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J-GLOBAL ID：200903091048401261
タンパク質及び遺伝子の配列の確率的モチーフ発見方法
Inventor：
Applicant, Patent owner：
Agent (1)：
若林 忠
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：1996349487
Publication number (International publication number)：1998187666
Application date： Dec. 27, 1996
Publication date： Jul. 21, 1998
Summary：
【要約】【課題】タンパク質に対するアミノ酸配列データや遺伝子に対する塩基配列データからモチーフを探索する際に、確率的モデルにより、反復を陽に表現することができるモチーフを短時間で発見できるようにする。【解決手段】与えられた配列データ10からパターンによってモチーフを生成し(ステップ101)、配列データ10の中からモチーフ11に合致する部位を抽出して部分配列データ12とし(ステップ102)、部分配列データ12の前後を伸長して新たに部分配列データ13を生成する(ステップ103)。その後、部分配列データ13に基づき、隠れマルコフモデルを用いて確率的にモチーフ11を生成する(ステップ104)。ステップ102〜ステップ104を繰り返すことにより、確率的モチーフを発見する。
Claim (excerpt)：
タンパク質及び遺伝子のいずれか一方の配列データから確率的モチーフを発見する方法において、与えられた配列データから記号処理によって抽出したモチーフを初期のモチーフとして、前記配列データの中から前記初期のモチーフに最も適合する部分配列を第1の部分配列として抽出する第1のステップと、前記第1の部分配列の前後を伸長して新たに第2の部分配列を生成し、前記第2の部分配列を確率的に表現したものを新たにモチーフとする第2のステップと、前記配列データの中から前記第2のステップで得たモチーフに最も適合する部分配列を抽出して改めて前記第1の部分配列とする第3のステップとを有し、前記第1のステップの実行後、前記第2のステップ及び前記第3のステップを繰り返し実行することにより前記確率的モチーフを発見することを特徴とする、確率的モチーフ発見方法。
IPC (2)：
FI (2)：
G06F 15/36 Z
, G06F 15/40 370 F
