Matsunaga Yasuhiro

マツナガヤスヒロ | Matsunaga Yasuhiro

Affiliation and department：
Homepage URL (1)： https://www.bio.ics.saitama-u.ac.jp

Research field (2)： Computational science , Biophysics

Research keywords (6)： Molecular simulation , Free energy calculation , Data assimilation , Molecular Dynamics , Nonlinear Science , Biophysics

Research theme for competitive and other funds (12)：

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Papers (35)：

Yasuhiro Matsunaga, Sotaro Fuchigami, Tomonori Ogane, Shoji Takada. End-to-end differentiable blind tip reconstruction for noisy atomic force microscopy images. Scientific reports. 2023. 13. 1. 129-129
Tomonori Ogane, Daisuke Noshiro, Toshio Ando, Atsuko Yamashita, Yuji Sugita, Yasuhiro Matsunaga. Development of hidden Markov modeling method for molecular orientations and structure estimation from high-speed atomic force microscopy time-series images. PLoS computational biology. 2022. 18. 12. e1010384
Yasuhiro Matsunaga, Motoshi Kamiya, Hiraku Oshima, Jaewoon Jung, Shingo Ito, Yuji Sugita. Use of multistate Bennett acceptance ratio method for free-energy calculations from enhanced sampling and free-energy perturbation. Biophysical Reviews. 2022
Taihei Murakami, Shigefumi Kumachi, Yasuhiro Matsunaga, Miwa Sato, Kanako Wakabayashi-Nakao, Hidekazu Masaki, Ryo Yonehara, Maiko Motohashi, Naoto Nemoto, Masayuki Tsuchiya. Construction of a Humanized Artificial VHH Library Reproducing Structural Features of Camelid VHHs for Therapeutics. Antibodies. 2022. 11. 1. 10-10
Ren Higashida, Yasuhiro Matsunaga. Enhanced Conformational Sampling of Nanobody CDR H3 Loop by Generalized Replica-Exchange with Solute Tempering. Life. 2021. 11. 12. 1428-1428

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MISC (37)：

Chigusa KOBAYASHI, Yasuhiro MATSUNAGA, Jaewoon JUNG, Yuji SUGITA. Analyses of Structure Changes and Free Energy of Sarco/Endoplasmic Reticulum Ca<sup>2+</sup>-ATPase. Seibutsu Butsuri. 2022. 62. 5. 298-300
松永康佑, 森次圭, 藤崎弘士. How Can We Describe the Conformational Change of Proteins?-Advances in Path Sampling Techniques for Biomolecules. 日本物理学会誌. 2021. 76. 11
藤崎弘士, 森次圭, 松永康佑, 山本典史, 末谷大道. Kinetics of conformational changes of proteins calculated by manifold learning. 日本物理学会講演概要集(CD-ROM). 2021. 76. 2
藤崎弘士, 森次圭, 松永康佑. 重み付きアンサンブル法を用いたタンパク質の構造変化とキネティックスの計算. 日本物理学会講演概要集(CD-ROM). 2019. 74. 2
藤崎弘士, 森次圭, 松永康佑. 重み付きアンサンブル法による生体分子の構造変化ダイナミクスの計算. 分子シミュレーション討論会講演要旨集. 2019. 33rd

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Books (3)：

Protein Functional Motions: Basic Concepts and Computational Methodologies
Advances in Chemical Physics Vol. 145, page 35-82 (2011) 2011
Non-Brownian Phase Space Dynamics of Molecules, the Nature of their Vibrational States, and non-RRKM Kinetics
Advances in Chemical Physics Vol. 145 page 83-122 (2011) 2011
Molecular Dynamics Simulation of Proteins: Two Models of Anharmonic Dynamics
Proteins: Energy, Heat and Signal Flow, Chapter 5, p107-127 (2009), CRC Press. 2009

Lectures and oral presentations (28)：

Energetics and conformational pathways of functional rotation in the multidrug transporter AcrB
(2018)
機械学習を用いた計測とシミュレーションの統合によるタンパク質動態解析
(産業技術総合研究所バイオメディカル研究部門 2018)
ストリング法による多剤排出トランスポーターAcrBの機能ダイナミクス解析
(近畿大学高圧力蛋白質研究センター 2018)
機械学習を用いた計測とシミュレーションの統合によるタンパク質動態解析
(京都大学理学研究科「数理を基盤として新分野の自発的創出を促す理学教育プログラム(MACS教育プログラム)」京都大学 2017)
機械学習を用いた1分子計測とシミュレーションの統合とタンパク質動態解析
(新学術領域「柔らかな分子系」若手シンポジウム東北大学 2017)

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Works (7)：

MDToolbox.jl
Yasuhiro Matsunaga 2018 - 現在
GENESIS: Generalized Ensemble Simulation System
Y. Sugita, J. Jung, T. Mori, C. Kobayashi, Y. Matsunaga, T. Imai, T. Yoda 2015 - 現在
MDToolbox
Yasuhiro Matsunaga 2012 - 現在
プレスリリース機械学習を用いたシミュレーションと実験計測データの融合
2018 -
プレスリリース京コンピュータを用いた多剤排出トランスポータAcrBの薬剤排出メカニズムの解明
2018 -

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Education (3)：

2003 - 2007 Kobe University Graduate School of Science and Technology Department of Information and Media Science
2001 - 2003 Kobe University Graduate School of Science and Technology
1997 - 2001 Kobe University Faculty of Science Department of Earth and Planetary Sciences

Professional career (1)：

Work history (10)：

2019/04 - 現在 Saitama University Graduate School of Science and Engineering
2016/10 - 2020/03 JST PRESTO
2018/04 - 2019/03 理化学研究所計算科学研究センター研究員
2015/11 - 2018/10 Kobe University Graduate School of System Informatics
2014/04 - 2018/03 RIKEN Advanced Institute for Computational Science Research Scientist

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Awards (6)：

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Association Membership(s) (3)：

バイオスーパーコンピューティング研究会 , PROTEIN SCIENCE SOCIETY OF JAPAN , THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN

※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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