Pat

J-GLOBAL ID：200903081336710460

ゲノムDNAの複雑性制御および分析

Inventor： ドン, ショウリアン ,  リップシュズ, ロバート ジェイ. ,  ロックハート, デイビッド ジェイ.
Applicant, Patent owner： アフィメトリックス インコーポレイテッド
Agent (1)： 山本 秀策
Gazette classification：公表公報
Application number (International application number)：2000578491
Publication number (International publication number)：2002528096
Application date： Oct. 27, 1999
Publication date： Sep. 03, 2002
Summary：

【要約】本発明は、核酸サンプルの複雑性を再現可能に減少する工程を包含する、サンプル調製および分析の新規な方法を提供する。本発明はさらに、例えば、多型性の存在または非存在のような特定の特徴について、所望のフラグメントをインターロゲートするように特異的に設計され得るアレイへのハイブリダイゼーションによって、上記のサンプルの分析を提供する。本発明はさらに、実際の実験を行う前に実験条件を決定するために、酵素反応をモデル化するコンピューターシステムを用いる新規な方法を提供する。

Claim (excerpt)：

第1の核酸サンプルを分析する方法であって、該方法は、以下: 該第1の核酸サンプルを提供する工程; 該第1の核酸サンプルの複雑性を再現可能に減少して、該第2の核酸サンプルが以下: 該第1の核酸サンプルをフラグメント化して、フラグメントを生成し、そしてアダプター配列を該フラグメントに連結する工程; 該第1の核酸サンプルをフラグメント化して、フラグメントを生成し、該フラグメントを変性し、いくつかの該フラグメントを、二本鎖DNA配列を形成するために再アニールし、そして該二本鎖DNA配列を除去する工程; 任意にプライムしたPCRにより増幅する工程; 該第1の核酸サンプルを、固体支持体に結合したオリゴヌクレオチドプローブにハイブリダイズさせる工程; 該第1の核酸配列を、ミスマッチ結合タンパク質にハイブリダイズさせる工程、により得られ得る、複数の非同一配列を含み得る第2の核酸サンプルを生成する工程; 核酸アレイを提供する工程; 該第2の核酸サンプルを、該アレイにハイブリダイズさせる工程;および 該ハイブリダイゼーションの結果生じるハイブリダイゼーションパターンを分析する工程、を包含する、方法。

IPC (10)：

C12N 15/09 ZNA ,  C12Q 1/68 ,  G01N 33/15 ,  G01N 33/50 ,  G01N 33/53 ,  G01N 33/543 541 ,  G01N 33/566 ,  G01N 33/58 ,  G01N 37/00 102 ,  G01N 37/00 103

FI (11)：

C12Q 1/68 A ,  G01N 33/15 Z ,  G01N 33/50 T ,  G01N 33/50 Z ,  G01N 33/53 M ,  G01N 33/543 541 A ,  G01N 33/566 ,  G01N 33/58 A ,  G01N 37/00 102 ,  G01N 37/00 103 ,  C12N 15/00 ZNA F

F-Term (32)：

2G045AA25 ,  2G045BB24 ,  2G045CB17 ,  2G045CB20 ,  2G045CB21 ,  2G045CB26 ,  2G045DA12 ,  2G045DA13 ,  2G045DA14 ,  2G045FA36 ,  2G045FB01 ,  2G045FB02 ,  2G045FB03 ,  2G045FB05 ,  2G045JA01 ,  2G045JA20 ,  4B024AA11 ,  4B024CA01 ,  4B024CA09 ,  4B024HA14 ,  4B024HA19 ,  4B063QA01 ,  4B063QA18 ,  4B063QQ42 ,  4B063QQ52 ,  4B063QR14 ,  4B063QR56 ,  4B063QR62 ,  4B063QR83 ,  4B063QS25 ,  4B063QS34 ,  4B063QS39