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J-GLOBAL ID：200903074903839170

核酸塩基配列のアセンブル方法及びアセンブル装置

Inventor： 安田 知弘 ,  西川 哲夫
Applicant, Patent owner： 株式会社日立製作所
Agent (1)： 平木 祐輔
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2001353640
Publication number (International publication number)：2003157267
Application date： Nov. 19, 2001
Publication date： May. 30, 2003
Summary：

【要約】【課題】核酸塩基配列のクラスタリング及びアセンブルを高速に行う。【解決手段】個々の入力配列101からその部分配列102を抽出して固定長部分配列テーブル103に記録する。コンセンサス配列104とオーバーラップする配列を探索する際にこの固定長部分配列テーブルを参照し、コンセンサス配列上を走査する固定長ウィンドウ105内の配列に完全一致する部分配列102が存在する場合、配列比較して入力配列全体がアセンブル可能であるかどうか判定する。アセンブル可能である場合に、その配列をクラスタに統合する処理を貪欲法に基づき繰り返し行うことで、クラスタリング及びアセンブルを行う。

Claim (excerpt)：

第1の核酸塩基配列上で固定長のウィンドウを移動させながら、当該ウィンドウによって切り取られた配列と一致する部分配列を末端領域に有する第2の核酸塩基配列を探索する工程と、前記工程で探索された第2の核酸塩基配列と前記第1の核酸塩基配列とがアセンブル可能かどうか判定する工程と、前記工程でアセンブル可能と判定された場合、前記第1の核酸塩基配列と前記第2の核酸塩基配列とをアセンブルする工程とを含むことを特徴とする核酸塩基配列のアセンブル方法。

IPC (3)：

G06F 17/30 170 ,  C12M 1/00 ,  C12Q 1/68

FI (3)：

G06F 17/30 170 F ,  C12M 1/00 A ,  C12Q 1/68 Z

F-Term (11)：

4B029AA07 ,  4B029AA23 ,  4B029BB20 ,  4B029FA15 ,  4B063QA13 ,  4B063QQ43 ,  4B063QQ53 ,  4B063QS39 ,  5B075ND20 ,  5B075QM02 ,  5B075UU19