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J-GLOBAL ID:201204084626996144  Research Project code:3842 Update date:Oct. 07, 2013

タンパク質化合物相互作用の網羅的予測手法とデータベースの開発

Study period:2009 - 2011
Organization (1):
Investigating Researcher (1):
Research overview:
平成20年度から継続して開発を行い、インターネット上で公開をしているタンパク質化合物相互作用予測システムCOPICATに対して、さまざまな機能拡張を実施した。タンパク質を入力するとPubChemデータベースから網羅的に結合化合物を探索する機能と、化合物を入力するとRefSeqおよびEnsemblデータベースから網羅的にターゲットタンパク質を探索する機能が、利用可能となった。特にPubChemデータベースの探索機能では、従来の約120~140倍の高速化を実現することにより、2,000万の化合物群から現時的な時間内で探索が可能となった。学習モデルライブラリーをあらかじめシステム側に用意し、ユーザ定義予測モデルに加えて、これらのモデルを混合した統合予測モデルを利用できる機能を構築した。網羅的インシリコ予測、ウェット実験検証、ウェット検証実験結果のインシリコ予測へのフィードバックというプロセスを繰り返すフィードバック戦略を適用して、がん薬剤候補のリード化合物に対する網羅的な結合ターゲットタンパク質の予測を行った。具体的には、アポトーシス抑制タンパク質Bcl-xLの機能を阻害する化合物incednineが相互作用する新しいタンパク質を同定して、機能的にターゲットタンパク質である可能性を示した。
Research program: バイオインフォマティクス推進事業
Ministry with control over the research :
文部科学省
Organization with control over the research:
独立行政法人科学技術振興機構
Reports  (2):
Parent Research Project (1):

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