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J-GLOBAL ID：201103005580566540

プローブ、プローブ設計装置、プローブ設計プログラム

Inventor： 栗田 典之 ,  村山 陽平 ,  高須 大輔 ,  塚本 貴志
Applicant, Patent owner： 国立大学法人豊橋技術科学大学
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2009149219
Publication number (International publication number)：2011004621
Application date： Jun. 23, 2009
Publication date： Jan. 13, 2011
Summary：

【課題】標的核酸断片との結合力を向上させることのできるプローブ、プローブ設計装置、プローブ設計プログラムを提供すること。【解決手段】DNAプローブ設計処理(S5)では、グラフィック表示機能を利用して設計された任意プローブと標的核酸分子との二重鎖構造に作用する力を古典分子力場計算に従って算出する(S59)。そして、算出された力が所定の閾値以下となるまで各原子位置を調整して安定な二重鎖構造とし、その任意プローブの結合エネルギーを結合エネルギー解析処理(S62)によって算出する。算出された任意プローブの結合エネルギーと、判定値メモリに記憶されている標準プローブの結合エネルギーとは、識別情報と共にLCDに出力される。故に、ユーザは、設計したプローブのハイブリダイズ能力を端的に把握することができ、結合力を向上させたプローブを設計できる。【選択図】図5

Claim (excerpt)：

核酸塩基と、その核酸塩基が結合される糖を含むバックボーン構造とを有し、標的核酸分子と少なくとも部分的に二重鎖を形成してハイブリダイズするプローブにおいて、 前記バックボーン構造は、天然核酸のバックボーン構造において糖を連結する燐酸基が下記式(1),(2),(3),(4)から選ばれる少なくとも1種の基によって置き換えられた構造を備えたものであることを特徴とするプローブ。

IPC (3)：

C12N 15/09 ,  C12M 1/00 ,  G01N 27/02

FI (3)：

C12N15/00 A ,  C12M1/00 A ,  G01N27/02 E

F-Term (8)：

2G060AD06 ,  2G060AF08 ,  4B024AA20 ,  4B024CA01 ,  4B024CA11 ,  4B024HA20 ,  4B029AA23 ,  4B029BB20