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J-GLOBAL ID：201201068306951227
Update date: Apr. 17, 2024
Tomotaka Oroguchi
オログチ トモタカ | Tomotaka Oroguchi
Affiliation and department：
Job title：
Assistant Professor/Senior Assistant Professor
Research field (1)：
Bio-, chemical, and soft-matter physics
Research keywords (1)：
生物物理、生体分子水和・ダイナミックス、X線ナノイメージング
Research theme for competitive and other funds (9)：
- 2021 - 2024 Development of force field considering hydrogen-bond directionality
- 2017 - 2021 生体分子の機能発揮機構における水和構造の役割の解明
- 2017 - 2020 分子クラウディング環境下における生体分子の機能的構造揺らぎの解析
- 2016 - 2017 分子シミュレーションと溶液X線散乱実験を用いた生体分子の構造揺らぎの解析
- 2014 - 2016 X線回折散乱実験と分子シミュレーションを用いた生体分子の動的構造の解析
- 2014 - 2016 生体分子構造およびに生体分子間相互作用の安定化における水分子の役割の解明
- 2013 - 2015 創薬基盤構築に向けた生体分子水和構造の物理化学的理解の確立
- 2012 - 2014 天然変性蛋白質の動的構造及び基質認識機構の原子レベルでの解明
- 2011 - 2012 X線自由電子レーザーを用いた生体超分子ナノイメージング法の開発
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Papers (37)：
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Hiroshi Kameda, Sayaka Usugi, Mana Kobayashi, Naoya Fukui, Seki Lee, Kunihiro Hongo, Tomohiro Mizobata, Yuki Sekiguchi, Yu Masaki, Amane Kobayashi, et al. Common structural features of toxic intermediates from alpha-synuclein and GroES fibrillogenesis detected using cryogenic coherent X-ray diffraction imaging. JOURNAL OF BIOCHEMISTRY. 2017. 161. 1. 55-65
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Y. Sekiguchi, S. Hashimoto, A. Kobayashi, HT. Oroguchi, HR, M. Nakasako. A protocol for searching most probable phase-retrieved maps in coherent X-ray diffraction imaging by exploiting relationship between convergence of retrieved phase and success of calculation. Journal of Synchrotron Radiation. 2017. in press. 1024-1038
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Mao Oide, Koji Okajima, Sachiko Kashojiya, Yuki Takayama, Tomotaka Oroguchi, Takaaki Hikima, Masaki Yamamoto, Masayoshi Nakasako. Blue Light-excited Light-Oxygen-Voltage-sensing Domain 2 (LOV2) Triggers a Rearrangement of the Kinase Domain to Induce Phosphorylation Activity in Arabidopsis Phototropin1. JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY. 2016. 291. 38. 19975-19984
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Amane Kobayashi, Yuki Sekiguchi, Tomotaka Oroguchi, Koji Okajima, Asahi Fukuda, Mao Oide, Masaki Yamamoto, Masayoshi Nakasako. Specimen preparation for cryogenic coherent X-ray diffraction imaging of biological cells and cellular organelles by using the X-ray free-electron laser at SACLA. JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION. 2016. 23. 975-989
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Amane Kobayashi, Yuki Sekiguchi, Yuki Takayama, Tomotaka Oroguchi, Keiya Shirahama, Yasufumi Torizuka, Masahiro Manoda, Masayoshi Nakasako, Masaki Yamamoto. TAKASAGO-6 apparatus for cryogenic coherent X-ray diffraction imaging of biological non-crystalline particles using X-ray free electron laser at SACLA. REVIEW OF SCIENTIFIC INSTRUMENTS. 2016. 87. 5. 053109 (15 pages)
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Books (1)：
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Water and Biomolecules
2009
Lectures and oral presentations (41)：
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グルタミン酸脱水素酵素のドメイン運動に協奏した水和構造変化
(第52回日本生物物理学会年会 2014)
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X線溶液散乱と分子動力学シミュレーションで探る蛋白質の機能的構造揺らぎ(招待講演)
(第2回 Neutrons in Biology研究会 2014)
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X線散乱実験を用いた新規動的構造解析方法の開発現状(招待講演)
(新学術領域「天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現」第3回公開シンポジウム 2014)
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Classification protocol of projection images by manifold: Toward analysis of dynamics of particles with coherent x-ray diffraction imaging
(Biophysics Society 58th Annual Meeting 2014)
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SACLA-CXDI実験データ処理ソフトウェア「四天王」の現状と将来
(第27回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム 2014)
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Education (4)：
- 2004 - 2007 The University of Tokyo 理学系研究科 物理学専攻
- 2004 - 2007 The University of Tokyo 理学系研究科 物理学専攻
- 2002 - 2004 The University of Tokyo 理学系研究科 物理学専攻
- 2002 - 2004 The University of Tokyo 理学系研究科 物理学専攻
Professional career (1)：
Work history (2)：
- 2011/04 - 現在 慶應義塾大学 理工学部物理学科 助教
- 2007/04 - 2011/03 横浜市立大学大学院 生命ナノシステム科学研究科 博士研究員
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