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J-GLOBAL ID：201201029106783820   Update date: Feb. 01, 2024

Fuchigami Sotaro

フチガミ ソウタロウ | Fuchigami Sotaro
Affiliation and department：
University of Shizuoka School of Pharmaceutical Sciences

About University of Shizuoka School of Pharmaceutical Sciences


Research field  (4)： Biophysics ,  Statistical science ,  Bio-, chemical, and soft-matter physics ,  Basic physical chemistry
Research keywords  (9)： 生体分子 ,  タンパク質 ,  ダイナミクス ,  分子動力学シミュレーション ,  粗視化シミュレーション ,  データ同化 ,  高速原子間力顕微鏡 ,  イオンモビリティ質量分析 ,  X線小角散乱
Research theme for competitive and other funds  (7)：
  • 2019 - 2022 Protein structure analysis using data assimilation of simulation and experimental data
  • 2014 - 2016 ヒストンテールのしなやかさに由来する動的挙動の解明
  • 2011 - 2013 Fluctuation dynamics of proteins revealed by long-time all-atom molecular dynamics simulations
  • 2007 - 2008 分子シミュレーションによる膜タンパク質の機能的ダイナミクスの研究
  • 2003 - 2007 分子シミュレーションによる蛋白質フォールディング・分子認識機構の解明
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Papers (27)：
  • Tsuyoshi Ishizone, Yasuhiro Matsunaga, Sotaro Fuchigami, Kazuyuki Nakamura. Representation of Protein Dynamics Disentangled by Time-Structure-Based Prior. Journal of Chemical Theory and Computation. 2023. 20. 1. 436-450
  • Suguru Kato, Shoji Takada, Sotaro Fuchigami. Particle Smoother to Assimilate Asynchronous Movie Data of High-Speed AFM with MD Simulations. Journal of Chemical Theory and Computation. 2023
  • Yasuhiro Matsunaga, Sotaro Fuchigami, Tomonori Ogane, Shoji Takada. End-to-end differentiable blind tip reconstruction for noisy atomic force microscopy images. Scientific reports. 2023. 13. 1. 129
  • Kazumi Saikusa, Daiki Asakawa, Sotaro Fuchigami, Satoko Akashi. Evaluation for Ion Heating of H2A-H2B Dimer in Ion Mobility Spectrometry-Mass Spectrometry. Mass spectrometry (Tokyo, Japan). 2023. 12. 1. A0131
  • Sotaro Fuchigami, Shoji Takada. Inferring Conformational State of Myosin Motor in an Atomic Force Microscopy Image via Flexible Fitting Molecular Simulations. Frontiers in Molecular Biosciences. 2022. 9
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MISC (5)：
  • 渕上 壮太郎. 独立成分分析tICAによるタンパク質ダイナミクスの解析. 分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」. 2011. 13. 4. 161-166
  • 渕上 壮太郎. タンパク質の構造変化ダイナミクス:基質との相互作用による特異的運動の実現. 物性研究. 2006. 86. 1. 99-104
  • 渕上 壮太郎, 小松崎 民樹, 戸田 幹人. 複雑な多谷ポテンシャルエネルギー面上で生起する動力学諸問題 : タンパク質とその周辺(研究会報告). 物性研究. 2006. 86. 1. 37-42
  • 渕上 壮太郎. 第6回蛋白質立体構造予測コンテストCASP6に参加して. 蛋白質核酸酵素. 2005. 50. 5. 471-476
  • 渕上 壮太郎. 古典力学から見た分子の非断熱過程. 物性研究. 2001. 76. 1. 115-126
Lectures and oral presentations  (79)：
  • Gas-phase structural analysis using coarse-grained molecular dynamics simulation including electrostatic and hydrophobic interactions
    (2023)
  • Hidden Markov model analysis of myosin V walking observed by high-speed atomic force microscopy
    (2022)
  • Gas-phase structural analysis using coarse-grained model: Application to H2A-H2B dimer
    (2022)
  • Dynamic structure analysis by data assimilation combining high-speed atomic force microscopy data and molecular simulations
    (2021)
  • Structure analysis by data assimilation using ion mobility mass spectrometry and molecular simulation: Application to H2A-H2B dimer
    (2021)
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Education (5)：
  • 1999 - 2002 東京大学 総合文化研究科 広域科学専攻 博士課程
  • 1997 - 1999 東京大学 総合文化研究科 広域科学専攻 修士課程
  • 1995 - 1997 The University of Tokyo
  • 1993 - 1995 The University of Tokyo
  • 1989 - 1992 東京都立国立高等学校
Professional career (1)：
  • 博士(学術) (東京大学)
Work history (8)：
  • 2023/04 - 現在 University of Shizuoka
  • 2018/04 - 2023/03 Kyoto University
  • 2013/04 - 2018/03 Yokohama City University
  • 2009/04 - 2013/03 Yokohama City University
  • 2007/04 - 2009/03 Yokohama City University
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Committee career (2)：
  • 2015/01 - 2016/12 日本生物物理学会 会誌編集委員
  • 2012/04 - 2013/03 日本物理学会 領域運営委員
Association Membership(s) (6)：
日本薬学会 ,  Biophysical Society ,  分子科学会 ,  日本生物物理学会 ,  日本蛋白質科学会 ,  日本物理学会
※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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