Kaminuma Eli

カミヌマエリ | Kaminuma Eli

Affiliation and department：
Homepage URL (1)： https://nrid.nii.ac.jp/nrid/1000090314559/

Research field (2)： Biological, health, and medical informatics , Database science

Research keywords (8)：生命情報科学 , データ駆動科学 , クラウドサイエンス , ゲノム科学 , アノテーション , クラウドソーシング , DNA Polymorphism , メディア情報処理

Research theme for competitive and other funds (15)：

2019 - 2021 DNA配列注釈予測における注釈品質評価とオンライン機械学習の実効性の検討(3A2019),(55A2020)
2018 - 2021 医療アクセス制限研究の属性共起分析による類似オープンデータ順位付けとデータサイエンス応用(029RP2018), (032RP2019), (029RP2020)
2016 - 2018 早生カンキツ育種効率化のための選抜育種技術の開発とその利用(NGB2009)
2014 - 2018 ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物DBの超高度化推進
2013 - 2016 カンキツの育種選抜に利用可能なゲノムワイドSNPの拡充(NGB1006)

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Papers (44)：

Eli Kaminuma, Yukino Baba, Masahiro Mochizuki, Hirotaka Matsumoto, Haruka Ozaki, Toshitsugu Okayama, Takuya Kato, Shinya Oki, Takatomo Fujisawa, Yasukazu Nakamura, et al. DDBJ Data Analysis Challenge: a machine learning competition to predict Arabidopsis chromatin feature annotations from DNA sequences. Genes & genetic systems. 2020. 95. 1. 43-50
神沼英里, 藤澤貴智, 中村保一. ライフサイエンス研究におけるクラウドソーシングの利用と実践. 情報処理学会デジタルプラクティス論文誌特集「クラウドソーシング/ヒューマンコンピュテーション」. 2018. 9. 4
Yuichi Kodama, Jun Mashima, Takehide Kosuge, Eli Kaminuma, Osamu Ogasawara, Kousaku Okubo, Yasukazu Nakamura, Toshihisa Takagi. DNA Data Bank of Japan: 30th anniversary. Nucleic acids research. 2018. 46. D1. D30-D35
Mai F Minamikawa, Keisuke Nonaka, Eli Kaminuma, Hiromi Kajiya-Kanegae, Akio Onogi, Shingo Goto, Terutaka Yoshioka, Atsushi Imai, Hiroko Hamada, Takeshi Hayashi, et al. Genome-wide association study and genomic prediction in citrus: Potential of genomics-assisted breeding for fruit quality traits. Scientific reports. 2017. 7. 1. 4721-4721
Jun Mashima, Yuichi Kodama, Takatomo Fujisawa, Toshiaki Katayama, Yoshihiro Okuda, Eli Kaminuma, Osamu Ogasawara, Kousaku Okubo, Yasukazu Nakamura, Toshihisa Takagi. DNA Data Bank of Japan. Nucleic acids research. 2017. 45. D1. D25-D31-D31

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MISC (2)：

Yasuhiro Tanizawa, Takatomo Fujisawa, Takako Mochizuki, Eli Kaminuma, Yasukazu Nakamura, Masanori Tohno. Draft Genome Sequence of Lactobacillus oryzae Strain SG293T. Genome announcements. 2014. 2. 4. e00861
Yasuhiro Tanizawa, Takatomo Fujisawa, Takako Mochizuki, Eli Kaminuma, Yutaka Suzuki, Yasukazu Nakamura, Masanori Tohno. Draft Genome Sequence of Weissella oryzae SG25T, Isolated from Fermented Rice Grains. Genome announcements. 2014. 2. 4. e00667

Patents (2)：

Books (14)：

<b>Methods for analyzing next-generation sequencing data VIII. Post-assembly analysis</b>
2016
次世代シーケンサーデータの解析手法第 7 回ロングリードアセンブリ
乳酸菌学会誌vol27,No.2 解説 2016
<b>Methods for analyzing next-generation sequencing dataVI. genome assembly </b>
Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria 2016
育種学研究 Vol.17 No.2 2014年第56回シンポジウム(シンポジウム・ワークショップ)報告
2015
実験医学別冊「次世代シークエンス解析スタンダード」
羊土社 2014

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Lectures and oral presentations (199)：

Edge AIとディープラーニング最新動向
(アグリゲノム産業研究会 2020)
Techniques for experimental biologists to acquire deep learning skills(1): Operating Python libraries with R language in Google Colab (Image Classification)
(RIKEN CSRS Seminar 2020)
Generating annotation texts of HLA sequences with antigen classes by a T5(Text-to-Text Transfer Transformer) model using International Nucleotide Sequence Database
(Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2020(IIBMP2020) 2020)
グラフ構造のための深層学習「Graph Neural Networks」の仕組みと研究応用
(第61回日本植物生理学会年会WSデータベース講習会 2020)
糖尿病電子カルテを事例としたMeSH Term注釈に基づくアクセス制限研究のオープンデータ類似検索
(人工知能学会合同研究会2019 SIG-AIMED-008 2019)

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Works (14)：

2019年度アマゾンウェブサービス機械学習PBLセミナー
鮫島正樹, AWS Ja, 上総虎智(AWS J, 神沼英里(TM 2019 -
第1回MD-DSC機械学習コンペティション「アイデア賞・モデリング賞」
田中博(TMDU, 角山和久, アステラス製薬, 三留修平, シードプランニング, 神沼英里(TM 2019 -
2018年度アマゾンウェブサービス機械学習PBLセミナー
鮫島正樹, AWS Ja, 岩見和也(AWS J, 神沼英里(TM 2018 -
ディープラーニングによる出芽酵母蛍光画像の細胞内タンパク質局在の分類
神沼英里 2018 -
Reading Circle 2017 「Hands-On Machine Learning with Scikit-Learn and TensorFlow」
Eli Kaminuma 2017 -

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Education (3)：

Professional career (1)：

Work history (8)：

2020/04 - 現在理化学研究所環境資源科学研究センター客員研究員
2018/05 - 現在 Tokyo Medical and Dental University
2018/05 - 現在 National Institute of Genetics
2017/10 - 2019/03 AIST Artificial Intelligence Research Center Visiting Researcher
2009/04 - 2018/04 National Institute of Genetics

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Association Membership(s) (4)：

日本ゲノム微生物学会 , JAPANESE SOCIETY FOR BIOINFORMATICS , 日本人工知能学会 , 日本情報処理学会

※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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