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J-GLOBAL ID：201203046420437472
タンパク質分子のアミノ酸置換部位選択装置、置換アミノ酸選択装置、アミノ酸置換部位選択方法、置換アミノ酸選択方法、プログラムおよび記録媒体
Inventor：
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Applicant, Patent owner：
Agent (4)：
辻丸 光一郎
, 中山 ゆみ
, 吉田 玲子
, 伊佐治 創
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2010230117
Publication number (International publication number)：2012083966
Application date： Oct. 12, 2010
Publication date： Apr. 26, 2012
Summary：
【課題】タンパク質におけるアミノ酸置換部位を適切に選択可能で、高機能な変異型タンパク質を得ることができる、タンパク質分子のアミノ酸置換部位選択装置を提供する。【解決手段】タンパク質とリガンドとの複合体の立体構造を取得する手段102と、前記構造の各原子に力場パラメータを付与する手段130と、分子シミュレーションを実施する手段140と、前記リガンドと接触可能なアミノ酸残基のリストを作成する手段150と、前記アミノ酸残基と前記リガンドとの静電的相互作用エネルギーとファン・デル・ワールス斥力エネルギーとの和エネルギーを計算する手段160と、前記各アミノ酸残基と前記各和エネルギーとを対応させたリストを作成する手段170と、前記和エネルギーが大きいアミノ酸残基から順に優先的にアミノ酸置換部位として選択する手段180とを含むアミノ酸置換部位選択装置。【選択図】図3
Claim (excerpt)：
タンパク質と、前記タンパク質と結合するリガンドとの複合体の少なくとも一部の立体構造を取得する構造取得手段と、
前記複合体立体構造における各原子に力場パラメータを付与する力場パラメータ付与手段と、
前記力場パラメータに基づき、分子シミュレーションを実施する分子シミュレーション手段と、
前記分子シミュレーションに基づき、前記タンパク質を構成するアミノ酸残基の中で前記リガンドと接触可能なアミノ酸残基のリストを作成するアミノ酸残基リスト作成手段と、
前記リガンドと接触可能なアミノ酸残基と前記リガンドとの静電的相互作用エネルギーとファン・デル・ワールス斥力エネルギーとの和エネルギーを、前記アミノ酸残基ごとに計算する和エネルギー計算手段と、
前記リガンドと接触可能な各アミノ酸残基と前記各和エネルギーとを対応させたリストを作成する和エネルギーリスト作成手段と、
前記和エネルギーが大きいアミノ酸残基から順に優先的にアミノ酸置換部位として選択するアミノ酸置換部位選択手段と、
を含むことを特徴とするタンパク質分子のアミノ酸置換部位選択装置。
IPC (2)：
FI (2)：
G06F19/00 616
, G06F19/00 612
Cited by examiner (1)
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単鎖抗体の配列に基づくエンジニアリング及び最適化
Gazette classification：公表公報
Application number：特願2010-513600
Applicant：エスバテックアンアルコンバイオメディカルリサーチユニットエルエルシー
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