核酸塩基配列決定方法

Inventor： , , ,
Applicant, Patent owner： ,
Agent (1)：平木祐輔
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2002076448
Publication number (International publication number)：2003270206
Application date： Mar. 19, 2002
Publication date： Sep. 25, 2003
Summary：

【要約】【課題】核酸断片を電気泳動して得られた蛍光強度波形データを解釈して、A,C, G, T (U)等の塩基配列を決定する際、解釈困難な部位の配列を精度良く決定する。【構成】塩基配列が既知である蛍光強度波形データとの信号強度比較を行い、所定の比較基準に基づいて、塩基配列の決定と塩基変異の有無の判定を行う。

Claim (excerpt)：

核酸試料から得た種々の長さの核酸断片を電気泳動して得られた4種類の塩基の蛍光強度波形データのピーク情報を元に前記核酸試料の塩基配列を仮決定するステップと、前記仮決定した塩基配列と既知塩基配列に対してホモロジー検索を行い、前記仮決定した塩基配列に相同性が高い既知塩基配列を並置するステップと、前記並置した核酸試料の蛍光強度波形データの信号強度と既知塩基配列の対応する蛍光強度波形データの信号強度とを、横軸を揃えて比較するステップとを含み、前記核酸試料の第1の塩基の蛍光強度波形データの所定のピークの信号強度が、既知塩基配列の前記第1の塩基の蛍光強度波形データの前記所定のピークに対応するピークの信号強度に対して所定の割合以下である場合に、当該ピーク位置に塩基変異が生じている可能性があると判定することを特徴とする核酸試料の塩基配列決定方法。

IPC (6)：

G01N 27/447 , C12Q 1/68 , G01N 21/64 , G01N 33/53 , G01N 33/566 , G01N 33/58

FI (7)：

C12Q 1/68 Z , G01N 21/64 F , G01N 33/53 M , G01N 33/566 , G01N 33/58 A , G01N 27/26 325 E , G01N 27/26 315 K

F-Term (24)：

2G043BA16 , 2G043CA03 , 2G043DA02 , 2G043DA05 , 2G043EA01 , 2G043EA19 , 2G043FA06 , 2G043KA02 , 2G043KA09 , 2G043NA01 , 2G043NA06 , 2G045DA12 , 2G045DA13 , 2G045DA14 , 2G045FA11 , 2G045FB02 , 2G045FB05 , 2G045FB07 , 2G045FB12 , 4B063QA13 , 4B063QQ42 , 4B063QR32 , 4B063QS16 , 4B063QX02

Patent cited by the Patent：

Cited by examiner (3)

核酸塩基配列決定装置および検査システム
Gazette classification：公開公報 Application number：特願2000-245516 Applicant：株式会社日立製作所
塩基配列決定方法及びその装置
Gazette classification：公開公報 Application number：特願平3-245501 Applicant：株式会社日立製作所, 日立電子エンジニアリング株式会社
核酸配列分析のための方法およびシステム
Gazette classification：公表公報 Application number：特願平11-500592 Applicant：アメルシャムファルマシアビオテクエイビー

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