インビトロで多因子疾患を診断する方法

Inventor： , , , ,
Applicant, Patent owner：
Agent (2)：高岡亮一 , 小田直
Gazette classification：公表公報
Application number (International application number)：2012503982
Publication number (International publication number)：2012523000
Application date： Mar. 31, 2010
Publication date： Sep. 27, 2012
Summary：

本発明は、生体試料中の癌、特に、急性骨髄性白血病(AML)、結腸癌、腎臓癌、前立腺癌;一過性脳虚血発作(TIA)、虚血、特に脳卒中、低酸素、低酸素性虚血性脳症、周産期脳損傷、仮死新生児低酸素性虚血性脳症;脱髄性疾患、特に、白質疾患、脳室周囲白質脳症、多発性硬化症、アルツハイマーおよびパーキンソン病、等の多因子疾患をインビトロで診断するための方法およびキットに関する。診断のために、少なくとも2つの異なる種の生体分子ならびに適切な分類器アルゴリズムおよび他の統計的手法による結果の分類を利用する。本発明により、例えば、発現プロファイルの信頼性の大きな改善がなされる。すなわち、一定の集団において100%までの正確な確定診断が可能となり、このことが本発明方法を先行技術に対して優れたものにしている。

Claim (excerpt)：

多因子疾患またはそのサブタイプをインビトロで診断する方法であって、当該多因子疾患またはそのサブタイプが、癌、特に、急性骨髄性白血病(AML)、結腸癌、腎臓癌、前立腺癌;一過性脳虚血発作(TIA)、虚血、特に脳卒中、低酸素、低酸素性虚血性脳症、周産期脳損傷、仮死新生児低酸素性虚血性脳症;脱髄性疾患、特に、白質疾患、脳室周囲白質脳症、多発性硬化症、アルツハイマーおよびパーキンソン病からなる群より選択され; 哺乳類患者の少なくとも1つの組織の少なくとも1つの生体試料において、 a)少なくとも2つの異なる生体分子の種を選択するステップであって、前記生体分子の種が、RNAおよび/またはそのDNAカウンターパート、マイクロRNAおよび/またはそのDNAカウンターパート、ペプチド、タンパク質、および代謝物からなる群より選択されるステップ; b)生体分子の異なる種の少なくとも2つのセットを使用して、前記試料中のそれぞれの種の複数の生体分子の、存在または非存在、定性的および/または定量的分子パターンおよび/または分子サイン、レベル、量、濃度および発現レベルからなる群より選択された少なくとも1つのパラメーターを測定し、得られた一連の数値を生データとしてデータベースに保存するステップ; c)前記生データを数学的に前処理してステップb)で使われる測定手続きに固有の技術的誤差を減らすステップ; d)ロジスティック回帰分析、(対角)線形または二次判別分析(LDA、QDA、DLDA、DQDA)、パーセプトロン、収縮重心法正規化判別分析(RDA)、ランダムフォレスト(RF)、ニューラルネットワーク(NN)、ベイジアンネットワーク、隠れマルコフモデル、サポートベクターマシン(SVM)、一般部分最小二乗法(GPLS)、パーティショニングアラウンドメドイド法(partitioning around medoid)(PAM)、自己組織化マップ(SOM)、再帰分割および回帰ツリー、K近傍分類器(K-NN)、ファジー分類器、バッギング、ブースティング、および単純ベイズからなる群から少なくとも1つの適切な分類アルゴリズムを選択し、前記分類アルゴリズムをステップc)の前記前処理データに適用するステップ; e)分類器機能を選択して前記前処理データを前記条件にマッピングするために、ステップd)の前記分類アルゴリズムを病態生理学的、生理的、予後的、または応答者条件に従ってクラスに分類された患者からの前処理データを含む少なくとも1つの訓練データセットで訓練するステップ; f)ステップe)の前記訓練した分類アルゴリズムを、未知の病態生理学的、生理的、予後的、または応答者の条件を有する患者の前処理データセットに適用し、訓練した分類アルゴリズムを使って前記データセットのクラスラベルを予測して、患者の病状を診断するステップ; を含む方法。

IPC (6)：

G01N 33/50 , C12Q 1/68 , G01N 33/68 , G01N 27/62 , G01N 30/72 , G01N 30/88

FI (9)：

G01N33/50 P , C12Q1/68 A , G01N33/68 , G01N27/62 V , G01N27/62 X , G01N27/62 D , G01N30/72 C , G01N30/88 E , G01N30/88 101L

F-Term (30)：

2G041CA01 , 2G041DA05 , 2G041EA04 , 2G041FA10 , 2G041GA09 , 2G041HA01 , 2G041LA07 , 2G045AA25 , 2G045DA14 , 2G045DA36 , 2G045FA36 , 2G045FB01 , 4B024AA11 , 4B024CA09 , 4B024CA11 , 4B024CA12 , 4B024HA08 , 4B024HA11 , 4B063QA18 , 4B063QA19 , 4B063QQ52 , 4B063QQ53 , 4B063QR08 , 4B063QR42 , 4B063QR55 , 4B063QR62 , 4B063QS25 , 4B063QS34 , 4B063QS36 , 4B063QX02

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