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J-GLOBAL ID：201103098404621657
タンパク質立体構造処理装置、タンパク質立体構造処理方法、および、プログラム
Inventor：
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Applicant, Patent owner：
Agent (1)：
酒井 宏明
Gazette classification：特許公報
Application number (International application number)：2008545463
Patent number：4643713
Application date： Nov. 21, 2007
Claim (excerpt)：
【請求項1】 タンパク質立体構造中のアミノ酸残基が特定の環境においてエネルギー的に安定であるかどうかを示す物理量であるスコアマトリックスを計算する、制御装置と記憶装置とを少なくとも備えたタンパク質立体構造処理装置であって、
上記記憶装置は、複数の上記アミノ酸残基から構成されるタンパク質の立体構造座標を定義するタンパク質立体構造情報を少なくとも記憶し、
上記制御装置は、
上記記憶装置に記憶された上記タンパク質立体構造情報における任意のアミノ酸残基Aを、他のアミノ酸残基aへと変異させた変異後のタンパク質立体構造情報を予測する変異立体構造予測手段と、
上記変異立体構造予測手段にて予測された上記変異後のタンパク質立体構造情報から、変異前の上記アミノ酸残基Aの周囲の環境情報Pが、変異後の上記アミノ酸残基aの周囲の環境情報pへ変化するときの、上記アミノ酸残基A、上記アミノ酸残基a、上記環境情報Pおよび上記環境情報pを対応付けて環境変化情報として収集し上記記憶装置に記憶する環境変化情報収集手段と、
上記環境情報収集手段にて収集された上記環境変化情報の上記環境情報Pに対する変異後の複数の上記環境情報pが正規分布に従うものとし、上記環境情報Pに対する標準偏差σ(P)を計算して、上記記憶装置に対応付けて記憶する標準偏差計算手段と、
上記スコアマトリックスを計算する際に特定の環境情報jに存在するアミノ酸残基iの個数N(i|j)を得るときに、上記標準偏差計算手段にて記憶された上記環境情報jの変異後の環境情報Jに対する標準偏差σ(J)を考慮し、上記環境情報j以外の上記環境情報について当該環境情報と上記環境情報jとの差の絶対値と上記標準偏差とを考慮した重み付けパラメータを用いて、上記N(i|j)を補正し、上記スコアマトリックスを計算するスコアマトリックス計算手段と、
を備えたことを特徴とするタンパク質立体構造処理装置。
IPC (1)：
FI (1)：
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