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J-GLOBAL ID：201301079643692216   Update date: Dec. 18, 2025

NIKAIDO Itoshi

ニカイドウ イトシ | NIKAIDO Itoshi
Affiliation and department：
Medical Research Laboratory (MRL), Institute of Integrated Research (IIR), Institute of Science Tokyo Department of Functional Genome Informatics, Division of Biological Data Science

About Medical Research Laboratory (MRL), Institute of Integrated Research (IIR), Institute of Science Tokyo Department of Functional Genome Informatics, Division of Biological Data Science


Job title： Professor
Other affiliations (1)：
  • TRIP Headquarters, RIKEN  Omics AI Research Team, Advanced General Intelligence in Science Program (AGIS)   Team Director
Homepage URL  (1)： https://www.hackingisbelieving.org/
Research field  (3)： Genomics ,  Biological, health, and medical informatics ,  Systems genomics
Research keywords  (16)： Foundation Model ,  Generative AI ,  Single-cell ,  Data Science ,  Genome Informatics ,  transcriptome ,  Omics ,  Genomics ,  RNA ,  Bioinformatics ,  ChIP-Seq ,  Single-Cell ,  RNA-Seq ,  massively parallel DNA sequencing ,  Genome ,  遺伝子
Research theme for competitive and other funds  (15)：
  • 2023 - 2027 Exploring evolution of multicellularity and ancient molecular mechanisms underlying morphogenetic movement in amoebozoa
  • 2021 - 2026 Development of comprehensive cell type census technology for adaptive neuronal circuits
  • 2021 - 2026 ゲノムレジリエンス破綻の理解と未来予測
  • 2019 - 2025 体表多様性を創発する上皮-間充織相互作用の動的制御機構の解明
  • 2021 - 2024 高出力マルチオミクスによる細胞特性計測の深化
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Papers (62)：
  • Rawin Poonperm, Taiki Yoneda, Taito Imada, Saori Takahashi, Takako Ichinose, Hisashi Miura, Tetsutaro Hayashi, Mariko Kuse, Mika Yoshimura, Koji Nagao, et al. scRepli-RamDA-seq: a multi-omics technology enabling the analysis of gene expression dynamics during S-phase. Nature communications. 2025. 16. 1. 10902-10902
  • Haruko Nakagawa, Yasuyuki Shima, Yohei Sasagawa, Itoshi Nikaido. MitoDelta: identifying mitochondrial DNA deletions at cell-type resolution from single-cell RNA sequencing data. BMC genomics. 2025. 26. 1. 810-810
  • Yohei Sasagawa, Yoshimi Iwayama, Minoru Yano, Itoshi Nikaido. Elucidation of the mechanism of byproduct DNA synthesis in whole-transcript amplification by poly-A tagging and development of its specific suppression. 2025
  • Yasuaki Iwama, Tomohiro Masuda, Mika Yoshimura, Mikiya Watanabe, Martin Friedlander, Kohji Nishida, Masayo Takahashi, Itoshi Nikaido, Mchiko Mandai. Genomic characterization of sub-populations in human pluripotent stem cell-derived retinal progenitor cells that drive retinal layer structure. 2025
  • Kazuhiro Ikkyu, Itoshi Nikaido. The Effect of Multi-task Learning on the Prediction of Neoantigen-MHC Class II Binding. IEEE Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2025. 1-12
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MISC (84)：
  • 高田仁実, 笹川洋平, 笹川洋平, 芳村美佳, 二階堂愛, 二階堂愛, 栗崎晃. Molecular mechanisms underlying gastric stem cell differentiation in adult mouse stomach. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2022. 45th
  • 二階堂愛, 二階堂愛. 超多検体オミクスによる細胞特性の計測. 日本再生医療学会総会(Web). 2021. 20th
  • Data analysis of single-cell transcriptome. 2021. 276. 10
  • 二階堂 愛. ヒト細胞アトラス構築のための1細胞トランスクリプトーム技術. 日本臨床免疫学会総会プログラム・抄録集. 2020. 48回. 82-82
  • 笹川 洋平, 田中 かおり, 林 哲太郎, 二階堂 愛. 1細胞RNA解析で世界最高成績 -国際的な性能比較研究で証明-. 2020
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Patents (4)：
Books (14)：
  • Selective encapsulation technology for single cell RNA-seq
    2025
  • プレート型scRNA-Seqの特徴と実践. 実験デザインからわかる シングルセル研究実践テキスト. 実験医学別冊
    羊土社 2024 ISBN:9784758122702
  • 空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド〜最新機器の特徴と目的に合った選び方、データ解析と応用例を学び、シングルセル解析の一歩その先へ! (実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ)
    羊土社 2022 ISBN:475812261X
  • 実験医学別冊 新世代フローサイトメトリー活用スタンダード
    羊土社 2021
  • シングルセル解析でなにがわかるか
    化学同人 2020 ISBN:9784759817348
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Lectures and oral presentations  (123)：
  • 基盤モデル時代のオミクス研究とデータベースの現在地
    (トーゴーの日シンポジウム2024「AI + ロボティクス + データベースが変える生命科学」 2025)
  • 1細胞・1塩基レベルでのトランスクリプトームとゲノム構造変異の同時計測法
    (長崎大学・金沢大学・千葉大学 先進予防医学共同専攻 FD 講演会 2024)
  • 大規模生成AIと大規模トランスクリプトームデータによる遺伝子発現変動の予測
    (第47回日本分子生物学会年会 2024)
  • 多様化する1細胞RNAシーケンスと生成AIへの応用
    (第47回日本分子生物学会年会 2024)
  • Leveraging Large-Scale Generative AI for Omics with High-Throughput Transcriptome Analysis
    (The 69th Annual Meeting of the Japan Society of Human Genetics. 2024)
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Education (1)：
  • 2001 - 2004 Yokohama City University Graduate School of Integrated Science Science of Biological Supramolecular Systems
Professional career (1)：
  • 博士 (理学) (横浜市立大学)
Work history (15)：
  • 2025/04 - 現在 TRIP Headquarters, RIKEN Omics AI Research Team, Advanced General Intelligence in Science Program (AGIS) Team Director
  • 2024/10 - 現在 Medical Research Laboratory (MRL), Institute of Integrated Research (IIR), Institute of Science Tokyo Department of Functional Genome Informatics, Division of Biological Data Science Professor
  • 2024/04 - 現在 TRIP Headquarters, RIKEN Advanced General Intelligence in Science Program (AGIS) Theme Leader
  • 2022/04 - 現在 Kumamoto University Institute of Molecular Embryology and Genetics
  • 2020/04 - 現在 Graduate School of Science and Technology, University of Tsukuba Master's/Doctoral Program in Life Science Innovation (Bioinformatics), Degree Programs in Systems and Information Engineering Professor (Collaborative Graduate School Program)
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Committee career (8)：
  • 2025/10 - 現在 The Molecular Biology Society of Japan (MBSJ) (Wiley) Associate Editor of Genes to Cells (Wiley)
  • 2018/10 - 現在 国立研究開発法人 科学技術振興機構(JST) CREST・さきがけ複合研究領域 ”ゲノムスケールのDNA設計・合成による細胞制御技術の創出” 領域アドバイザー
  • 2018 - 現在 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 DNAデータ研究利用委員会
  • 2017 - 現在 国立研究開発法人 科学技術振興機構(JST) バイオサイエンスデータベースセンター基盤技術分科会委員
  • 2023/01 - 2024/12 特定非営利活動法人 日本分子生物学会 研究倫理委員会
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Awards (1)：
  • 2025/10 - Institute of Science Tokyo Advancing Single-Cell RNA Sequencing and Contributing to the Global Construction of Cell Atlases
Association Membership(s) (5)：
一般社団法人ゲノムテクノロジー研究会 ,  The Japanese Society for Regenerative Medicine ,  定量生物の会 ,  bioinformatics-jp ,  The Molecular Biology Society of Japan
※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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