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J-GLOBAL ID：201303095974257261
分子動力学シミュレーション方法およびプログラム
Inventor：
,
Applicant, Patent owner：
Agent (1)：
酒井 宏明
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2013037954
Publication number (International publication number)：2013211006
Application date： Feb. 27, 2013
Publication date： Oct. 10, 2013
Summary：
【課題】粒子数が大きい系に対しても適切な計算時間で計算することが可能な分子動力学シミュレーション方法およびプログラムを提供する。【解決手段】各粒子に対して粒子間の相互作用力が働く探索範囲内の粒子を用いて各粒子との粒子ペアをリスト化するリスト化ステップと、リスト化した粒子ペアについて、少なくともポテンシャル関数に含まれるペア配列関数の値を計算し、計算結果を2次元配列変数とするペア配列関数計算ステップと、ペア配列関数計算ステップの計算結果を用いて系内の粒子間の相互作用力を計算する相互作用力計算ステップと、相互作用力計算ステップで計算した結果を用いて最新の時刻における各粒子の速度を計算する速度計算ステップと、相互作用力計算ステップで計算した結果を用いて最新の時刻における位置座標を計算する座標計算ステップと、を含む。【選択図】図4
Claim (excerpt)：
複数の粒子からなる系における各粒子の速度、位置座標およびポテンシャル関数が有するポテンシャルパラメータを含む複数のパラメータを記憶する記憶部を備えたコンピュータが実行する分子動力学シミュレーション方法であって、
各粒子に対して粒子間の相互作用力が働く探索範囲内の粒子を用いて各粒子との粒子ペアをリスト化し、該リスト化した粒子ペアを前記記憶部へ格納するリスト化ステップと、
前記リスト化ステップでリスト化した粒子ペアについて、少なくとも前記ポテンシャル関数に含まれるペア配列関数の値を計算し、計算結果を2次元配列変数として前記記憶部へ格納するペア配列関数計算ステップと、
前記ペア配列関数計算ステップで計算した結果を前記記憶部から呼び出し、この計算結果を用いて前記系内の粒子間の相互作用力を計算して前記記憶部へ格納する相互作用力計算ステップと、
前記相互作用力計算ステップで計算した結果を前記記憶部から呼び出し、この計算結果を用いて最新の時刻における各粒子の速度を計算して前記記憶部へ格納する速度計算ステップと、
前記相互作用力計算ステップで計算した結果を前記記憶部から呼び出し、この計算結果を用いて最新の時刻における位置座標を計算して前記記憶部へ格納する座標計算ステップと、
を含むことを特徴とする分子動力学シミュレーション方法。
IPC (1)：
FI (1)：
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