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J-GLOBAL ID：201003020057580248
ペプチドとタンパク質の結合部位を予測する方法、装置、およびプログラム
Inventor：
Applicant, Patent owner：
Agent (1)：
特許業務法人エム・アイ・ピー
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2008284629
Publication number (International publication number)：2010113473
Application date： Nov. 05, 2008
Publication date： May. 20, 2010
Summary：
【課題】ペプチドとタンパク質の結合部位を予測するドッキング予測方法において、計算時間を大幅に短縮し、且つ、妥当な予測結果を得ることのできる方法を提供する。【解決手段】標的タンパク質の構造を、各アミノ酸残基に対応する点の集合に置き換え、これをドローネイ分割することによってドローネイ四面体集合体に変換する。このドローネイ四面体集合体の周囲にグリッド点の集合を構築し、該グリッド点の集合に対し複数の結合サイトをランダムに設定する。ペプチドの各アミノ酸残基に対応する点からなるペプチド・モデルを、上記結合サイトに配置したのち、ペプチド・モデルの全ペプチド点とその近傍のタンパク質点からなる集合をドローネイ分割する。適合度を、少なくとも一つのペプチド点を頂点に含む四面体に対応する統計的四体ポテンシャルを変数とする関数として定義し、適合度の大きいペプチド・モデルの配置態様を予測結果として出力する。【選択図】図8
Claim (excerpt)：
コンピュータに標的タンパク質とペプチドの結合部位を予測させる方法であって、前記方法は、前記コンピュータに対し、
前記標的タンパク質の構造を該標的タンパク質の各アミノ酸残基を構成する原子の幾何学的中心に対応する点として定義されるタンパク質点の集合に置き換え、該タンパク質点の集合をドローネイ分割してドローネイ四面体集合体に変換するステップと、
前記ドローネイ四面体集合体の周囲にグリッド点の集合を構築するステップと、
前記グリッド点の集合に対し複数の結合サイトをランダムに設定するステップと、
前記ペプチドを該ペプチドの各アミノ酸残基を構成する原子の幾何学的中心に対応する点として定義されるペプチド点の集合に置き換えて粗視化したペプチド・モデルを、前記結合サイトに配置するステップと、
前記結合サイトに配置した前記ペプチド・モデルの全ペプチド点および前記タンパク質点からなる集合をドローネイ分割して得られる四面体のうち、少なくとも一つの前記ペプチド点を頂点に含む四面体に対応する統計的四体ポテンシャルを導出し、導出された前記統計的四体ポテンシャルを変数とする関数として定義される適合度を算出するステップと、
前記複数の結合サイトにおいて算出された前記適合度の値を降順にソートし、上位の適合度に対応する前記ペプチド・モデルの配置態様を予測結果として出力するステップと、
を実行させる方法。
IPC (1)：
FI (1)：
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