NIKAIDO Itoshi

ニカイドウイトシ | NIKAIDO Itoshi

Affiliation and department：
Job title： Professor
Other affiliations (1)：

RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research Team Leader

Homepage URL (1)： https://www.hackingisbelieving.org/

Research field (3)： Genomics , Biological, health, and medical informatics , Systems genomics

Research keywords (14)： Single-cell , Data Science , Genome Informatics , transcriptome , Omics , Genomics , RNA , Bioinformatics , ChIP-Seq , Single-Cell , RNA-Seq , massively parallel DNA sequencing , Genome , 遺伝子

Research theme for competitive and other funds (13)：

2021 - 2026 Development of comprehensive cell type census technology for adaptive neuronal circuits
2021 - 2026 ゲノムレジリエンス破綻の理解と未来予測
2019 - 2025 体表多様性を創発する上皮-間充織相互作用の動的制御機構の解明
2021 - 2024 高出力マルチオミクスによる細胞特性計測の深化
2016 - 2022 臓器・組織内未知細胞の命運・機能の1細胞オミクス同時計測

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Papers (58)：

Hinako M. Takase, Tappei Mishina, Tetsutaro Hayashi, Mika Yoshimura, Mariko Kuse, Itoshi Nikaido, Tomoya S. Kitajima. Transcriptomic Signatures of WNT-Driven Pathways and Granulosa Cell-Oocyte Interactions during Primordial Follicle Activation. 2024
Koki Tsuyuzaki, Manabu Ishii, Itoshi Nikaido. Sctensor detects many-to-many cell-cell interactions from single cell RNA-sequencing data. BMC bioinformatics. 2023. 24. 1. 420-420
Yasuyuki Shima, Henrik Skibbe, Yohei Sasagawa, Noriko Fujimori, Yoshimi Iwayama, Ayako Isomura-Matoba, Minoru Yano, Takumi Ichikawa, Itoshi Nikaido, Nobutaka Hattori, et al. Distinctiveness and continuity in transcriptome and connectivity in the anterior-posterior axis of the paraventricular nucleus of the thalamus. Cell reports. 2023. 42. 10. 113309-113309
Hitomi Takada, Yohei Sasagawa, Mika Yoshimura, Kaori Tanaka, Yoshimi Iwayama, Tetsutaro Hayashi, Ayako Isomura-Matoba, Itoshi Nikaido, Akira Kurisaki. Author Correction: Single-cell transcriptomics uncovers EGFR signaling-mediated gastric progenitor cell differentiation in stomach homeostasis. Nature Communications. 2023
Nao Ogura, Yohei Sasagawa, Tasuku Ito, Toshiaki Tameshige, Satomi Kawai, Masaki Sano, Yuki Doll, Akira Iwase, Ayako Kawamura, Takamasa Suzuki, et al. WUSCHEL-RELATED HOMEOBOX 13 suppresses de novo shoot regeneration via cell fate control of pluripotent callus. Science Advances. 2023. 9. 27

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MISC (83)：

二階堂愛, 二階堂愛. 超多検体オミクスによる細胞特性の計測. 日本再生医療学会総会(Web). 2021. 20th
Data analysis of single-cell transcriptome. 2021. 276. 10
二階堂愛. ヒト細胞アトラス構築のための1細胞トランスクリプトーム技術. 日本臨床免疫学会総会プログラム・抄録集. 2020. 48回. 82-82
笹川洋平, 田中かおり, 林哲太郎, 二階堂愛. 1細胞RNA解析で世界最高成績 -国際的な性能比較研究で証明-. 2020
森田梨津子, 三千典子, 佐々木弘子, 林哲太郎, 梅田茉奈, 芳村美佳, 山本尚貴, 柴田達夫, 阿部高也, 清成寛, et al. 毛包幹細胞の発生起源と誘導過程. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2020. 43rd

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Patents (4)：

Books (12)：

空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド〜最新機器の特徴と目的に合った選び方、データ解析と応用例を学び、シングルセル解析の一歩その先へ! (実験医学別冊最強のステップUPシリーズ)
羊土社 2022 ISBN:475812261X
実験医学別冊新世代フローサイトメトリー活用スタンダード
羊土社 2021
シングルセル解析でなにがわかるか
化学同人 2020 ISBN:9784759817348
定量生物学 : 生命現象を定量的に理解するために
化学同人 2018 ISBN:9784759817300
新版フローサイトメトリーもっと幅広く使いこなせる! 〜マルチカラー解析も、ソーティングも、もう悩まない! (実験医学別冊最強のステップUPシリーズ)
羊土社 2016 ISBN:4758101965

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Lectures and oral presentations (115)：

バイオインフォマティクスとゲノム科学で挑む生命の理解
(理化学研究所生命機能科学研究センター発生・再生科学集中レクチャープログラム 2023)
基盤モデルに向けたオミクス計測の未来
(AIロボット駆動科学シンポジウム2023 2023)
大規模トランスクリプトームとAI創薬
(第66回日本腎臓学会学術総会 2023)
大規模トランスクリプトームとAI技術による再生医療・創薬
(第22回日本再生医療学会総会シンポジウム31 再生医療や創薬開発のためのバイオインフォマティクス 2023)
ゲノム不安定性を1細胞トランスクリプトームから解析する技術
(日本抗加齢医学会抗加齢ゲノム医学講習会 2023)

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Education (1)：

2001 - 2004 Yokohama City University Graduate School of Integrated Science Science of Biological Supramolecular Systems

Professional career (1)：

博士 (理学) (横浜市立大学)

Work history (11)：

2022/04 - 現在 Kumamoto University Institute of Molecular Embryology and Genetics
2022/03 - 現在 Medical Research Institute, Tokyo Medical and Dental University Functional Genome Informatics, Biological Data Science Professor
2020/04 - 現在 Graduate School of Science and Technology, University of Tsukuba Master's/Doctoral Program in Life Science Innovation (Bioinformatics), Degree Programs in Systems and Information Engineering Professor (Collaborative Graduate School Program)
2019/04 - 現在 RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research Laboratory for Bioinformatics Research Team Leader
2020/04 - 2022/03 Medical Research Institute, Tokyo Medical and Dental University Functional Genome Informatics, Medical Genomics Professor

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Committee career (6)：

2018/10 - 現在国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) CREST・さきがけ複合研究領域 ”ゲノムスケールのDNA設計・合成による細胞制御技術の創出” 領域アドバイザー
2018 - 現在情報・システム研究機構国立遺伝学研究所 DNAデータ研究利用委員会
2017 - 現在国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) バイオサイエンスデータベースセンター基盤技術分科会委員
2023/01 - 2024/12 特定非営利活動法人日本分子生物学会研究倫理委員会
2023/01 - 2024/12 特定非営利活動法人日本分子生物学会第23期理事会

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Association Membership(s) (5)：

一般社団法人ゲノムテクノロジー研究会 , The Japanese Society for Regenerative Medicine , 定量生物の会 , bioinformatics-jp , The Molecular Biology Society of Japan

※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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