もしくは複数の参照配列と比較した前記標的配列の配列における差異を計算する工程と、を含む、方法。

IPC (4)：

C12N 15/09 , C12Q 1/68 , C12M 1/00 , G06F 19/00

FI (5)：

C12N15/00 A , C12Q1/68 A , C12N15/00 F , C12M1/00 A , G06F19/00 600

F-Term (26)：

4B024AA11 , 4B024CA01 , 4B024CA09 , 4B024CA11 , 4B024CA20 , 4B024HA14 , 4B029AA07 , 4B029AA23 , 4B029BB20 , 4B029CC02 , 4B029CC03 , 4B029CC08 , 4B029FA15 , 4B063QA01 , 4B063QA13 , 4B063QQ42 , 4B063QQ52 , 4B063QR32 , 4B063QR35 , 4B063QR55 , 4B063QR59 , 4B063QR62 , 4B063QR82 , 4B063QS25 , 4B063QS34 , 4B063QX02

Patent cited by the Patent：

Cited by examiner (2)

特許第6316229号
特許第6316229号

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